install_windows.md

Install on Windows

• install conda

• install Microsoft Visual C++ compiler for python 2.7. or for python 3.6 Build Tools for Visual Studio 2017

• install Lisa using conda from cmd

  conda create -n lisa36 python=3.6
  activate lisa36
  conda install pip
  conda install -c mjirik -c SimpleITK -c menpo -c conda-forge pip lisa pygco
  

Problems on Windows

• pygco install failed

  1. install with pip can help. Try:

      pip install pygco
     

  2. download compiled .pyd file and put it into conda's site-package directory: Miniconda3\envs\lisa36\Lib\site-packages

• Unable to install SimpleITK

  • install version 1.0.1

For developers

• Download and install Git Select "Run Git from the Windows Command Prompt" or "Run Git and included Unix tools from the Windows Command Prompt"
• Download and install CMake

Install Windows with PythonXY

• Python XY (http://code.google.com/p/pythonxy/)

  Add all packages.

• Git (http://www.git-scm.com/download/win)

  Select "Run Git from the Windows Command Prompt" or "Run Git and included Unix tools from the Windows Command Prompt"

• gco_python

  Fallowing lines downloads gco and gco_python. Then it makes build with mingw compiler and install.

    git clone https://github.com/amueller/gco_python.git
    cd gco_python
    mkdir gco_src && cd gco_src
    curl -O http://vision.csd.uwo.ca/code/gco-v3.0.zip
    unzip gco-v3.0.zip
    cd ..
    curl -O https://raw2.github.com/mjirik/pyseg_base/master/distr/gco_python.pyx.patch
    patch gco_python.pyx < gco_python.pyx.patch
    python setup.py build_ext -i --compiler=mingw32
    python.exe setup.py build --compiler=mingw32
    python.exe setup.py install --skip-build
  

• Get requested modules

    pip install imcut dicom2fem sed3
  

Problems on Windows:

• Cython not found. Install cython from https://code.google.com/p/pythonxy/wiki/Downloads#Plugin_updates

• UnicodeDecodeError: 'ascii' codec can't decode byte 0x82 in position 0: ordinal not in range(128)

  You can either find and remove the offending font (the best idea) or try to patch your installation using the following procedure:

  • Open the following in a text editor:

      \Users\dafonseca\AppData\Local\Enthought\Canopy\User\lib\site- packages\matplotlib\font_manager.py
    

  • Search for

      sfnt4 = sfnt4.decode('ascii').lower()
    

  • And replace with

      sfnt4 = sfnt4.decode('ascii', 'ignore').lower()
    

  Note that this bug won't exist in the next release of matplotlib.

  For more information see: http://stackoverflow.com/questions/18689854/enthought-matplotlib-problems-with-plot-function

Windows Install - old version in czech

http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/

1. Python (*)
2. Numpy (musi byt nainstalovan drive nez Scipy) (*)
3. Scipy (musi byt nainstalovan po Numpy) (*)

*) Poznamky: Je potreba pozorne volit 64/32 bit knihovny a nezamenovat je. Python, i knihovny museji byt jen 64 bit nebo jen 32 bit. Doporucujeme uzivat Numpy MKL. Jsou to vypocetni optimalizace, ktere pozdeji pozadujici navazujici baliky.

Errory:

1. V pripade zavaznejsich problemu (tzn. nefunkcnost) vymazat dane verze Pythonu, Numpy a Scipy a preinstalovat je.
2. Resit na strankach vyrobce softwaru.

Dodatecne instalace:

1. matplotlib Navod je zde: (http://matplotlib.org/users/installing.html) Melo by stacit ze stranky (http://sourceforge.net/projects/matplotlib/files/) ve slozce "matplotlib" stahnout prislusnou verzi matplotlib a nainstalovat po nainstalovani Numpy a Scipy.

gco_python v sedmi snadných krocích

ověřeno pro python 2.7 32

1. Python 2.7 pro 32-bit architekturu

2. Zdrojové kódy

V zásadě je potřeba mít zdrojové kódy gco a gco_python.

• gco_python (https://github.com/amueller/gco_python/archive/master.zip)
• gco (http://vision.csd.uwo.ca/code/gco-v3.0.zip)

Gco se normálně překládá pomocí matlabu. My to uděláme jinak. Zdrojové kódy uspořádejme tak, že bude adresář gco_python se zdrojovými kódy gco_python a v něm bude adresář gco_src s kódy gco.

3. Překladač

Patrně lze použít jakýkoliv, ale mě to (po mnoha problémech) fungovalo s 32-bitovým mingw

4. Moduly Pythonu

Musí se jednat o příslušné verze - 32bit

numpy scipy scikit-learn matplotlib cython pydicom pyyaml

lze nainstalovat pomocí pip:

pip install numpy scipy scikit-learn matplotlib cython pydicom pyyaml

5. Oprava konfiguračního souboru v Pythonu V konfiguračním souboru je volání gcc se zastaralým parametrem -mno-cygwin. Je potřeba odstranit všechny výskyty tohoto slova z konfiguračního souboru:

   "C:\Python27\Lib\distutils\cygwinccompiler.py"

6. Kompilace

Všechny následující příkazy spouštíme v adresáři gco_python s pythonem 27

Překlad gco_src s překladačem mingw

python.exe setup.py build_ext -i --compiler=mingw32

Vytvoření knihoven z gco_python

python.exe setup.py build --compiler=mingw32
python.exe setup.py install --skip-build

nakopírování knihoven na příslušná místa. Od teď půjde knihovna gco_python volat z jakéhokoliv python skriptu.

7. Ověření

   python example.py

Výsledek by se měl podobat obrázkům na adrese: http://peekaboo-vision.blogspot.cz/2012/05/graphcuts-for-python-pygco.html

nainstalovat mingw