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HW_读我_处理数据绘制splitstree枝条颜色.md

File metadata and controls

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用于 splitstree6 批量绘制枝条颜色的数据处理

20240303 黄玮

步骤一

  1. 用 splistree6 打开 .nex 文件🔗，另存为 .stree6 文件， 使用 VScode 等编辑器打开 .stree6 文件
    • 在进行后续操作之前，注意备份好 .nex 和 .stree6 文件
  2. 搜索 Input Taxa，将其下的TAXLABELS复制保存为 TAXLABELS.txt 文件🔗，注意不要与 Working Taxa 中的内TAXLABELS相混。 内容如：
[1] 'UIGHUR_XINJIANG_YILI_YINING'
[2] 'KAZAKH_XINJIANG_HABAHE'
[3] 'KAZAKH_XINJIANG_CHABUCHAER'
[4] 'KIRGHIZ_XINJIANG_KEZILESU'
[5] 'UZBEK_XINJIANG_ULUMUQI'
[6] 'TATAR_XINJIANG_ULUMUQI'
[7] 'TUVA_XINJIANG_ALETAI_BUERJIN'
[8] 'SALAER_QINGHAI_HAIDONG_XUNHUA'
[9] 'YUGU_GANSU_SUNAN_LIANHUA'
[10] 'AYNU'
[11] 'UYGHUR'
[12] 'WEST_YUGUR'

## 注释：上面方括号中的是 taxa id，右边引号中是语档名称
## 顶格
  1. 搜索BEGIN SPLITS;，将其下的MATRIX下的内容复制保存为 MATRIX.txt 文件🔗，内容如：
 [1, size=1]    1.01405344    1, 
 [2, size=2]    0.76986088    1 11, 
 [3, size=3]    0.16998447    1 10 11, 
 [4, size=5]    0.16988877    1 7 8 9 10 11 12, 
 [5, size=4]    0.1643407    1 2 7 8 9 10 11 12, 
 [6, size=1]    1.37015191    1 2 3 4 6 7 8 9 10 11 12, 
 [7, size=1]    2.23683057    1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 12, 
 [8, size=5]    0.25397301    1 3 4 5 6, 
 [9, size=3]    0.10568184    1 5 6, 
 [10, size=2]    0.25042598    1 5, 
 [11, size=1]    5.87411191    1 2 3 4 5 6 7 8 9 11 12, 
 [12, size=2]    0.27483692    1 2 3 4 5 6 8 9 11 12, 
 [13, size=5]    0.1345841    1 2 3 4 5 6 11, 
 [14, size=5]    0.21406404    1 4 5 6 11, 
 [15, size=3]    0.03583032    1 5 11, 
 [16, size=1]    3.02197665    1 2 3 4 5 6 8 9 10 11 12, 
 [17, size=2]    0.02813038    1 2 3 4 5 6 9 10 11 12, 
 [18, size=3]    0.16969986    1 2 3 4 5 6 10 11 12, 
 [19, size=1]    2.50250332    1 2 3 4 5 6 7 9 10 11 12, 
 [20, size=2]    0.40667705    1 2 3 4 5 6 7 10 11 12, 
 [21, size=1]    1.94496825    1 2 3 4 5 6 7 8 10 11 12, 
 [22, size=2]    0.73234611    1 2 3 4 5 6 7 8 10 11, 
 [23, size=3]    0.12562682    1 3 4 5 6 7 8 10 11, 
 [24, size=1]    3.15754692    1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11, 
 [25, size=1]    2.19893964    1 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12, 
 [26, size=2]    0.34752397    1 4 5 6 7 8 9 10 11 12, 
 [27, size=3]    0.19409975    1 5 6 7 8 9 10 11 12, 
 [28, size=4]    0.22481508    1 5 7 8 9 10 11 12, 
 [29, size=1]    0.80291046    1 2 4 5 6 7 8 9 10 11 12, 
 [30, size=2]    0.23789141    1 2 5 6 7 8 9 10 11 12, 
 [31, size=1]    0.98172901    1 2 3 5 6 7 8 9 10 11 12, 
 [32, size=1]    1.54206049    1 2 3 4 5 7 8 9 10 11 12, 

## 注释：方括号里的第一个数字 是节点的 id 或者叫 nsplits id，
## 注意与上面的 taxa id 不同，而后面指定枝条的颜色需要使用的是这个nsplits id， 
## 而指定标签和标签背景的颜色需要使用 taxa id，
## size 后面的数字表示该节点有几个 taxa，
## 中间一列在这个任务中没有用，
## 最后一列列出的数字是 taxa id，后面的任务需要根据这个进行反推，
## 即通过这堆数字推测出该 taxa 所在的 nsplits id，然后指定枝条的颜色。
## 顶格
  1. 制作一个语档分组，即想把语档的标签文字、标签背景、线条分别设置成什么颜色，同一个方言或符合相同预设条件的分为同一个组，存为 docu_color.txt 文件🔗（使用 tab 分隔），如：
docu label_c label_background_c edge_c
UIGHUR_XINJIANG_YILI_YINING 1 0 1
KAZAKH_XINJIANG_HABAHE 1 0 1
KAZAKH_XINJIANG_CHABUCHAER 1 0 1
KIRGHIZ_XINJIANG_KEZILESU 2 0 2
UZBEK_XINJIANG_ULUMUQI 2 0 2
TATAR_XINJIANG_ULUMUQI 2 0 2
TUVA_XINJIANG_ALETAI_BUERJIN 2 0 2
SALAER_QINGHAI_HAIDONG_XUNHUA 3 0 3
YUGU_GANSU_SUNAN_LIANHUA 3 0 3
AYNU 3 0 3
UYGHUR 4 0 4
WEST_YUGUR 4 0 4

注意：

  • 如果不想要标签的背景颜色，则 label_background_c 列均设置为0（0对应透明色）。
  • 一般label_c 和 edge_c 可以设置为一样，这样标签和枝条的颜色是一样的。
  • 如果超过20个类别，需要修改 python 代码中的颜色字典，增加颜色。

步骤二

  1. 在 jupyter lab 中依次运行 HW_准备绘制枝条颜色数据.ipynb 文件🔗 的单元格
  2. 得到输出文件 df_color.txt 文件🔗 和 df_edgcolor.txt 文件🔗
  3. 将 df_color.txt 中的内容复制，替换掉 .stree6 中 Input Taxa 下的 DISPLAYLABELS （注意不是 TAXLABELS）
  4. 将 df_edgcolor.txt 中的内容复制，替换掉 .stree6 中 TITLE 'SplitsNetwork'; 下的 Edits = 后的内容，注意最后有一个英文的逗号不要误删了

步骤三

  1. 保存 .stree6 文件，做好备份
  2. 打开 splitstree6 读取 .stree6 文件🔗


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