compute_topology.py

import os
import argparse
from config import NPROC, MAX_EPSILON, UPPER_DIM

parser = argparse.ArgumentParser()
parser.add_argument('--save_path')
parser.add_argument('--net')
parser.add_argument('--dataset')
parser.add_argument('--trial', default=0)
parser.add_argument('--epochs', nargs='+')
parser.add_argument('--thresholds', nargs='+', type=float)
args = parser.parse_args()

path = os.path.join(args.save_path, args.net+"_"+args.dataset+"/")

for e in args.epochs:
    os.system("./dipha/build/full_to_sparse_distance_matrix "+str(MAX_EPSILON)+" "+path+"adj_epc{}_trl{}.bin ".format(e, args.trial)+
              path+"adj_epc{}_trl{}_{}.bin".format(e, args.trial, MAX_EPSILON))
    os.system("mpiexec -n "+str(NPROC)+" ./dipha/build/dipha --upper_dim "+str(UPPER_DIM)+" --benchmark  --dual "+path+
              "adj_epc{}_trl{}_{}.bin ".format(e, args.trial, MAX_EPSILON)+path+"adj_epc{}_trl{}_{}.bin.out".format( e, args.trial, MAX_EPSILON))