semi automatic RNA-Seq analysis
Este repositório contém um fluxo de trabalho para realizar análise de RNA-Seq criado por Laise de Moraes e Joyce Silva (FIOCRUZ-IGM).
Baixe e instale o fluxo de trabalho a partir do repositório do GitHub:
git clone --recursive https://github.com/khourious/sara.git; cd sara
chmod 700 -R DEPENDENCIES
bash DEPENDENCIESSerá necessário criar uma planilha em formato CSV. Esta planilha precisa estar armazenada no diretório SHEETS.
O nome do arquivo CSV irá corresponder ao nome da bibliotera de RNA-Seq e conterá na primeira linha: xxx,xxx,xxx e nas próximas linhas: xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx -- ATENÇÃO: SEM CABEÇALHO!!
xxx,xxx,xxx
semi automatic RNA-Seq analysis <<< análise semi automática de RNA-Seq >>>
Uso: sara -c <nome do arquivo de configuração>
-c Nome do arquivo CSV que contém a lista de programas e os grupos experimentais.
-t Número máximo de threads (padrão: todos os núcleos).