main.c

// #include <stdio.h>
// #include <stdlib.h>
// #include <time.h>
// #include <string.h>
// #include <ctype.h>
//
// //#define BUFFERMAX 50
//
// // char genBases() //Génération aléatoire de bases
// // {
// // 	int Random= rand() % 3;
// // 	char c;
// // 	switch(Random)
// // 	{
// // 		case 0 : c = 'a';break;
// // 		case 1 : c = 't';break;
// // 		case 2 : c = 'g';break;
// // 		case 3 : c = 'c';break;
// // 	}
// // 	return c;
// // }
// //
// // //***********************************************************************
// //
// void LireChaine(char chaine[], int size) //Permet de lire une chaine de caractère rentrée par l'utilisateur
// {
// 	fgets(chaine,size,stdin);
// 	chaine[strlen(chaine)-1] = '\0';
// }
// //
// // //***************************************************
// //
// // int LireNombreEntier() //Permet de lire un nombre entier
// // {
// // 	char chaine[64];
// // 	fgets(chaine,64,stdin);
// //
// // 	return atoi(chaine);
// // }
//
// //***********************************************************************
//
// // int chanceMotif() //Pourcentage d'apparition du motif dans la séquence
// // {
// // 	int Random= rand() % 100;
// // 	if (Random>2)
// // 	{
// // 		return 0;
// // 	}
// // 	else
// // 	{
// // 		return 1;
// // 	}
// // }
//
// //*****************************************************************
//
// // int chanceSubst() //Pourcentage de chance de substitution
// // {
// // 	int Random= rand() % 100;
// // 	if (Random>10)
// // 	{
// // 		return 0;
// // 	}
// // 	else
// // 	{
// // 		return 1;
// // 	}
// // }
// //
// // //************************************************
// //
// // char* substMotif(char motif[], FILE* Seqfile)
// // {
// // 	char* motif2 = calloc(strlen(motif) + 1, sizeof(char));
// // 	strcpy(motif2,motif);
// // 	char subst[1],nuc[1];
// // 	int i=0;
// // 	while(i<strlen(motif2))
// // 	{
// // 		int j=chanceSubst();
// // 		subst[0]=genBases();
// // 		nuc[0]=motif2[i];
// // 		if (j && (subst[0] != nuc[0]) )
// // 		{
// // 			fprintf(Seqfile, "\n\tSubstitution du nucléotide numéro %i (%c) en %c",i+1, motif2[i],subst[0] );
// // 			//printf("Substitution de %c en %c\n",motif2[i],subst[0] );
// // 			motif2[i]=subst[0];
// // 			//printf("%s\n",motif2);
// // 		}
// // 		i++;
// // 	}
// // 	//printf("motif 2 : %s\n",motif2);
// // 	return motif2;
// // }
// //
// // //************************************************************************
// //
// // void genSeq(int tailleSeq, int tailleMotif, int subst, char motif[], FILE* Seqfile, FILE* Fastafile)
// // {
// // 	char* Seq = (char*)malloc(sizeof(char) * tailleSeq);
// // 	int i=0;
// // 	int pos;
// // 	int occ=0;
// // 	char motif2[120];
// //
// //
// //
// // 	fprintf(Seqfile, "Position(s) : ");
// //
// // 	if (tailleMotif<=tailleSeq) //Si la taille du motif est inférieure à la taille de la séquence
// // 	{
// // 		while(i < tailleSeq) //Tant qu'on est dans la séquence
// // 		{
// // 			int j = chanceMotif(); //Chance d'apparition du motif
// // 			if(j && ((tailleSeq-i) > tailleMotif)) // Si le motif doit apparaitre et qu'il reste assez de nucléotides dans la séquence pour l'apparition du motif
// // 			{
// // 				int substmotif = 0;
// // 				int k = chanceSubst();
// // 				pos=i+1;
// //
// // 				fprintf(Seqfile,"\n%i ",pos );
// // 				if (k && substmotif <= subst) // S'il y a une substitution et qu'on a pas encore atteint le nombre max de substitutions
// // 				{
// // 					strcpy(motif2,substMotif(motif,Seqfile));
// // 					strncat(Seq,motif2,tailleMotif);
// // 					substmotif++;
// // 					//printf("%s\n", motif);
// // 					i=i+tailleMotif;
// // 					occ = occ +1;
// // 				}
// // 				else
// // 				{
// // 					strncat(Seq,motif,tailleMotif);
// // 					//printf("%s\n", motif);
// // 					i=i+tailleMotif;
// // 					occ = occ +1;
// // 				}
// //
// // 			}
// // 			else
// // 			{
// // 				Seq[i]=genBases();
// // 				i=i+1;
// // 			}
// //
// // 		}
// // 		Seq[i]='\0';
// // 		fprintf(Fastafile,"%s\n",Seq );
// // 		fprintf(Seqfile, "\nOccurence(s) : %i\n\n", occ);
// // 	}
// // 	else
// // 	{
// // 		printf("Erreur, la taille de la séquence doit être plus grande que celle du motif\n");
// // 	}
// // }
//
// //***********************************************************************
// //***********************************************************************
//
// int main(int argc, char const *argv[])
// {
// 	srand(time(NULL));
//
// 	int tailleUtil,i;
// 	//char taille[BUFFERMAX];
//
// 	char motif[150] ; //Motif entré par l'utilisateur
// 	char nom[20]; //Nom du fichier que l'utilisateur veut générer
// 	char filename[20];
// 	char fastaname[20];
// 	int subst = 0 ; //Nombre de substitutions max
//
// 	printf("Nom du fichier à générer :\n");
// 	LireChaine(nom,20);
// 	printf("Motif :\n");
// 	LireChaine(motif,150);
// 	int tailleMotif=strlen(motif);
// 	printf("tailleMotif : %i\n",tailleMotif );
// 	printf("Nombre de substitutions autorisées : \n");
// 	subst = LireNombreEntier();
//
//
// 	FILE* Seqfile = NULL;
// 	FILE* Fastafile = NULL;
//
// 	sprintf(filename,"%s.txt",nom);
// 	Seqfile = fopen(filename,"w");
// 	sprintf(fastaname,"%s.fasta",nom);
// 	fprintf(Seqfile, "Motif : %s\n\n",motif);
// 	Fastafile = fopen(fastaname,"w");
//
// 	//char nombreSeq[BUFFERMAX];
// 	int choixSeq=0 ;
// 	printf("Combien de séquences voulez vous générer ?\n");
// 	do
// 	{
// 		printf(">");
// 		choixSeq = LireNombreEntier();
// 	} while(choixSeq == 0);
//
//
// 	for (i = 0; i < choixSeq; ++i)
// 	{
// 		fprintf(Seqfile, "Seq %i\n", i+1);
// 		fprintf(Fastafile, ">seq%i\n", i+1);
// 		int choixTaille= rand()%250+10;
// 		fprintf(Seqfile, "Taille : %i\n", choixTaille);
// 		genSeq(choixTaille,tailleMotif,subst,motif,Seqfile,Fastafile);
// 	}
//
//
// 	fclose(Seqfile);
//
// 	return 0;
// }