diff --git a/README.md b/README.md index 9d49502..2d01f22 100644 --- a/README.md +++ b/README.md @@ -64,7 +64,7 @@ usage: StORF_Reporter.py [-h] [-olap_filt [{none,single-strand,both-strand}]] [-start_filt {True,False}] [-so [{start_pos,strand}]] [-f_type [{StORF,CDS,ORF}]] [-olap OVERLAP_NT] [-ao ALLOWED_OVERLAP] [-overwrite {True,False}] [-verbose {True,False}] [-v] -StORF-Reporter v1.3.1: StORF-Reporter Run Parameters. +StORF-Reporter v1.3.2: StORF-Reporter Run Parameters. Required Options: -anno [{Prokka,Bakta,Out_Dir,Multiple_Out_Dirs,Single_GFF,Multiple_GFFs,Ensembl,Feature_Types,Single_Genome,Multiple_Genomes,Single_Combined_GFF,Multiple_Combined_GFFs,Pyrodigal,Single_FASTA,Multiple_FASTA} ...] @@ -174,7 +174,7 @@ usage: StORF_Extractor.py [-h] [-storf_input {Combined,Separate}] [-p PATH] [-gf [-lw {True,False}] [-stop_ident {True,False}] [-oname O_NAME] [-odir O_DIR] [-gz {True,False}] [-verbose {True,False}] [-v] -Single_Genome v1.3.1: StORF-Extractor Run Parameters. +Single_Genome v1.3.2: StORF-Extractor Run Parameters. Required Arguments: -storf_input {Combined,Separate} @@ -210,7 +210,7 @@ usage: StORF_Finder.py [-h] [-f FASTA] [-ua {True,False}] [-wc {True,False}] [-p [-stop_ident {True,False}] [-f_type [{StORF,CDS,ORF}]] [-minorf MIN_ORF] [-maxorf MAX_ORF] [-codons STOP_CODONS] [-olap OVERLAP_NT] [-s SUFFIX] [-so [{start_pos,strand}]] [-spos {True,False}] [-oname O_NAME] [-odir O_DIR] [-gff {True,False}] [-aa {True,False}] [-aa_only {True,False}] [-lw {True,False}] [-gff_fasta {True,False}] [-gz {True,False}] [-verbose {True,False}] [-v] -StORF-Reporter v1.3.1: StORF-Finder Run Parameters. +StORF-Reporter v1.3.2: StORF-Finder Run Parameters. Required Arguments: -f FASTA Input FASTA File - (UR_Extractor output) @@ -274,7 +274,7 @@ StORF-Extractor -storf_input Combined -p .../Test_Datasets/Combined_GFFs/E-coli_ ```python usage: StORF_Extractor.py [-h] [-storf_input {Combined,Separate}] [-p PATH] [-gff_out {True,False}] [-oname O_NAME] [-odir O_DIR] [-gz {True,False}] [-verbose {True,False}] [-v] -StORF-Reporter v1.3.1: StORF-Extractor Run Parameters. +StORF-Reporter v1.3.2: StORF-Extractor Run Parameters. Required Arguments: -storf_input {Combined,Separate} @@ -307,7 +307,7 @@ StORF-Remover -gff .../Test_Datasets/StORF_Extractor_And_Remover/Myco_UR_StORF-R usage: StORF_Remover.py [-h] [-gff GFF] [-blast BLAST] [-min_score MINSCORE] [-oname O_NAME] [-odir O_DIR] [-gz {True,False}] [-verbose {True,False}] [-v] -StORF-Reporter v1.3.1: UR-Extractor Run Parameters. +StORF-Reporter v1.3.2: UR-Extractor Run Parameters. Required Arguments: -gff GFF GFF annotation file for the FASTA diff --git a/Test_Datasets/Prokka_E-coli/Prokka_E-coli_StORF-Reporter_Extended.fasta b/Test_Datasets/Prokka_E-coli/Prokka_E-coli_StORF-Reporter_Extended.fasta deleted file mode 100644 index ec479e4..0000000 --- a/Test_Datasets/Prokka_E-coli/Prokka_E-coli_StORF-Reporter_Extended.fasta +++ /dev/null @@ -1,85592 +0,0 @@ ->FNAFGOFC_00001 -ATGCGAGTGTTGAAGTTCGGCGGTACATCAGTGGCAAATGCAGAACGTTTTCTGCGTGTT -GCCGATATTCTGGAAAGCAATGCCAGGCAGGGGCAGGTGGCCACCGTCCTCTCTGCCCCC -GCCAAAATCACCAACCACCTGGTGGCGATGATTGAAAAAACCATTAGCGGCCAGGATGCT -TTACCCAATATCAGCGATGCCGAACGTATTTTTGCCGAACTTTTGACGGGACTCGCCGCC -GCCCAGCCGGGGTTCCCGCTGGCGCAATTGAAAACTTTCGTCGATCAGGAATTTGCCCAA -ATAAAACATGTCCTGCATGGCATTAGTTTGTTGGGGCAGTGCCCGGATAGCATCAACGCT -GCGCTGATTTGCCGTGGCGAGAAAATGTCGATCGCCATTATGGCCGGCGTATTAGAAGCG -CGCGGTCACAACGTTACTGTTATCGATCCGGTCGAAAAACTGCTGGCAGTGGGGCATTAC -CTCGAATCTACCGTCGATATTGCTGAGTCCACCCGCCGTATTGCGGCAAGCCGCATTCCG -GCTGATCACATGGTGCTGATGGCAGGTTTCACCGCCGGTAATGAAAAAGGCGAACTGGTG -GTGCTTGGACGCAACGGTTCCGACTACTCTGCTGCGGTGCTGGCTGCCTGTTTACGCGCC -GATTGTTGCGAGATTTGGACGGACGTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCCGCGTCAGGTG -CCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTACCAGGAAGCGATGGAGCTTTCCTACTTC -GGCGCTAAAGTTCTTCACCCCCGCACCATTACCCCCATCGCCCAGTTCCAGATCCCTTGC -CTGATTAAAAATACCGGAAATCCTCAAGCACCAGGTACGCTCATTGGTGCCAGCCGTGAT -GAAGACGAATTACCGGTCAAGGGCATTTCCAATCTGAATAACATGGCAATGTTCAGCGTT -TCTGGTCCGGGGATGAAAGGGATGGTCGGCATGGCGGCGCGCGTCTTTGCAGCGATGTCA -CGCGCCCGTATTTCCGTGGTGCTGATTACGCAATCATCTTCCGAATACAGCATCAGTTTC -TGCGTTCCACAAAGCGACTGTGTGCGAGCTGAACGGGCAATGCAGGAAGAGTTCTACCTG -GAACTGAAAGAAGGCTTACTGGAGCCGCTGGCAGTGACGGAACGGCTGGCCATTATCTCG -GTGGTAGGTGATGGTATGCGCACCTTGCGTGGGATCTCGGCGAAATTCTTTGCCGCACTG -GCCCGCGCCAATATCAACATTGTCGCCATTGCTCAGGGATCTTCTGAACGCTCAATCTCT -GTCGTGGTAAATAACGATGATGCGACCACTGGCGTGCGCGTTACTCATCAGATGCTGTTC -AATACCGATCAGGTTATCGAAGTGTTTGTGATTGGCGTCGGTGGCGTTGGCGGTGCGCTG -CTGGAGCAACTGAAGCGTCAGCAAAGCTGGCTGAAGAATAAACATATCGACTTACGTGTC -TGCGGTGTTGCCAACTCGAAGGCTCTGCTCACCAATGTACATGGCCTTAATCTGGAAAAC -TGGCAGGAAGAACTGGCGCAAGCCAAAGAGCCGTTTAATCTCGGGCGCTTAATTCGCCTC -GTGAAAGAATATCATCTGCTGAACCCGGTCATTGTTGACTGCACTTCCAGCCAGGCAGTG -GCGGATCAATATGCCGACTTCCTGCGCGAAGGTTTCCACGTTGTCACGCCGAACAAAAAG -GCCAACACCTCGTCGATGGATTACTACCATCAGTTGCGTTATGCGGCGGAAAAATCGCGG -CGTAAATTCCTCTATGACACCAACGTTGGGGCTGGATTACCGGTTATTGAGAACCTGCAA -AATCTGCTCAATGCAGGTGATGAATTGATGAAGTTCTCCGGCATTCTTTCTGGTTCGCTT -TCTTATATCTTCGGCAAGTTAGACGAAGGCATGAGTTTCTCCGAGGCGACCACGCTGGCG -CGGGAAATGGGTTATACCGAACCGGACCCGCGAGATGATCTTTCTGGTATGGATGTGGCG -CGTAAACTATTGATTCTCGCTCGTGAAACGGGACGTGAACTGGAGCTGGCGGATATTGAA -ATTGAACCTGTGCTGCCCGCAGAGTTTAACGCCGAGGGTGATGTTGCCGCTTTTATGGCG -AATCTGTCACAACTCGACGATCTCTTTGCCGCGCGCGTGGCGAAGGCCCGTGATGAAGGA -AAAGTTTTGCGCTATGTTGGCAATATTGATGAAGATGGCGTCTGCCGCGTGAAGATTGCC -GAAGTGGATGGTAATGATCCGCTGTTCAAAGTGAAAAATGGCGAAAACGCCCTGGCCTTC -TATAGCCACTATTATCAGCCGCTGCCGTTGGTACTGCGCGGATATGGTGCGGGCAATGAC -GTTACAGCTGCCGGTGTCTTTGCTGATCTGCTACGTACCCTCTCATGGAAGTTAGGAGTC -TGA ->StORF_cd05798c1e0ff6d2 -TGATGTACCGCCGAACTTCAACACTCGCATGGTTGTTACCTCGTTACCTTTGGTCGAAAA -AAAAAGCCCGCACTGTCAGGTGCGGGCTTTTTTCTGTGTTTCCTGTACGCGTCAGCCCGC -ACCGTTACCTGTGGTAATGGTGATGGTGGTGGTAATGGTGGTGCTAATGCGTTTCATGGA -TGTTGTGTACTCTGTAATTTTTATCTGTCTGTGCGCTATGCCTATATTGGTTAA ->FNAFGOFC_00002 -ATGGTTAAAGTTTATGCCCCGGCTTCCAGTGCCAATATGAGCGTCGGGTTTGATGTGCTC -GGGGCGGCGGTGACACCTGTTGATGGTGCATTGCTCGGAGATGTAGTCACGGTTGAGGCG -GCAGAGACATTCAGTCTCAACAACCTCGGACGCTTTGCCGATAAGCTGCCGTCAGAACCA -CGGGAAAATATCGTTTATCAGTGCTGGGAGCGTTTTTGCCAGGAACTGGGTAAGCAAATT -CCAGTGGCGATGACCCTGGAAAAGAATATGCCGATCGGTTCGGGCTTAGGCTCCAGTGCC -TGTTCGGTGGTCGCGGCGCTGATGGCGATGAATGAACACTGCGGCAAGCCGCTTAATGAC -ACTCGTTTGCTGGCTTTGATGGGCGAGCTGGAAGGCCGTATCTCCGGCAGCATTCATTAC -GACAACGTGGCACCGTGTTTTCTCGGTGGTATGCAGTTGATGATCGAAGAAAACGACATC -ATCAGCCAGCAAGTGCCAGGGTTTGATGAGTGGCTGTGGGTGCTGGCGTATCCGGGGATT -AAAGTCTCGACGGCAGAAGCCAGGGCTATTTTACCGGCGCAGTATCGCCGCCAGGATTGC -ATTGCGCACGGGCGACATCTGGCAGGCTTCATTCACGCCTGCTATTCCCGTCAGCCTGAG 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b/Test_Datasets/Pyrodigal/E-coli_Pyrodigal_StORF-Reporter_Extended.gff new file mode 100644 index 0000000..f985771 --- /dev/null +++ b/Test_Datasets/Pyrodigal/E-coli_Pyrodigal_StORF-Reporter_Extended.gff @@ -0,0 +1,7382 @@ +##Pyrodigal annotation and StORF-Reporter extended GFF annotation of E-coli.fa +##StORF-Reporter v1.3.2 +##gff-version 3 +# Sequence Data: seqnum=1;seqlen=4558660;seqhdr="Chromosome" +# Model Data: version=pyrodigal.v3.2.1;run_type=Single;model="Ab initio";gc_cont=50.80;transl_table=11;uses_sd=1 +Chromosome pyrodigal_v3.2.1 CDS 3 98 1.1 + 0 ID=Chromosome_1;partial=10;start_type=Edge;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.427;conf=56.45;score=1.13;cscore=-1.59;sscore=2.72;rscore=0.00;uscore=0.00;tscore=3.22; +Chromosome StORF-Reporter CDS 133 363 . - 0 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StORF-Reporter CDS 196132 196242 . + 0 ID=StORF_04666dd69c44ba2b;locus_tag=Chromosome_UR_196003_196292_StORF_1;INFO=Additional_Annotation_StORF-Reporter;UR_Stop_Locations=125-239;Name=StORF_102;StORF_Num_In_UR=1;StORF_Length=111;StORF_Frame=1;UR_StORF_Frame=3;Start_Stop=TAA;Mid_Stops=N/A;End_Stop=TGA;StORF_Type=StORF +Chromosome pyrodigal_v3.2.1 CDS 196242 197000 59.8 + 0 ID=Chromosome_171;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=3Base/5BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.499;conf=100.00;score=59.81;cscore=63.21;sscore=-3.40;rscore=-6.12;uscore=-0.57;tscore=3.95; +Chromosome pyrodigal_v3.2.1 CDS 197000 197152 0.9 + 0 ID=Chromosome_172;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.556;conf=54.99;score=0.87;cscore=-2.28;sscore=3.15;rscore=-13.81;uscore=-6.65;tscore=2.37; +Chromosome pyrodigal_v3.2.1 CDS 197121 197870 50.1 + 0 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pyrodigal_v3.2.1 CDS 603098 604216 122.1 - 0 ID=Chromosome_569;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.519;conf=100.00;score=122.10;cscore=113.93;sscore=8.17;rscore=2.99;uscore=1.89;tscore=3.95; +Chromosome StORF-Reporter CDS 604245 604439 . - 0 ID=StORF_ca2892521efec36f;locus_tag=Chromosome_UR_604166_604620_StORF_3;INFO=Additional_Annotation_StORF-Reporter;UR_Stop_Locations=81-279;Name=StORF_404;StORF_Num_In_UR=3;StORF_Length=195;StORF_Frame=6;UR_StORF_Frame=5;Start_Stop=TAA;Mid_Stops=N/A;End_Stop=TGA;StORF_Type=StORF +Chromosome StORF-Reporter CDS 604432 604590 . - 0 ID=StORF_8755e9d438bef33b;locus_tag=Chromosome_UR_604166_604620_StORF_2;INFO=Additional_Annotation_StORF-Reporter;UR_Stop_Locations=268-430;Name=StORF_405;StORF_Num_In_UR=2;StORF_Length=159;StORF_Frame=4;UR_StORF_Frame=4;Start_Stop=TAG;Mid_Stops=N/A;End_Stop=TGA;StORF_Type=StORF +Chromosome pyrodigal_v3.2.1 CDS 604570 604821 17.2 + 0 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StORF-Reporter CDS 615020 615121 . - 0 ID=StORF_4400490c3fa2c381;locus_tag=Chromosome_UR_614821_615137_StORF_0;INFO=Additional_Annotation_StORF-Reporter;UR_Stop_Locations=201-306;Name=StORF_409;StORF_Num_In_UR=0;StORF_Length=102;StORF_Frame=5;UR_StORF_Frame=5;Start_Stop=TGA;Mid_Stops=N/A;End_Stop=TGA;StORF_Type=StORF +Chromosome pyrodigal_v3.2.1 CDS 615087 616220 135.1 + 0 ID=Chromosome_578;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.450;conf=100.00;score=135.06;cscore=128.01;sscore=7.04;rscore=2.99;uscore=0.76;tscore=3.95; +Chromosome pyrodigal_v3.2.1 CDS 616217 617032 103.6 - 0 ID=Chromosome_579;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG/GGAGG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.538;conf=100.00;score=103.58;cscore=88.75;sscore=14.83;rscore=7.10;uscore=2.49;tscore=3.95; +Chromosome pyrodigal_v3.2.1 CDS 617029 618021 130.7 - 0 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+Chromosome pyrodigal_v3.2.1 CDS 625384 626130 125.3 + 0 ID=Chromosome_587;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.581;conf=100.00;score=125.29;cscore=108.84;sscore=16.44;rscore=11.22;uscore=-1.14;tscore=3.95; +Chromosome pyrodigal_v3.2.1 CDS 626133 626546 35.2 + 0 ID=Chromosome_588;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGxGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.568;conf=99.97;score=35.23;cscore=34.37;sscore=0.86;rscore=-2.48;uscore=-1.86;tscore=3.95; +Chromosome StORF-Reporter CDS 626584 626724 . - 0 ID=StORF_a44e5496c0622205;locus_tag=Chromosome_UR_626496_626777_StORF_0;INFO=Additional_Annotation_StORF-Reporter;UR_Stop_Locations=90-234;Name=StORF_411;StORF_Num_In_UR=0;StORF_Length=141;StORF_Frame=4;UR_StORF_Frame=6;Start_Stop=TAG;Mid_Stops=N/A;End_Stop=TAA;StORF_Type=StORF +Chromosome pyrodigal_v3.2.1 CDS 626727 628832 342.4 + 0 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StORF-Reporter CDS 630270 630365 . - 0 ID=StORF_30c4907bc4419042;locus_tag=Chromosome_UR_630260_630469_StORF_0;INFO=Additional_Annotation_StORF-Reporter;UR_Stop_Locations=12-111;Name=StORF_413;StORF_Num_In_UR=0;StORF_Length=96;StORF_Frame=6;UR_StORF_Frame=6;Start_Stop=TAG;Mid_Stops=N/A;End_Stop=TAA;StORF_Type=StORF +Chromosome pyrodigal_v3.2.1 CDS 630419 631579 125.2 + 0 ID=Chromosome_592;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.538;conf=100.00;score=125.17;cscore=117.69;sscore=7.48;rscore=2.99;uscore=0.54;tscore=3.95; +Chromosome pyrodigal_v3.2.1 CDS 631580 632209 76.7 - 0 ID=Chromosome_593;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA/GGAG/GAGG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.470;conf=100.00;score=76.65;cscore=66.80;sscore=9.85;rscore=4.06;uscore=1.84;tscore=3.95; +Chromosome pyrodigal_v3.2.1 CDS 632182 633402 84.9 - 0 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+Chromosome StORF-Reporter CDS 691754 691900 . + 0 ID=StORF_7d34261118dfb21e;locus_tag=Chromosome_UR_691738_691984_StORF_0;INFO=Additional_Annotation_StORF-Reporter;UR_Stop_Locations=12-162;Name=StORF_446;StORF_Num_In_UR=0;StORF_Length=147;StORF_Frame=2;UR_StORF_Frame=1;Start_Stop=TGA;Mid_Stops=N/A;End_Stop=TAA;StORF_Type=StORF +Chromosome pyrodigal_v3.2.1 CDS 691934 693109 163.4 + 0 ID=Chromosome_654;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.571;conf=100.00;score=163.36;cscore=145.06;sscore=18.30;rscore=11.02;uscore=3.33;tscore=3.95; +Chromosome StORF-Reporter CDS 693188 693526 . + 0 ID=StORF_3a3bcc9805ac2010;locus_tag=Chromosome_UR_693059_694396_StORF_0;INFO=Additional_Annotation_StORF-Reporter;UR_Stop_Locations=125-467;Name=StORF_447;StORF_Num_In_UR=0;StORF_Length=339;StORF_Frame=2;UR_StORF_Frame=3;Start_Stop=TAA;Mid_Stops=N/A;End_Stop=TGA;StORF_Type=StORF +Chromosome StORF-Reporter CDS 693564 693683 . - 0 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+Chromosome pyrodigal_v3.2.1 CDS 1021303 1023357 238.3 + 0 ID=Chromosome_937;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.530;conf=99.99;score=238.29;cscore=233.69;sscore=4.60;rscore=-1.52;uscore=2.18;tscore=3.95; +Chromosome pyrodigal_v3.2.1 CDS 1023389 1023847 50.7 - 0 ID=Chromosome_938;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.525;conf=100.00;score=50.66;cscore=41.38;sscore=9.28;rscore=2.99;uscore=2.35;tscore=3.95; +Chromosome pyrodigal_v3.2.1 CDS 1023943 1024605 79.3 - 0 ID=Chromosome_939;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.505;conf=100.00;score=79.26;cscore=60.39;sscore=18.86;rscore=14.89;uscore=0.68;tscore=3.95; +Chromosome StORF-Reporter CDS 1024645 1024815 . - 0 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+Chromosome pyrodigal_v3.2.1 CDS 1910814 1911473 107.9 - 0 ID=Chromosome_1803;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.527;conf=100.00;score=107.87;cscore=88.17;sscore=19.71;rscore=14.89;uscore=1.52;tscore=3.95; +Chromosome StORF-Reporter CDS 1911462 1911563 . + 0 ID=StORF_907bdc9b9c029986;locus_tag=Chromosome_UR_1911423_1911583_StORF_0;INFO=Additional_Annotation_StORF-Reporter;UR_Stop_Locations=35-140;Name=StORF_1283;StORF_Num_In_UR=0;StORF_Length=102;StORF_Frame=3;UR_StORF_Frame=3;Start_Stop=TAA;Mid_Stops=N/A;End_Stop=TAA;StORF_Type=StORF +Chromosome pyrodigal_v3.2.1 CDS 1911533 1911643 2.6 + 0 ID=Chromosome_1804;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.414;conf=64.59;score=2.61;cscore=-3.47;sscore=6.08;rscore=4.85;uscore=0.03;tscore=1.70; +Chromosome StORF-Reporter CDS 1911667 1911846 . + 0 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+Chromosome pyrodigal_v3.2.1 CDS 1964545 1966059 229.6 - 0 ID=Chromosome_1856;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.521;conf=99.99;score=229.61;cscore=215.34;sscore=14.27;rscore=11.22;uscore=-0.89;tscore=3.95; +Chromosome StORF-Reporter CDS 1966062 1966169 . + 0 ID=StORF_dd3b92bfafd7c691;locus_tag=Chromosome_UR_1966009_1966179_StORF_1;INFO=Additional_Annotation_StORF-Reporter;UR_Stop_Locations=49-160;Name=StORF_1317;StORF_Num_In_UR=1;StORF_Length=108;StORF_Frame=3;UR_StORF_Frame=2;Start_Stop=TAA;Mid_Stops=N/A;End_Stop=TAA;StORF_Type=StORF +Chromosome pyrodigal_v3.2.1 CDS 1966129 1967118 177.3 - 0 ID=Chromosome_1857;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.519;conf=100.00;score=177.30;cscore=160.54;sscore=16.76;rscore=11.22;uscore=2.26;tscore=3.95; +Chromosome StORF-Reporter CDS 1967102 1967203 . - 0 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ID=Chromosome_1859;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.492;conf=99.99;score=40.96;cscore=22.34;sscore=18.62;rscore=14.83;uscore=0.51;tscore=3.93; +Chromosome StORF-Reporter CDS 1968788 1969006 . + 0 ID=StORF_8399fe8a7267d8cc;locus_tag=Chromosome_UR_1968698_1969262_StORF_1;INFO=Additional_Annotation_StORF-Reporter;UR_Stop_Locations=86-308;Name=StORF_1323;StORF_Num_In_UR=1;StORF_Length=219;StORF_Frame=2;UR_StORF_Frame=3;Start_Stop=TAG;Mid_Stops=N/A;End_Stop=TGA;StORF_Type=StORF +Chromosome StORF-Reporter CDS 1968970 1969095 . - 0 ID=StORF_6593f1525c514e16;locus_tag=Chromosome_UR_1968698_1969262_StORF_4;INFO=Additional_Annotation_StORF-Reporter;UR_Stop_Locations=274-403;Name=StORF_1324;StORF_Num_In_UR=4;StORF_Length=126;StORF_Frame=4;UR_StORF_Frame=6;Start_Stop=TAG;Mid_Stops=N/A;End_Stop=TAA;StORF_Type=StORF +Chromosome StORF-Reporter CDS 1969080 1969235 . - 0 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+Chromosome pyrodigal_v3.2.1 CDS 3418126 3418827 113.3 - 0 ID=Chromosome_3226;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.511;conf=100.00;score=113.25;cscore=97.76;sscore=15.49;rscore=11.22;uscore=-0.76;tscore=3.95; +Chromosome pyrodigal_v3.2.1 CDS 3418845 3419177 55.9 - 0 ID=Chromosome_3227;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.495;conf=100.00;score=55.93;cscore=33.83;sscore=22.10;rscore=14.89;uscore=2.14;tscore=3.95; +Chromosome pyrodigal_v3.2.1 CDS 3419192 3419470 33.1 - 0 ID=Chromosome_3228;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.495;conf=99.95;score=33.08;cscore=14.76;sscore=18.32;rscore=11.22;uscore=2.06;tscore=3.95; +Chromosome pyrodigal_v3.2.1 CDS 3419487 3420308 113.6 - 0 ID=Chromosome_3229;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.528;conf=100.00;score=113.62;cscore=97.34;sscore=16.27;rscore=12.54;uscore=-1.31;tscore=3.95; +Chromosome pyrodigal_v3.2.1 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CDS 3454358 3454762 57.1 - 0 ID=Chromosome_3269;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.511;conf=100.00;score=57.14;cscore=42.05;sscore=15.09;rscore=11.22;uscore=0.58;tscore=3.95; +Chromosome StORF-Reporter CDS 3454794 3455057 . + 0 ID=StORF_5cd0cfb93aa1d5f4;locus_tag=Chromosome_UR_3454712_3455114_StORF_0;INFO=Additional_Annotation_StORF-Reporter;UR_Stop_Locations=78-345;Name=StORF_2283;StORF_Num_In_UR=0;StORF_Length=264;StORF_Frame=3;UR_StORF_Frame=1;Start_Stop=TGA;Mid_Stops=N/A;End_Stop=TAA;StORF_Type=StORF +Chromosome pyrodigal_v3.2.1 CDS 3455064 3455696 108.0 + 0 ID=Chromosome_3270;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.494;conf=100.00;score=108.03;cscore=91.77;sscore=16.26;rscore=11.22;uscore=1.10;tscore=3.95; +Chromosome pyrodigal_v3.2.1 CDS 3455747 3457837 219.9 + 0 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pyrodigal_v3.2.1 CDS 3513752 3514522 82.7 - 0 ID=Chromosome_3324;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.563;conf=100.00;score=82.74;cscore=79.24;sscore=3.50;rscore=-1.52;uscore=1.73;tscore=3.95; +Chromosome pyrodigal_v3.2.1 CDS 3514560 3515243 26.3 + 0 ID=Chromosome_3325;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.560;conf=99.77;score=26.33;cscore=8.93;sscore=17.40;rscore=11.02;uscore=2.43;tscore=3.95; +Chromosome pyrodigal_v3.2.1 CDS 3515302 3515877 96.2 + 0 ID=Chromosome_3326;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.533;conf=100.00;score=96.20;cscore=86.28;sscore=9.92;rscore=2.99;uscore=2.99;tscore=3.95; +Chromosome StORF-Reporter CDS 3515897 3516022 . + 0 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+Chromosome pyrodigal_v3.2.1 CDS 4540109 4541125 146.7 - 0 ID=Chromosome_4246;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.576;conf=100.00;score=146.67;cscore=127.67;sscore=19.00;rscore=11.02;uscore=3.06;tscore=3.95; +Chromosome pyrodigal_v3.2.1 CDS 4541153 4541797 101.1 - 0 ID=Chromosome_4247;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.557;conf=100.00;score=101.09;cscore=93.16;sscore=7.93;rscore=2.99;uscore=1.65;tscore=3.95; +Chromosome pyrodigal_v3.2.1 CDS 4541903 4542871 176.2 + 0 ID=Chromosome_4248;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.567;conf=100.00;score=176.22;cscore=155.77;sscore=20.46;rscore=14.89;uscore=1.62;tscore=3.95; +Chromosome pyrodigal_v3.2.1 CDS 4542920 4544302 194.7 + 0 ID=Chromosome_4249;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.577;conf=99.99;score=194.75;cscore=192.19;sscore=2.55;rscore=11.22;uscore=-2.81;tscore=-6.60; +Chromosome pyrodigal_v3.2.1 CDS 4544323 4545555 196.1 + 0 ID=Chromosome_4250;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.509;conf=99.99;score=196.05;cscore=176.60;sscore=19.45;rscore=12.54;uscore=1.91;tscore=3.95; +Chromosome pyrodigal_v3.2.1 CDS 4545589 4545756 13.1 + 0 ID=Chromosome_4251;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.488;conf=95.31;score=13.10;cscore=1.09;sscore=12.01;rscore=7.40;uscore=1.09;tscore=2.60; +Chromosome StORF-Reporter CDS 4545746 4545862 . - 0 ID=StORF_8116d550d8b76fe9;locus_tag=Chromosome_UR_4545706_4545913_StORF_0;INFO=Additional_Annotation_StORF-Reporter;UR_Stop_Locations=42-162;Name=StORF_3105;StORF_Num_In_UR=0;StORF_Length=117;StORF_Frame=5;UR_StORF_Frame=4;Start_Stop=TAA;Mid_Stops=N/A;End_Stop=TGA;StORF_Type=StORF +Chromosome pyrodigal_v3.2.1 CDS 4545863 4547530 311.2 - 0 ID=Chromosome_4252;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGA/GGAG/GAGG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.547;conf=99.99;score=311.17;cscore=311.19;sscore=-0.02;rscore=4.06;uscore=3.17;tscore=-6.60; +Chromosome StORF-Reporter CDS 4547551 4547676 . - 0 ID=StORF_a4ea9cdb35d038b4;locus_tag=Chromosome_UR_4547480_4547791_StORF_1;INFO=Additional_Annotation_StORF-Reporter;UR_Stop_Locations=73-202;Name=StORF_3106;StORF_Num_In_UR=1;StORF_Length=126;StORF_Frame=4;UR_StORF_Frame=5;Start_Stop=TAA;Mid_Stops=N/A;End_Stop=TAA;StORF_Type=StORF +Chromosome pyrodigal_v3.2.1 CDS 4547741 4549678 238.2 + 0 ID=Chromosome_4253;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.545;conf=99.99;score=238.19;cscore=231.50;sscore=6.69;rscore=11.22;uscore=2.07;tscore=-6.60; +Chromosome StORF-Reporter CDS 4549650 4549847 . + 0 ID=StORF_dfcb6aa7cc1a9fe9;locus_tag=Chromosome_UR_4549628_4549848_StORF_0;INFO=Additional_Annotation_StORF-Reporter;UR_Stop_Locations=18-219;Name=StORF_3107;StORF_Num_In_UR=0;StORF_Length=198;StORF_Frame=3;UR_StORF_Frame=1;Start_Stop=TGA;Mid_Stops=N/A;End_Stop=TAA;StORF_Type=StORF +Chromosome pyrodigal_v3.2.1 CDS 4549798 4550094 34.9 + 0 ID=Chromosome_4254;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.542;conf=99.97;score=34.92;cscore=38.82;sscore=-3.91;rscore=-8.29;uscore=0.43;tscore=3.95; +Chromosome StORF-Reporter CDS 4550095 4550244 . + 0 ID=StORF_296f55962e0cce12;locus_tag=Chromosome_UR_4550044_4550291_StORF_0;INFO=Additional_Annotation_StORF-Reporter;UR_Stop_Locations=47-200;Name=StORF_3108;StORF_Num_In_UR=0;StORF_Length=150;StORF_Frame=1;UR_StORF_Frame=3;Start_Stop=TGA;Mid_Stops=N/A;End_Stop=TAA;StORF_Type=StORF +Chromosome pyrodigal_v3.2.1 CDS 4550241 4550753 51.7 - 0 ID=Chromosome_4255;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.561;conf=100.00;score=51.69;cscore=47.13;sscore=4.56;rscore=-1.52;uscore=2.79;tscore=3.95; +Chromosome StORF-Reporter CDS 4550713 4550823 . + 0 ID=StORF_ad341f6ba6f6393f;locus_tag=Chromosome_UR_4550703_4550855_StORF_0;INFO=Additional_Annotation_StORF-Reporter;UR_Stop_Locations=6-120;Name=StORF_3109;StORF_Num_In_UR=0;StORF_Length=111;StORF_Frame=1;UR_StORF_Frame=1;Start_Stop=TGA;Mid_Stops=N/A;End_Stop=TAG;StORF_Type=StORF +Chromosome pyrodigal_v3.2.1 CDS 4550805 4551452 81.8 + 0 ID=Chromosome_4256;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.562;conf=100.00;score=81.82;cscore=73.19;sscore=8.63;rscore=2.99;uscore=1.70;tscore=3.95; +Chromosome pyrodigal_v3.2.1 CDS 4551449 4552318 126.0 - 0 ID=Chromosome_4257;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.531;conf=100.00;score=126.02;cscore=109.97;sscore=16.04;rscore=11.22;uscore=1.54;tscore=3.95; +Chromosome StORF-Reporter CDS 4552314 4552496 . + 0 ID=StORF_245c180ba8cca031;locus_tag=Chromosome_UR_4552268_4552579_StORF_0;INFO=Additional_Annotation_StORF-Reporter;UR_Stop_Locations=42-228;Name=StORF_3110;StORF_Num_In_UR=0;StORF_Length=183;StORF_Frame=3;UR_StORF_Frame=1;Start_Stop=TGA;Mid_Stops=N/A;End_Stop=TAA;StORF_Type=StORF +Chromosome pyrodigal_v3.2.1 CDS 4552529 4553002 54.2 + 0 ID=Chromosome_4258;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.489;conf=100.00;score=54.21;cscore=55.80;sscore=-1.59;rscore=-8.29;uscore=2.75;tscore=3.95; +Chromosome pyrodigal_v3.2.1 CDS 4553015 4553704 83.2 + 0 ID=Chromosome_4259;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.551;conf=100.00;score=83.25;cscore=68.63;sscore=14.61;rscore=11.22;uscore=-1.69;tscore=3.95; +Chromosome pyrodigal_v3.2.1 CDS 4553704 4555128 177.5 + 0 ID=Chromosome_4260;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.538;conf=100.00;score=177.47;cscore=160.49;sscore=16.97;rscore=11.22;uscore=0.53;tscore=3.95; +Chromosome pyrodigal_v3.2.1 CDS 4555186 4556538 166.2 + 0 ID=Chromosome_4261;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.495;conf=100.00;score=166.20;cscore=146.75;sscore=19.44;rscore=14.89;uscore=-0.04;tscore=3.95; +Chromosome pyrodigal_v3.2.1 CDS 4556598 4557314 117.6 - 0 ID=Chromosome_4262;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.512;conf=100.00;score=117.59;cscore=109.45;sscore=8.14;rscore=2.99;uscore=1.86;tscore=3.95; +Chromosome StORF-Reporter CDS 4557296 4557394 . + 0 ID=StORF_8b4352eae2897f7e;locus_tag=Chromosome_UR_4557264_4558000_StORF_0;INFO=Additional_Annotation_StORF-Reporter;UR_Stop_Locations=28-130;Name=StORF_3111;StORF_Num_In_UR=0;StORF_Length=99;StORF_Frame=2;UR_StORF_Frame=2;Start_Stop=TAA;Mid_Stops=N/A;End_Stop=TAA;StORF_Type=StORF +Chromosome StORF-Reporter CDS 4557395 4557550 . + 0 ID=StORF_1c368d8afaedd4b2;locus_tag=Chromosome_UR_4557264_4558000_StORF_1;INFO=Additional_Annotation_StORF-Reporter;UR_Stop_Locations=127-286;Name=StORF_3112;StORF_Num_In_UR=1;StORF_Length=156;StORF_Frame=2;UR_StORF_Frame=2;Start_Stop=TAA;Mid_Stops=N/A;End_Stop=TAA;StORF_Type=StORF +Chromosome StORF-Reporter CDS 4557780 4557932 . + 0 ID=StORF_5ee56d5d177084b2;locus_tag=Chromosome_UR_4557264_4558000_StORF_2;INFO=Additional_Annotation_StORF-Reporter;UR_Stop_Locations=512-668;Name=StORF_3113;StORF_Num_In_UR=2;StORF_Length=153;StORF_Frame=3;UR_StORF_Frame=3;Start_Stop=TAG;Mid_Stops=N/A;End_Stop=TGA;StORF_Type=StORF +Chromosome pyrodigal_v3.2.1 CDS 4557950 4558636 66.3 + 0 ID=Chromosome_4263;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.498;conf=100.00;score=66.31;cscore=58.26;sscore=8.05;rscore=2.99;uscore=1.11;tscore=3.95; diff --git a/setup.cfg b/setup.cfg index b2f382a..bd5b4d8 100644 --- a/setup.cfg +++ b/setup.cfg @@ -1,6 +1,6 @@ [metadata] name = StORF-Reporter -version = v1.3.1 +version = v1.3.2 author = Nicholas Dimonaco author_email = nicholas@dimonaco.co.uk description = StORF-Reporter - A a tool that takes an annotated genome and returns missing CDS genes (Stop-to-Stop) from unannotated regions. diff --git a/src/StORF_Reporter/Constants.py b/src/StORF_Reporter/Constants.py index 3be4d48..9f59489 100644 --- a/src/StORF_Reporter/Constants.py +++ b/src/StORF_Reporter/Constants.py @@ -1 +1 @@ -StORF_Reporter_Version = 'v1.3.1' +StORF_Reporter_Version = 'v1.3.2' diff --git a/src/StORF_Reporter/StORF_Reporter.py b/src/StORF_Reporter/StORF_Reporter.py index ac95d4d..8c3e776 100644 --- a/src/StORF_Reporter/StORF_Reporter.py +++ b/src/StORF_Reporter/StORF_Reporter.py @@ -59,6 +59,23 @@ def get_directory_names(path): return directories ############################ +def compute_hash(StORF, Reporter_options,track_contig): + ### Compute the hash/locus tag here + ID = track_contig + '_UR_' + StORF[0] + '_' + StORF[10] + '_' + str(StORF[9]) + try: + to_hash = Reporter_options.gff.split('.')[0] + '_' + ID # create unique hash from outfile name and ID + except AttributeError: # Will go here for Pyrodigal + to_hash = Reporter_options.fasta.split('.')[ + 0] + '_' + ID # create unique hash from outfile name and ID + if len(StORF[11].split(',')) >= 3: # fix for con-storfs - TBD + StORF_Type = 'Con-StORF_' + else: + StORF_Type = 'StORF_' + StORF_Hash = StORF_Type + hashlib.shake_256(to_hash.encode()).hexdigest(8) + return StORF_Hash, ID + + +############################ def get_outfile_name(Reporter_options): if Reporter_options.o_dir == None and Reporter_options.o_name == None and Reporter_options.alt_filename == None: if Reporter_options.annotation_type[1] in ['Out_Dir', 'Multiple_Out_Dirs']: @@ -125,13 +142,7 @@ def get_outfile_name(Reporter_options): ############################ -def GFF_StORF_write(Reporter_options, track_contig, gff_out, StORF, StORF_Num): # Consistency in outfile - ID = track_contig + '_UR_' + StORF[0] + '_' + StORF[10] + '_'+ str(StORF[9]) - try: - to_hash = gff_out.split('.')[0] + '_' + ID # create unique hash from outfile name and ID - except AttributeError: - to_hash = gff_out.name.split('.')[0] + '_' + ID # create unique hash from outfile name and ID - locus_tag = hashlib.shake_256(to_hash.encode()).hexdigest(8) +def GFF_StORF_write(Reporter_options, track_contig, gff_out, StORF, StORF_Num, StORF_Hash, ID): # Consistency in outfile ### Write out new GFF entry - strand = StORF[7] start = StORF[3] @@ -171,23 +182,16 @@ def GFF_StORF_write(Reporter_options, track_contig, gff_out, StORF, StORF_Num): StORF_length = int(gff_stop) + 1 - int(gff_start) # +1 to adjust for base-1 gff_out.write(track_contig + '\tStORF-Reporter\t' + Reporter_options.feature_type + '\t' + str(gff_start) + '\t' + str(gff_stop) + '\t.\t' + - StORF[7] + '\t0\t' + StORF_Type + locus_tag + ';locus_tag=' + ID + ';INFO=Additional_Annotation_StORF-Reporter;UR_Stop_Locations=' + StORF[11].replace(',','-') + ';Name=' + + StORF[7] + '\t0\tID=' + StORF_Hash + ';locus_tag=' + ID + ';INFO=Additional_Annotation_StORF-Reporter;UR_Stop_Locations=' + StORF[11].replace(',','-') + ';Name=' + StORF[10] + '_' + str(StORF_Num) + ';' + StORF[10] + '_Num_In_UR=' + str(StORF[9]) + ';' + StORF[10] + '_Length=' + str(StORF_length) + ';' + StORF[10] + '_Frame=' + str(frame) + ';UR_' + StORF[10] + '_Frame=' + str(StORF[6]) + ';Start_Stop=' + start_stop + ';Mid_Stops=' + mid_stop + ';End_Stop=' + end_stop + ';StORF_Type=' + StORF[10] + '\n') -def FASTA_StORF_write(Reporter_options, track_contig, fasta_out, StORF): # Consistency in outfile - ## This should compute the same hash as the one for GFF_Write - Should not be computed twice though - ID = track_contig + '_UR_' + StORF[0] + '_' + StORF[10] + '_'+ str(StORF[9]) - to_hash = fasta_out.name.split('.')[0] + '_' + ID # create unique hash from outfile name and ID - if len(StORF[11].split(',')) >= 3: # fix for con-storfs - TBD - StORF_Type = 'Con-StORF_' - else: - StORF_Type = 'StORF_' - locus_tag = StORF_Type + hashlib.shake_256(to_hash.encode()).hexdigest(8) +def FASTA_StORF_write(Reporter_options, fasta_out, StORF, StORF_Hash): # Consistency in outfile + ### Wrtie out new FASTA entry - Currently only write out as nt - fasta_out.write('>'+locus_tag+'\n') + fasta_out.write('>'+StORF_Hash+'\n') sequence = StORF[-1] if Reporter_options.translate == True: sequence = translate_frame(sequence[0:]) @@ -204,7 +208,7 @@ def FASTA_StORF_write(Reporter_options, track_contig, fasta_out, StORF): # Cons storf_fasta_outfile = open(fasta_out.name.replace('.fasta','_StORFs_Only.fasta'),'a') else: storf_fasta_outfile = open(fasta_out.name.replace('.fasta.gz','_StORFs_Only.fasta.gz'),'a') - storf_fasta_outfile.write('>' + locus_tag + '\n') + storf_fasta_outfile.write('>' + StORF_Hash + '\n') if Reporter_options.line_wrap == True: wrapped = textwrap.wrap(sequence, width=60) for wrap in wrapped: @@ -567,9 +571,11 @@ def StORF_Filler(Reporter_options, Reported_StORFs): fasta_outfile.write(Original_Seq+'\n') if StORFs: for StORF in StORFs: - GFF_StORF_write(Reporter_options, track_contig, Reporter_options.gff_outfile, StORF, StORF_Num) # To keep consistency + ###Compute hash/locus tag + StORF_Hash, ID = compute_hash(StORF,Reporter_options, track_contig) + GFF_StORF_write(Reporter_options, track_contig, Reporter_options.gff_outfile, StORF, StORF_Num, StORF_Hash, ID) # To keep consistency if (Reporter_options.annotation_type[1] in ['Out_Dir', 'Multiple_Out_Dirs'] or Reporter_options.storfs_out == True): - FASTA_StORF_write(Reporter_options, track_contig, fasta_outfile, StORF) + FASTA_StORF_write(Reporter_options, fasta_outfile, StORF, StORF_Hash) StORF_Num += 1 if line != written_line: Reporter_options.gff_outfile.write(line.strip()+'\n') @@ -579,9 +585,11 @@ def StORF_Filler(Reporter_options, Reported_StORFs): StORFs = find_after_StORFs(Reporter_options, Contig_URS, track_prev_start, track_prev_stop, track_prev_contig) # Changed to prev stop because we are switching from previous contig if StORFs: for StORF in StORFs: - GFF_StORF_write(Reporter_options, track_prev_contig, Reporter_options.gff_outfile, StORF, StORF_Num) # To keep consistency + ###Compute hash/locus tag + StORF_Hash, ID = compute_hash(StORF,Reporter_options, track_contig) + GFF_StORF_write(Reporter_options, track_prev_contig, Reporter_options.gff_outfile, StORF, StORF_Num, StORF_Hash, ID) # To keep consistency if Reporter_options.annotation_type[1] in ['Out_Dir', 'Multiple_Out_Dirs'] or Reporter_options.storfs_out == True: - FASTA_StORF_write(Reporter_options, track_contig, fasta_outfile, StORF) + FASTA_StORF_write(Reporter_options, fasta_outfile, StORF, StORF_Hash) StORF_Num += 1 Reporter_options.gff_outfile.write(line.strip() + '\n') @@ -764,8 +772,8 @@ def main(): else: exit('StORF-Reporter: error: the following arguments are required: -anno, -p') - if Reporter_options.translate == True and Reporter_options.storfs_out == False and Reporter_options.annotation_type[1] != 'Multiple_Out_Dirs': - exit('StORF-Reporter "-sout True" is required when "-aa True" is selected') + if Reporter_options.translate == True and Reporter_options.storfs_out == False and Reporter_options.annotation_type[1] not in ['Out_Dir', 'Multiple_Out_Dirs']: + exit('StORF-Reporter: "-sout True" is required when "-aa True" is selected') print("Thank you for using StORF-Reporter -- A detailed user manual can be found at https://github.com/NickJD/StORF-Reporter\n" @@ -809,15 +817,18 @@ def main(): if Reporter_options.annotation_type[0] in ('Prokka','Bakta') and Reporter_options.annotation_type[1] == 'Out_Dir': Reporter_options.output_file = output_file #### Checking and cleaning - for fname in os.listdir(Reporter_options.path): - if '_StORF-Reporter_Extended' in fname and Reporter_options.overwrite == False: - parser.error( - 'Prokka/Bakta directory not clean and already contains a StORF-Reporter output. Please delete or use "-overwrite True" and try again.') - elif '_StORF-Reporter_Extended' in fname and Reporter_options.overwrite == True: - file_path = os.path.join(Reporter_options.path, fname) - os.remove(file_path) - if Reporter_options.verbose == True: - print('StORF-Reporter output ' + fname + ' will be overwritten.') + try: + for fname in os.listdir(Reporter_options.path): + if '_StORF-Reporter_Extended' in fname and Reporter_options.overwrite == False: + parser.error( + 'Prokka/Bakta directory not clean and already contains a StORF-Reporter output. Please delete or use "-overwrite True" and try again.') + elif '_StORF-Reporter_Extended' in fname and Reporter_options.overwrite == True: + file_path = os.path.join(Reporter_options.path, fname) + os.remove(file_path) + if Reporter_options.verbose == True: + print('StORF-Reporter output ' + fname + ' will be overwritten.') + except FileNotFoundError: + sys.exit("Incorrect file path '" + Reporter_options.path + "' - Please check input") #### Reporter_options.gene_ident = "misc_RNA,gene,mRNA,CDS,rRNA,tRNA,tmRNA,CRISPR,ncRNA,regulatory_region,oriC,pseudo" Contigs, Reporter_options = run_UR_Extractor_Directory(Reporter_options) @@ -828,7 +839,7 @@ def main(): print("Finished: " + Reporter_options.gff.split(os.sep)[-1]) ############## Setup for Multi[;e Prokka/Bakta output directories - if Reporter_options.annotation_type[0] in ('Prokka','Bakta') and Reporter_options.annotation_type[1] == 'Multiple_Out_Dirs': + elif Reporter_options.annotation_type[0] in ('Prokka','Bakta') and Reporter_options.annotation_type[1] == 'Multiple_Out_Dirs': fixed_path = Reporter_options.path # So we can modify the path variable later directories = get_directory_names(fixed_path) for directory in directories: @@ -948,7 +959,6 @@ def main(): else: Reporter_options.output_file = output_file - if Reporter_options.verbose == True: print("Starting: " + str(gff.split(os.sep)[-1])) if Reporter_options.annotation_type[1] in ('Single_Combined_GFF', 'Multiple_Combined_GFFs'):