From 477bbff56ee976469975d31de0f900500ac50506 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Trevor Bedford Date: Sat, 9 Mar 2024 15:47:06 -0800 Subject: [PATCH] Update Pango color ordering This commit took nested ordering of Pango lineages from https://github.com/cov-lineages/lineages-website/blob/master/_data/lineage_data.full.json and used this to update color ordering for "pango_lineage" as well as creating a color ordering for "Nextclade_pango". Previously, "Nextclade_pango" had random colors per lineage. This will now generally give adjacent Pango lineages similar colors. --- defaults/color_ordering.tsv | 6356 ++++++++++++++++++++++++++++++++++- 1 file changed, 6341 insertions(+), 15 deletions(-) diff --git a/defaults/color_ordering.tsv b/defaults/color_ordering.tsv index d39be3931..365d8809d 100644 --- a/defaults/color_ordering.tsv +++ b/defaults/color_ordering.tsv @@ -34393,12 +34393,12 @@ pango_lineage B.1.1.234 pango_lineage B.1.1.236 pango_lineage B.1.1.237 pango_lineage B.1.1.239 -pango_lineage B.1.1.240 -pango_lineage AJ.1 pango_lineage B.1.1.241 pango_lineage AH.1 pango_lineage AH.2 pango_lineage AH.3 +pango_lineage B.1.1.240 +pango_lineage AJ.1 pango_lineage B.1.1.242 pango_lineage B.1.1.243 pango_lineage B.1.1.244 @@ -34408,9 +34408,9 @@ pango_lineage B.1.1.253 pango_lineage B.1.1.254 pango_lineage B.1.1.255 pango_lineage B.1.1.256 -pango_lineage B.1.1.257 pango_lineage B.1.1.258 pango_lineage B.1.1.261 +pango_lineage B.1.1.257 pango_lineage B.1.1.262 pango_lineage B.1.1.263 pango_lineage B.1.1.265 @@ -34659,6 +34659,7 @@ pango_lineage B.1.1.524 pango_lineage B.1.1.525 pango_lineage B.1.1.526 pango_lineage B.1.1.528 +pango_lineage B.1.1.529 pango_lineage BA.1 pango_lineage BA.1.1 pango_lineage BA.1.1.1 @@ -34722,6 +34723,9 @@ pango_lineage BA.2.2.1 pango_lineage BA.2.3 pango_lineage BA.2.3.1 pango_lineage BA.2.3.2 +pango_lineage BS.1 +pango_lineage BS.1.1 +pango_lineage BS.1.2 pango_lineage BA.2.3.4 pango_lineage BA.2.3.5 pango_lineage BA.2.3.6 @@ -34735,9 +34739,40 @@ pango_lineage BA.2.3.13 pango_lineage BA.2.3.14 pango_lineage BA.2.3.15 pango_lineage BA.2.3.16 +pango_lineage BP.1 pango_lineage BA.2.3.17 pango_lineage BA.2.3.18 pango_lineage BA.2.3.19 +pango_lineage BA.2.3.20 +pango_lineage CM.1 +pango_lineage CM.2 +pango_lineage CM.2.1 +pango_lineage CM.3 +pango_lineage CM.4 +pango_lineage CM.4.1 +pango_lineage CM.5 +pango_lineage CM.5.1 +pango_lineage CM.5.2 +pango_lineage CM.6 +pango_lineage CM.6.1 +pango_lineage CM.7 +pango_lineage CM.7.1 +pango_lineage CM.7.1.1 +pango_lineage CM.8 +pango_lineage CM.8.1 +pango_lineage CM.8.1.1 +pango_lineage FV.1 +pango_lineage CM.8.1.2 +pango_lineage CM.8.1.3 +pango_lineage CM.8.1.4 +pango_lineage CM.8.1.5 +pango_lineage CM.9 +pango_lineage CM.10 +pango_lineage CM.11 +pango_lineage CM.12 +pango_lineage BA.2.3.21 +pango_lineage DD.1 +pango_lineage BA.2.3.22 pango_lineage BA.2.4 pango_lineage BA.2.5 pango_lineage BA.2.6 @@ -34749,10 +34784,14 @@ pango_lineage BA.2.9.2 pango_lineage BA.2.9.3 pango_lineage BA.2.9.4 pango_lineage BA.2.9.5 +pango_lineage BA.2.9.6 +pango_lineage BA.2.9.7 pango_lineage BA.2.10 pango_lineage BA.2.10.1 +pango_lineage BJ.1 pango_lineage BA.2.10.2 pango_lineage BA.2.10.3 +pango_lineage BA.2.10.4 pango_lineage BA.2.11 pango_lineage BA.2.12 pango_lineage BA.2.12.1 @@ -34760,6 +34799,9 @@ pango_lineage BG.1 pango_lineage BG.2 pango_lineage BG.3 pango_lineage BG.4 +pango_lineage BG.5 +pango_lineage BG.6 +pango_lineage BG.7 pango_lineage BA.2.12.2 pango_lineage BA.2.13 pango_lineage BA.2.13.1 @@ -34783,6 +34825,7 @@ pango_lineage BA.2.28 pango_lineage BA.2.29 pango_lineage BA.2.30 pango_lineage BA.2.31 +pango_lineage BA.2.31.1 pango_lineage BA.2.32 pango_lineage BA.2.33 pango_lineage BA.2.34 @@ -34791,6 +34834,10 @@ pango_lineage BA.2.36 pango_lineage BA.2.37 pango_lineage BA.2.38 pango_lineage BA.2.38.1 +pango_lineage BA.2.38.2 +pango_lineage BA.2.38.3 +pango_lineage BA.2.38.4 +pango_lineage BH.1 pango_lineage BA.2.39 pango_lineage BA.2.40 pango_lineage BA.2.40.1 @@ -34830,13 +34877,306 @@ pango_lineage BA.2.72 pango_lineage BA.2.73 pango_lineage BA.2.74 pango_lineage BA.2.75 +pango_lineage BA.2.75.1 +pango_lineage BL.1 +pango_lineage BL.1.1 +pango_lineage BL.1.2 +pango_lineage BL.1.3 +pango_lineage BL.1.4 +pango_lineage BL.1.5 +pango_lineage BL.2 +pango_lineage BL.2.1 +pango_lineage BL.3 +pango_lineage BL.4 +pango_lineage BL.5 +pango_lineage BL.6 +pango_lineage BA.2.75.2 +pango_lineage CA.1 +pango_lineage CA.2 +pango_lineage CA.3 +pango_lineage CA.3.1 +pango_lineage CA.4 +pango_lineage CA.5 +pango_lineage CA.6 +pango_lineage CA.7 +pango_lineage BA.2.75.3 +pango_lineage BM.1 +pango_lineage BM.1.1 +pango_lineage BM.1.1.1 +pango_lineage CJ.1 +pango_lineage CJ.1.1 +pango_lineage CJ.1.2 +pango_lineage CJ.1.3 +pango_lineage CJ.1.3.1 +pango_lineage CJ.1.3.2 +pango_lineage BM.1.1.2 +pango_lineage BM.1.1.3 +pango_lineage CV.1 +pango_lineage CV.2 +pango_lineage BM.1.1.4 +pango_lineage EP.1 +pango_lineage EP.1.1 +pango_lineage EP.1.1.1 +pango_lineage EP.2 +pango_lineage BM.1.1.5 +pango_lineage BM.2 +pango_lineage BM.2.1 +pango_lineage BM.2.2 +pango_lineage BM.2.3 +pango_lineage BM.3 +pango_lineage BM.4 +pango_lineage BM.4.1 +pango_lineage BM.4.1.1 +pango_lineage CH.1 +pango_lineage CH.1.1 +pango_lineage CH.1.1.1 +pango_lineage DV.1 +pango_lineage DV.1.1 +pango_lineage DV.2 +pango_lineage DV.3 +pango_lineage DV.3.1 +pango_lineage DV.4 +pango_lineage DV.5 +pango_lineage DV.6 +pango_lineage DV.6.1 +pango_lineage DV.6.2 +pango_lineage DV.7 +pango_lineage DV.7.1 +pango_lineage DV.7.1.1 +pango_lineage DV.7.1.2 +pango_lineage JV.1 +pango_lineage JV.2 +pango_lineage DV.7.1.3 +pango_lineage DV.7.1.4 +pango_lineage DV.7.1.5 +pango_lineage KG.1 +pango_lineage KG.2 +pango_lineage DV.7.1.6 +pango_lineage DV.7.1.7 +pango_lineage DV.7.1.8 +pango_lineage DV.7.1.9 +pango_lineage DV.7.2 +pango_lineage DV.8 +pango_lineage CH.1.1.2 +pango_lineage CH.1.1.3 +pango_lineage GQ.1 +pango_lineage GQ.1.1 +pango_lineage CH.1.1.4 +pango_lineage CH.1.1.5 +pango_lineage CH.1.1.6 +pango_lineage CH.1.1.7 +pango_lineage CH.1.1.8 +pango_lineage CH.1.1.9 +pango_lineage CH.1.1.10 +pango_lineage CH.1.1.11 +pango_lineage GP.1 +pango_lineage GP.2 +pango_lineage GP.3 +pango_lineage CH.1.1.12 +pango_lineage FS.1 +pango_lineage CH.1.1.13 +pango_lineage CH.1.1.14 +pango_lineage CH.1.1.15 +pango_lineage CH.1.1.16 +pango_lineage CH.1.1.17 +pango_lineage FK.1 +pango_lineage FK.1.1 +pango_lineage FK.1.1.1 +pango_lineage FK.1.1.2 +pango_lineage FK.1.2 +pango_lineage FK.1.2.1 +pango_lineage FK.1.2.2 +pango_lineage FK.1.3 +pango_lineage FK.1.3.1 +pango_lineage FK.1.3.2 +pango_lineage JL.1 +pango_lineage FK.1.4 +pango_lineage FK.1.4.1 +pango_lineage FK.1.5 +pango_lineage CH.1.1.18 +pango_lineage CH.1.1.19 +pango_lineage FJ.1 +pango_lineage CH.1.1.20 +pango_lineage CH.1.1.21 +pango_lineage CH.1.1.22 +pango_lineage CH.1.1.23 +pango_lineage CH.1.1.24 +pango_lineage CH.1.1.25 +pango_lineage CH.1.1.26 +pango_lineage CH.1.1.27 +pango_lineage CH.1.1.28 +pango_lineage CH.1.1.29 +pango_lineage CH.1.1.30 +pango_lineage CH.1.1.31 +pango_lineage JP.1 +pango_lineage JP.1.1 +pango_lineage CH.1.1.32 +pango_lineage CH.2 +pango_lineage CH.3 +pango_lineage CH.3.1 +pango_lineage BM.5 +pango_lineage BM.6 +pango_lineage BA.2.75.4 +pango_lineage BR.1 +pango_lineage BR.1.1 +pango_lineage BR.1.2 +pango_lineage BR.2 +pango_lineage BR.2.1 +pango_lineage BR.3 +pango_lineage BR.4 +pango_lineage BR.5 +pango_lineage BR.5.1 +pango_lineage BA.2.75.5 +pango_lineage BN.1 +pango_lineage BN.1.1 +pango_lineage BN.1.1.1 +pango_lineage BN.1.2 +pango_lineage BN.1.2.1 +pango_lineage BN.1.2.2 +pango_lineage BN.1.2.3 +pango_lineage FR.1 +pango_lineage FR.1.1 +pango_lineage FR.1.2 +pango_lineage FR.1.3 +pango_lineage FR.1.4 +pango_lineage FR.1.5 +pango_lineage FR.2 +pango_lineage BN.1.2.4 +pango_lineage BN.1.2.5 +pango_lineage BN.1.2.6 +pango_lineage BN.1.2.7 +pango_lineage BN.1.2.8 +pango_lineage BN.1.3 +pango_lineage BN.1.3.1 +pango_lineage DS.1 +pango_lineage DS.2 +pango_lineage DS.3 +pango_lineage BN.1.3.2 +pango_lineage BN.1.3.3 +pango_lineage BN.1.3.4 +pango_lineage BN.1.3.5 +pango_lineage BN.1.3.6 +pango_lineage BN.1.3.7 +pango_lineage BN.1.3.8 +pango_lineage EJ.1 +pango_lineage EJ.2 +pango_lineage EJ.3 +pango_lineage BN.1.3.9 +pango_lineage BN.1.3.10 +pango_lineage BN.1.3.11 +pango_lineage BN.1.3.12 +pango_lineage BN.1.3.13 +pango_lineage BN.1.4 +pango_lineage BN.1.4.1 +pango_lineage BN.1.4.2 +pango_lineage BN.1.4.3 +pango_lineage BN.1.4.4 +pango_lineage BN.1.4.5 +pango_lineage BN.1.5 +pango_lineage BN.1.5.1 +pango_lineage BN.1.5.2 +pango_lineage BN.1.6 +pango_lineage BN.1.7 +pango_lineage BN.1.8 +pango_lineage BN.1.9 +pango_lineage BN.1.10 +pango_lineage BN.1.11 +pango_lineage BN.2 +pango_lineage BN.2.1 +pango_lineage BN.3 +pango_lineage BN.3.1 +pango_lineage BN.4 +pango_lineage BN.5 +pango_lineage BN.6 +pango_lineage BA.2.75.6 +pango_lineage BY.1 +pango_lineage BY.1.1 +pango_lineage BY.1.1.1 +pango_lineage BY.1.2 +pango_lineage BY.1.2.1 +pango_lineage BA.2.75.7 +pango_lineage BA.2.75.8 +pango_lineage BA.2.75.9 +pango_lineage CB.1 +pango_lineage BA.2.75.10 pango_lineage BA.2.76 +pango_lineage BA.2.76.1 +pango_lineage BA.2.76.2 pango_lineage BA.2.77 pango_lineage BA.2.78 pango_lineage BA.2.79 pango_lineage BA.2.79.1 pango_lineage BA.2.80 pango_lineage BA.2.81 +pango_lineage BA.2.82 +pango_lineage BA.2.83 +pango_lineage BA.2.85 +pango_lineage BA.2.86 +pango_lineage BA.2.86.1 +pango_lineage JN.1 +pango_lineage JN.1.1 +pango_lineage JN.1.1.1 +pango_lineage JN.1.1.2 +pango_lineage JN.1.1.3 +pango_lineage JN.1.1.4 +pango_lineage JN.1.2 +pango_lineage JN.1.2.1 +pango_lineage JN.1.3 +pango_lineage JN.1.4 +pango_lineage JN.1.4.1 +pango_lineage JN.1.4.2 +pango_lineage JN.1.4.3 +pango_lineage JN.1.5 +pango_lineage JN.1.6 +pango_lineage JN.1.6.1 +pango_lineage JN.1.7 +pango_lineage JN.1.8 +pango_lineage JN.1.8.1 +pango_lineage JN.1.9 +pango_lineage JN.1.9.1 +pango_lineage JN.1.10 +pango_lineage JN.1.11 +pango_lineage JN.1.11.1 +pango_lineage KP.1 +pango_lineage JN.1.12 +pango_lineage JN.1.13 +pango_lineage JN.1.14 +pango_lineage JN.1.15 +pango_lineage JN.1.16 +pango_lineage JN.1.17 +pango_lineage JN.1.18 +pango_lineage JN.1.19 +pango_lineage JN.1.20 +pango_lineage JN.1.21 +pango_lineage JN.1.22 +pango_lineage JN.1.23 +pango_lineage JN.2 +pango_lineage JN.2.1 +pango_lineage JN.2.2 +pango_lineage JN.2.3 +pango_lineage JN.2.4 +pango_lineage JN.2.5 +pango_lineage JN.3 +pango_lineage JN.3.1 +pango_lineage JN.3.2 +pango_lineage JN.3.2.1 +pango_lineage JN.4 +pango_lineage JN.5 +pango_lineage JN.5.1 +pango_lineage JN.6 +pango_lineage JN.7 +pango_lineage JN.8 +pango_lineage JN.9 +pango_lineage JN.10 +pango_lineage JN.11 +pango_lineage JN.12 +pango_lineage BA.2.86.2 +pango_lineage BA.2.86.3 +pango_lineage JQ.1 +pango_lineage BA.2.86.4 +pango_lineage BA.2.86.5 +pango_lineage BA.2.87 +pango_lineage BA.2.87.1 pango_lineage BA.3 pango_lineage BA.3.1 pango_lineage BA.4 @@ -34848,12 +35188,24 @@ pango_lineage BA.4.1.4 pango_lineage BA.4.1.5 pango_lineage BA.4.1.6 pango_lineage BA.4.1.7 +pango_lineage BA.4.1.8 +pango_lineage BA.4.1.9 +pango_lineage BA.4.1.10 +pango_lineage BA.4.1.11 +pango_lineage CS.1 pango_lineage BA.4.2 pango_lineage BA.4.3 pango_lineage BA.4.4 pango_lineage BA.4.5 pango_lineage BA.4.6 +pango_lineage BA.4.6.1 +pango_lineage BA.4.6.2 +pango_lineage BA.4.6.3 +pango_lineage BA.4.6.4 +pango_lineage BA.4.6.5 +pango_lineage DC.1 pango_lineage BA.4.7 +pango_lineage BA.4.8 pango_lineage BA.5 pango_lineage BA.5.1 pango_lineage BA.5.1.1 @@ -34864,46 +35216,537 @@ pango_lineage BA.5.1.5 pango_lineage BA.5.1.6 pango_lineage BA.5.1.7 pango_lineage BA.5.1.8 +pango_lineage BA.5.1.9 +pango_lineage BA.5.1.10 +pango_lineage BK.1 +pango_lineage BA.5.1.11 +pango_lineage BA.5.1.12 +pango_lineage BA.5.1.14 +pango_lineage BA.5.1.15 +pango_lineage DL.1 +pango_lineage BA.5.1.16 +pango_lineage BA.5.1.17 +pango_lineage BA.5.1.18 +pango_lineage BA.5.1.19 +pango_lineage BA.5.1.20 +pango_lineage BA.5.1.21 +pango_lineage BT.1 +pango_lineage BT.2 +pango_lineage BA.5.1.22 +pango_lineage DH.1 +pango_lineage BA.5.1.23 +pango_lineage DE.1 +pango_lineage DE.2 +pango_lineage BA.5.1.24 +pango_lineage BA.5.1.25 +pango_lineage DJ.1 +pango_lineage DJ.1.1 +pango_lineage DJ.1.1.1 +pango_lineage DJ.1.2 +pango_lineage DJ.1.3 +pango_lineage BA.5.1.26 +pango_lineage CU.1 +pango_lineage BA.5.1.27 +pango_lineage BA.5.1.28 +pango_lineage BA.5.1.29 +pango_lineage CL.1 +pango_lineage CL.1.1 +pango_lineage CL.1.2 +pango_lineage CL.1.3 +pango_lineage BA.5.1.30 +pango_lineage BA.5.1.31 +pango_lineage BA.5.1.32 +pango_lineage BA.5.1.33 +pango_lineage EQ.1 +pango_lineage BA.5.1.34 +pango_lineage BA.5.1.35 +pango_lineage EB.1 +pango_lineage BA.5.1.36 +pango_lineage BA.5.1.37 +pango_lineage BA.5.1.38 pango_lineage BA.5.2 pango_lineage BA.5.2.1 pango_lineage BF.1 pango_lineage BF.1.1 pango_lineage BF.2 pango_lineage BF.3 +pango_lineage BF.3.1 pango_lineage BF.4 pango_lineage BF.5 +pango_lineage BF.5.1 +pango_lineage BF.5.2 +pango_lineage BF.5.3 +pango_lineage BF.5.4 +pango_lineage BF.5.5 pango_lineage BF.6 pango_lineage BF.7 +pango_lineage BF.7.1 +pango_lineage BF.7.2 +pango_lineage BF.7.3 +pango_lineage BF.7.4 +pango_lineage BF.7.4.1 +pango_lineage BF.7.4.2 +pango_lineage BF.7.4.3 +pango_lineage BF.7.5 +pango_lineage BF.7.5.1 +pango_lineage BF.7.6 +pango_lineage BF.7.7 +pango_lineage BF.7.8 +pango_lineage BF.7.9 +pango_lineage BF.7.10 +pango_lineage BF.7.11 +pango_lineage BF.7.12 +pango_lineage BF.7.13 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