From 6f58ff7a049fce61d714592d841c718f6d0062ba Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Trevor Bedford Date: Mon, 3 Jun 2024 12:08:30 -0700 Subject: [PATCH] Update Pango color ordering The previous Pango color ordering hadn't been updated since March 9 resulting in a lot gray for recent lineages. Here, I grabbed the JSON from nextstrain.org/staging/nextclade/sars-cov-2/ and cut out Pango lineage names in the order they appear in the tree. --- defaults/color_ordering.tsv | 14356 +++++++++++++++------------------- 1 file changed, 6174 insertions(+), 8182 deletions(-) diff --git a/defaults/color_ordering.tsv b/defaults/color_ordering.tsv index 8b08513a6..7c8e7cd3e 100644 --- a/defaults/color_ordering.tsv +++ b/defaults/color_ordering.tsv @@ -34064,8206 +34064,6198 @@ emerging_lineage XBB.1.41 ################ -pango_lineage A -pango_lineage A.1 -pango_lineage A.2 -pango_lineage A.2.2 -pango_lineage A.2.3 -pango_lineage A.2.4 -pango_lineage A.2.5 -pango_lineage A.2.5.1 -pango_lineage A.2.5.2 -pango_lineage A.2.5.3 -pango_lineage A.3 -pango_lineage A.4 -pango_lineage A.5 -pango_lineage A.6 -pango_lineage A.7 -pango_lineage A.9 -pango_lineage A.11 -pango_lineage A.12 -pango_lineage A.15 -pango_lineage A.16 -pango_lineage A.17 -pango_lineage A.18 -pango_lineage A.19 -pango_lineage 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