diff --git a/.gitignore b/.gitignore
index 9b73f7e..7549f1f 100644
--- a/.gitignore
+++ b/.gitignore
@@ -2,4 +2,4 @@
*.Rproj
.Rproj.user
.Rhistory
-
+README_cache/*
diff --git a/README.Rmd b/README.Rmd
index cbf932a..0fdd139 100644
--- a/README.Rmd
+++ b/README.Rmd
@@ -2,13 +2,32 @@
title: "Differential Gene Expression using RNA-Seq (Workflow)"
output: github_document
---
-##### Thomas W. Battaglia (02/15/17)
```{r setup, include=FALSE}
library(knitr)
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
+library(DESeq2) # statistical analysis
+library(ggplot2) # plotting
+library(knitr) # for better formatting
+library(clusterProfiler)
+library(biomaRt)
+library(ReactomePA)
+library(DOSE)
+library(KEGG.db)
+library(org.Mm.eg.db)
+library(org.Hs.eg.db)
+library(pheatmap)
+library(genefilter)
+library(RColorBrewer)
+library(GO.db)
+library(topGO)
+library(dplyr)
+library(gage)
+library(ggsci)
```
+##### Thomas W. Battaglia (02/15/17)
+
### Introduction
RNAseq is becoming the one of the most prominent methods for measuring celluar responses. Not only does RNAseq have the ability to analyze differences in gene expression between samples, but can discover new isoforms and analyze SNP variations. This tutorial will cover the basic workflow for processing and analyzing differential gene expression data and is meant to give a general method for setting up an environment and running alignment tools. Be aware that is not meant to be used for all types of analyses and data-types, and the alignment tools are not for every analysis. Additionally, this tutorial is focused on giving a general sense of the flow when performing these analysis. For larger scale studies, it is highly reccomended to use a HPC environment for increased RAM and computational power.
@@ -152,7 +171,7 @@ conda install -c bioconda fastqc --yes
# Help
fastqc -h
-# Command
+# Run FastQC
fastqc \
-o results/1_initial_qc/ \
--noextract \
@@ -191,7 +210,7 @@ conda install -c bioconda trim-galore --yes
# Help
trim_galore -h
-# Command
+# Run Trim Galore!
trim_galore \
--quality 20 \
--fastqc \
@@ -269,7 +288,7 @@ sortmerna_db/rRNA_databases/silva-bac-23s-id98.fasta,sortmerna_db/index/silva-ba
sortmerna_db/rRNA_databases/silva-euk-18s-id95.fasta,sortmerna_db/index/silva-euk-18s-id95:\
sortmerna_db/rRNA_databases/silva-euk-28s-id98.fasta,sortmerna_db/index/silva-euk-28s-id98
-# Command
+# Run SortMeRNA (~15min)
sortmerna \
--ref $sortmernaREF \
--reads results/2_trimmed_output/sample_trimmed.fq \
@@ -297,8 +316,8 @@ mv -v results/3_rRNA/aligned//sample_aligned.log results/3_rRNA/logs
### Step 4. Aligning to Genome with STAR-aligner
-https://github.com/alexdobin/STAR
-https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23104886
+https://github.com/alexdobin/STAR
+https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23104886
#### Description
"To align our large (>80 billon reads) ENCODE Transcriptome RNA-seq dataset, we developed the Spliced Transcripts Alignment to a Reference (STAR) software based on a previously undescribed RNA-seq alignment algorithm that uses sequential maximum mappable seed search in uncompressed suffix arrays followed by seed clustering and stitching procedure. STAR outperforms other aligners by a factor of >50 in mapping speed, aligning to the human genome 550 million 2 × 76 bp paired-end reads per hour on a modest 12-core server, while at the same time improving alignment sensitivity and precision."
@@ -331,7 +350,7 @@ STAR \
# Help
STAR -h
-# Run STAR
+# Run STAR (~10min)
STAR \
--genomeDir star_index \
--readFilesIn filtered/sample_filtered.fq \
@@ -375,17 +394,23 @@ conda install -c bioconda subread --yes
# Help
featureCounts -h
+# Change directory into the aligned .BAM folder
+cd results/4_aligned_sequences/aligned_bam
+
# Store list of files as a variable
-dirlist=$(ls output/4_aligned_sequences/aligned_bam/*.bam | tr '\n' ' ')
+dirlist=$(ls -t ./*.bam | tr '\n' ' ')
echo $dirlist
# Run featureCounts on all of the samples (~10 minutes)
featureCounts \
--a annotation/* \
--o results/5_final_counts/final_counts.txt \
+-a ../../annotation/* \
+-o ../../results/5_final_counts/final_counts.txt \
-g 'gene_name' \
-T 4 \
$dirlist
+
+# Change directory back to main folder
+cd ../../../
```
#### Output
@@ -429,6 +454,356 @@ multiqc results \
```
+----
+
+### Step 7. Importing Gene Counts into R/RStudio
+Once the workflow has completed, you can now use the gene count table as an input into **DESeq2** for statistical analysis using the R-programming language. It is highly reccomended to use **RStudio** when writing R code and generating R-related analyses. You can download **RStudio** for your system here: https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/
+
+##### 7a. Install required R-libraries
+```{r install, eval = F}
+source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
+biocLite("DESeq2") ; library(DESeq2)
+biocLite("ggplot2") ; library(DESeq2)
+biocLite("clusterProfiler") ; library(clusterProfiler)
+biocLite("biomaRt") ; library(biomaRt)
+biocLite("ReactomePA") ; library(ReactomePA)
+biocLite("DOSE") ; library(DOSE)
+biocLite("KEGG.db") ; library(KEGG.db)
+biocLite("org.Mm.eg.db") ; library(org.Mm.eg.db)
+biocLite("org.Hs.eg.db") ; library(org.Hs.eg.db)
+biocLite("pheatmap") ; library(pheatmap)
+biocLite("genefilter") ; library(genefilter)
+biocLite("RColorBrewer") ; library(RColorBrewer)
+biocLite("GO.db") ; library(GO.db)
+biocLite("topGO") ; library(topGO)
+biocLite("dplyr") ; library(dplyr)
+biocLite("gage") ; library(gage)
+biocLite("ggsci") ; library(ggsci)
+```
+
+
+##### 7b. Import featureCounts output
+One you have an R environment appropriatley set up, you can begin to import the **featureCounts** table found within the ```5_final_counts``` folder. This tutorial will use **DESeq2** to normalize and perform the statistical analysis between sample groups. Be sure to know the full location of the ```final_counts.txt``` file generate from **featureCounts**.
+
+##### Note: If you would like to use an example final_counts.txt table, look into the example/ folder.
+
+```{r featureCounts, eval = T, warning = F, message = F}
+# Import gene counts table
+# - skip first row (general command info)
+# - make row names the gene identifiers
+countdata <- read.table("example/final_counts.txt", header = TRUE, skip = 1, row.names = 1)
+
+# Remove .bam + '..' from column identifiers
+colnames(countdata) <- gsub(".bam", "", colnames(countdata), fixed = T)
+colnames(countdata) <- gsub(".bam", "", colnames(countdata), fixed = T)
+colnames(countdata) <- gsub("..", "", colnames(countdata), fixed = T)
+
+# Remove length/char columns
+countdata <- countdata[ ,c(-1:-5)]
+
+# Make sure ID's are correct
+head(countdata)
+```
+
+##### 7c. Import metadata text file. The SampleID's must be the first column.
+```{r metadata, eval = T, cache = TRUE, warning = F, message = F}
+# Import metadata file
+# - make row names the matching sampleID's from the countdata
+metadata <- read.delim("example/metadata.txt", row.names = 1)
+
+# Add sampleID's to the mapping file
+metadata$sampleid <- row.names(metadata)
+
+# Reorder sampleID's to match featureCounts column order.
+metadata <- metadata[match(colnames(countdata), metadata$sampleid), ]
+
+# Make sure ID's are correct
+head(metadata)
+```
+
+
+##### 7d. Make DESeq2 object from counts and metadata
+```{r make_deseq2, eval = T, cache=TRUE, warning = F, message = T}
+# - countData : count dataframe
+# - colData : sample metadata in the dataframe with row names as sampleID's
+# - design : The design of the comparisons to use.
+# Use (~) before the name of the column variable to compare
+ddsMat <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = countdata,
+ colData = metadata,
+ design = ~Group)
+
+
+# Find differential expressed genes
+ddsMat <- DESeq(ddsMat)
+```
+
+##### 7e. Get basic statisics about the number of significant genes
+```{r deseq2_res, cache=TRUE, warning = F, message = F}
+# Get results from testing with FDR adjust pvalues
+results <- results(ddsMat, pAdjustMethod = "fdr", alpha = 0.05)
+
+# Generate summary of testing.
+summary(results)
+
+# Check directionality of the log2 fold changes
+## Log2 fold change is set as (LoGlu / HiGlu)
+## Postive fold changes = Increased in LoGlu
+## Negative fold changes = Decreased in LoGlu
+mcols(results, use.names = T)
+```
+
+
+### Step 8. Annotate gene symbols
+After alignment and summarization, we only have the annotated gene symbols. To get more information about significant genes, we can use annoated databases to convert gene symbols to full gene names and entrez ID's for further analysis.
+
+##### 8a. Gather gene annotation information
+```{r gene_annotate, eval = T, warning = F, message = F}
+# Mouse genome database (Select the correct one)
+library(org.Mm.eg.db)
+
+# Add gene full name
+results$description <- mapIds(x = org.Mm.eg.db,
+ keys = row.names(results),
+ column = "GENENAME",
+ keytype = "SYMBOL",
+ multiVals = "first")
+
+# Add gene symbol
+results$symbol <- row.names(results)
+
+# Add ENTREZ ID
+results$entrez <- mapIds(x = org.Mm.eg.db,
+ keys = row.names(results),
+ column = "ENTREZID",
+ keytype = "SYMBOL",
+ multiVals = "first")
+
+# Subset for only significant genes (q < 0.05)
+results_sig <- subset(results, padj < 0.05)
+head(results_sig)
+```
+
+##### 8b. Write all the important results to .txt files
+```{r write_res, eval = F}
+# Write normalized gene counts to a .txt file
+write.table(x = as.data.frame(counts(ddsMat), normalized = T),
+ file = 'normalized_counts.txt',
+ sep = '\t',
+ quote = F,
+ col.names = NA)
+
+# Write significant normalized gene counts to a .txt file
+write.table(x = counts(ddsMat[row.names(results_sig)], normalized = T),
+ file = 'normalized_counts_significant.txt',
+ sep = '\t',
+ quote = F,
+ col.names = NA)
+
+# Write the annotated results table to a .txt file
+write.table(x = as.data.frame(results),
+ file = "results_gene_annotated.txt",
+ sep = '\t',
+ quote = F,
+ col.names = NA)
+
+# Write significant annotated results table to a .txt file
+write.table(x = as.data.frame(results_sig),
+ file = "results_gene_annotated_significant.txt",
+ sep = '\t',
+ quote = F,
+ col.names = NA)
+```
+
+
+---
+
+### Step 9. Plotting Gene Expression Data
+There are multiple ways to plot gene expression data. Below we are only listing a few popular methods, but there are many more resources (**Going Further**) that will walk through different R commands/packages for plotting.
+
+#### 9a. PCA plot
+```{r pca_plot, eval = T}
+# Convert all samples to rlog
+ddsMat_rlog <- rlog(ddsMat, blind = FALSE)
+
+# Plot PCA by column variable
+plotPCA(ddsMat_rlog, intgroup = "Group", ntop = 500) +
+ theme_bw() + # remove default ggplot2 theme
+ geom_point(size = 5) # Increase point size
+```
+
+##### 9b. Heatmap
+```{r heatmap_plot, eval = T}
+# Convert all samples to rlog
+ddsMat_rlog <- rlog(ddsMat, blind = FALSE)
+
+# Gather 30 significant genes and make matrix
+mat <- assay(ddsMat_rlog[row.names(results_sig)])[1:40, ]
+
+# Choose which column variables you want to annotate the columns by.
+annotation_col = data.frame(
+ Group = factor(colData(ddsMat_rlog)$Group),
+ Replicate = factor(colData(ddsMat_rlog)$Replicate),
+ row.names = colData(ddsMat_rlog)$sampleid
+)
+
+# Specify colors you want to annotate the columns by.
+ann_colors = list(
+ Group = c("LoGlu" = "lightblue", "HiGlu" = "darkorange"),
+ Replicate = c(Rep1 = "darkred", Rep2 = "forestgreen")
+)
+
+# Make Heatmap with pheatmap function.
+# See more in documentation for customization
+pheatmap(mat = mat,
+ color = colorRampPalette(brewer.pal(9, "YlOrBr"))(255),
+ scale = "row",
+ annotation_col = annotation_col,
+ annotation_colors = ann_colors,
+ fontsize = 8,
+ show_colnames = F)
+```
+
+##### 9c. Volcano Plot
+```{r volcano_plot, eval = T}
+# Gather Log-fold change and FDR-corrected pvalues from DESeq2 results
+data <- data.frame(pval = -log10(results$padj),
+ lfc = results$log2FoldChange,
+ row.names = row.names(results))
+
+# Remove any rows that have NA as an entry
+data <- na.omit(data)
+
+# Make a basic ggplot2 object with x-y values
+vol <- ggplot(data, aes(x = lfc, y = pval))
+
+# Add ggplot2 layers
+vol +
+ ggtitle(label = "Volcano Plot") +
+ geom_point(aes(colour = pval), size = 5, alpha = 0.7, na.rm = T) + # color the dots
+ theme_bw(base_size = 14) + # change overall theme
+ theme(legend.position = "right") + # change the legend
+ xlab(expression(log[2]("LoGlu" / "HiGlu"))) + # Change X-Axis label
+ ylab(expression(-log[10]("adjusted p-value"))) + # Change Y-Axis label
+ geom_hline(yintercept = 1.3, colour = "darkgrey") + # Add p-adj value cutoff line
+ scale_colour_gradient(low = "red", high = "green") + # Add red-green scaling by intensity
+ scale_y_continuous(trans = "log1p") # Scale yaxis due to large p-values
+```
+
+##### 9d. MA Plot
+https://en.wikipedia.org/wiki/MA_plot
+```{r ma_plot, eval = T}
+plotMA(results, ylim = c(-5, 5))
+```
+
+##### 9d. Plot Dispersions
+```{r dispersions, eval = T}
+plotDispEsts(ddsMat)
+```
+
+#### 9e. Single gene plot
+```{r single_plot, eval = T}
+# Convert all samples to rlog
+ddsMat_rlog <- rlog(ddsMat, blind = FALSE)
+
+# Get gene with highest expression
+top_gene <- rownames(results)[which.min(results$log2FoldChange)]
+
+# Plot single gene
+plotCounts(ddsMat, gene = top_gene,
+ intgroup = "Group",
+ normalized = T,
+ transform = T)
+```
+
+
+---
+
+### Step 10. Finding Pathways from Differential Expressed Genes
+Pathway enrichment analysis is a great way to generate overall conclusions based on the individual gene changes. Sometimes individiual gene changes are overwheling and are difficult to interpret. But by analyzing which genes may fall into different pathways, we can get a better idea of what mRNA changes in relation to phenotype are occuring. More information about **clusterProfiler** here: http://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/clusterProfiler/inst/doc/clusterProfiler.html
+
+#### 10a. Set up matrix to take into account EntrezID's and fold changes for each gene
+```{r entrez_matrix, eval = T, warning = F, message = F}
+# Remove any genes that do not have any entrez identifiers
+results_sig_entrez <- subset(results_sig, is.na(entrez) == FALSE)
+
+# Create a matrix of gene log2 fold changes
+gene_matrix <- results_sig_entrez$log2FoldChange
+
+# Add the entrezID's as names for each logFC entry
+names(gene_matrix) <- results_sig_entrez$entrez
+
+# View the format of the gene matrix
+## Names = ENTREZ ID
+## Values = Log2 Fold changes
+head(gene_matrix)
+```
+
+#### 10b. Enrich genes using the KEGG database
+```{r kegg_enrich, eval = T, warning = F, message = F}
+kegg_enrich <- enrichKEGG(gene = names(gene_matrix),
+ organism = 'mouse',
+ pvalueCutoff = 0.05,
+ qvalueCutoff = 0.10)
+
+# Plot results
+barplot(kegg_enrich,
+ drop = TRUE,
+ showCategory = 10,
+ title = "KEGG Enrichment Pathways",
+ font.size = 8)
+```
+
+#### 10b. Enrich genes using the Gene Onotlogy
+```{r go_enrich, eval = T, cache = T, warning = F, message = F}
+go_enrich <- enrichGO(gene = names(gene_matrix),
+ OrgDb = 'org.Mm.eg.db',
+ readable = T,
+ ont = "BP",
+ pvalueCutoff = 0.05,
+ qvalueCutoff = 0.10)
+
+# Plot results
+barplot(go_enrich,
+ drop = TRUE,
+ showCategory = 10,
+ title = "GO Biological Pathways",
+ font.size = 8)
+```
+
+---
+
+### Step 11. Plotting KEGG Pathways
+**Pathview** is a package that can take KEGG identifier and overlay fold changes to the genes which are found to be significantly different. **Pathview** also works with other organisms found in the KEGG database and can plot any of the KEGG pathways for the particular organism.
+
+```{r pathview_plot, eval = F, cache = F, warning = F, message = F}
+# Load pathview
+biocLite("pathview") ; library(pathview)
+
+# Plot specific KEGG pathways (with fold change)
+## pathway.id : KEGG pathway identifier
+pathview(gene.data = gene_matrix,
+ pathway.id = "04070",
+ species = "mouse")
+```
+
+
+
+
+### Going further with RNAseq analysis
+You can the links below for a more in depth walk through of RNAseq analysis using R:
+http://www.bioconductor.org/help/workflows/rnaseqGene/
+http://bioconnector.org/workshops/r-rnaseq-airway.html
+http://www-huber.embl.de/users/klaus/Teaching/DESeq2Predoc2014.html
+http://www-huber.embl.de/users/klaus/Teaching/DESeq2.pdf
+https://web.stanford.edu/class/bios221/labs/rnaseq/lab_4_rnaseq.html
+http://www.rna-seqblog.com/which-method-should-you-use-for-normalization-of-rna-seq-data/
+http://www.rna-seqblog.com/category/technology/methods/data-analysis/data-visualization/
+http://www.rna-seqblog.com/category/technology/methods/data-analysis/pathway-analysis/
+http://www.rna-seqblog.com/inferring-metabolic-pathway-activity-levels-from-rna-seq-data/
+
+
+----
+
#### Citations:
1. Andrews S. (2010). FastQC: a quality control tool for high throughput sequence data. Available online at: http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc
diff --git a/README.md b/README.md
index 3ddaf91..71f1321 100644
--- a/README.md
+++ b/README.md
@@ -149,7 +149,7 @@ The first step before processing any samples is to analyze the quality of the da
# Help
fastqc -h
- # Command
+ # Run FastQC
fastqc \
-o results/1_initial_qc/ \
--noextract \
@@ -189,7 +189,7 @@ The 2 most import parameters to select are what the minimum Phred score (1-30) a
# Help
trim_galore -h
- # Command
+ # Run Trim Galore!
trim_galore \
--quality 20 \
--fastqc \
@@ -268,7 +268,7 @@ Before we can run the `sortmerna` command, we must first download and process th
sortmerna_db/rRNA_databases/silva-euk-18s-id95.fasta,sortmerna_db/index/silva-euk-18s-id95:\
sortmerna_db/rRNA_databases/silva-euk-28s-id98.fasta,sortmerna_db/index/silva-euk-28s-id98
- # Command
+ # Run SortMeRNA (~15min)
sortmerna \
--ref $sortmernaREF \
--reads results/2_trimmed_output/sample_trimmed.fq \
@@ -327,7 +327,7 @@ Similar to the **SortMeRNA** step, we must first generate an index of the genome
# Help
STAR -h
- # Run STAR
+ # Run STAR (~10min)
STAR \
--genomeDir star_index \
--readFilesIn filtered/sample_filtered.fq \
@@ -372,18 +372,24 @@ Now that we have our .BAM alignment files, we can then proceed to try and summar
# Help
featureCounts -h
+ # Change directory into the aligned .BAM folder
+ cd results/4_aligned_sequences/aligned_bam
+
# Store list of files as a variable
- dirlist=$(ls output/4_aligned_sequences/aligned_bam/*.bam | tr '\n' ' ')
+ dirlist=$(ls -t ./*.bam | tr '\n' ' ')
echo $dirlist
# Run featureCounts on all of the samples (~10 minutes)
featureCounts \
- -a annotation/* \
- -o results/5_final_counts/final_counts.txt \
+ -a ../../annotation/* \
+ -o ../../results/5_final_counts/final_counts.txt \
-g 'gene_name' \
-T 4 \
$dirlist
+ # Change directory back to main folder
+ cd ../../../
+
#### Output
``` bash
@@ -425,6 +431,476 @@ During the qulaity filtering, rRNA removal, **STAR** alignment and gene summariz
└── multiqc_data/ - Folder of data that multiqc found from various log files
```
+------------------------------------------------------------------------
+
+### Step 7. Importing Gene Counts into R/RStudio
+
+Once the workflow has completed, you can now use the gene count table as an input into **DESeq2** for statistical analysis using the R-programming language. It is highly reccomended to use **RStudio** when writing R code and generating R-related analyses. You can download **RStudio** for your system here:
+
+##### 7a. Install required R-libraries
+
+``` r
+source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
+biocLite("DESeq2") ; library(DESeq2)
+biocLite("ggplot2") ; library(DESeq2)
+biocLite("clusterProfiler") ; library(clusterProfiler)
+biocLite("biomaRt") ; library(biomaRt)
+biocLite("ReactomePA") ; library(ReactomePA)
+biocLite("DOSE") ; library(DOSE)
+biocLite("KEGG.db") ; library(KEGG.db)
+biocLite("org.Mm.eg.db") ; library(org.Mm.eg.db)
+biocLite("org.Hs.eg.db") ; library(org.Hs.eg.db)
+biocLite("pheatmap") ; library(pheatmap)
+biocLite("genefilter") ; library(genefilter)
+biocLite("RColorBrewer") ; library(RColorBrewer)
+biocLite("GO.db") ; library(GO.db)
+biocLite("topGO") ; library(topGO)
+biocLite("dplyr") ; library(dplyr)
+biocLite("gage") ; library(gage)
+biocLite("ggsci") ; library(ggsci)
+```
+
+##### 7b. Import featureCounts output
+
+One you have an R environment appropriatley set up, you can begin to import the **featureCounts** table found within the `5_final_counts` folder. This tutorial will use **DESeq2** to normalize and perform the statistical analysis between sample groups. Be sure to know the full location of the `final_counts.txt` file generate from **featureCounts**.
+
+##### Note: If you would like to use an example final\_counts.txt table, look into the example/ folder.
+
+``` r
+# Import gene counts table
+# - skip first row (general command info)
+# - make row names the gene identifiers
+countdata <- read.table("example/final_counts.txt", header = TRUE, skip = 1, row.names = 1)
+
+# Remove .bam + '..' from column identifiers
+colnames(countdata) <- gsub(".bam", "", colnames(countdata), fixed = T)
+colnames(countdata) <- gsub(".bam", "", colnames(countdata), fixed = T)
+colnames(countdata) <- gsub("..", "", colnames(countdata), fixed = T)
+
+# Remove length/char columns
+countdata <- countdata[ ,c(-1:-5)]
+
+# Make sure ID's are correct
+head(countdata)
+```
+
+ ## SRR1374924 SRR1374923 SRR1374921 SRR1374922
+ ## 4933401J01Rik 0 0 0 0
+ ## Gm26206 0 0 0 0
+ ## Xkr4 214 302 459 425
+ ## Gm18956 0 0 0 0
+ ## Gm37180 4 2 3 1
+ ## Gm37363 1 0 0 1
+
+##### 7c. Import metadata text file. The SampleID's must be the first column.
+
+``` r
+# Import metadata file
+# - make row names the matching sampleID's from the countdata
+metadata <- read.delim("example/metadata.txt", row.names = 1)
+
+# Add sampleID's to the mapping file
+metadata$sampleid <- row.names(metadata)
+
+# Reorder sampleID's to match featureCounts column order.
+metadata <- metadata[match(colnames(countdata), metadata$sampleid), ]
+
+# Make sure ID's are correct
+head(metadata)
+```
+
+ ## Group Replicate sampleid
+ ## SRR1374924 HiGlu Rep2 SRR1374924
+ ## SRR1374923 HiGlu Rep1 SRR1374923
+ ## SRR1374921 LoGlu Rep1 SRR1374921
+ ## SRR1374922 LoGlu Rep2 SRR1374922
+
+##### 7d. Make DESeq2 object from counts and metadata
+
+``` r
+# - countData : count dataframe
+# - colData : sample metadata in the dataframe with row names as sampleID's
+# - design : The design of the comparisons to use.
+# Use (~) before the name of the column variable to compare
+ddsMat <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = countdata,
+ colData = metadata,
+ design = ~Group)
+
+
+# Find differential expressed genes
+ddsMat <- DESeq(ddsMat)
+```
+
+ ## estimating size factors
+
+ ## estimating dispersions
+
+ ## gene-wise dispersion estimates
+
+ ## mean-dispersion relationship
+
+ ## final dispersion estimates
+
+ ## fitting model and testing
+
+##### 7e. Get basic statisics about the number of significant genes
+
+``` r
+# Get results from testing with FDR adjust pvalues
+results <- results(ddsMat, pAdjustMethod = "fdr", alpha = 0.05)
+
+# Generate summary of testing.
+summary(results)
+```
+
+ ##
+ ## out of 10448 with nonzero total read count
+ ## adjusted p-value < 0.05
+ ## LFC > 0 (up) : 996, 9.5%
+ ## LFC < 0 (down) : 767, 7.3%
+ ## outliers [1] : 0, 0%
+ ## low counts [2] : 4709, 45%
+ ## (mean count < 7)
+ ## [1] see 'cooksCutoff' argument of ?results
+ ## [2] see 'independentFiltering' argument of ?results
+
+``` r
+# Check directionality of the log2 fold changes
+## Log2 fold change is set as (LoGlu / HiGlu)
+## Postive fold changes = Increased in LoGlu
+## Negative fold changes = Decreased in LoGlu
+mcols(results, use.names = T)
+```
+
+ ## DataFrame with 6 rows and 2 columns
+ ## type description
+ ##
+ ## baseMean intermediate mean of normalized counts for all samples
+ ## log2FoldChange results log2 fold change (MAP): Group LoGlu vs HiGlu
+ ## lfcSE results standard error: Group LoGlu vs HiGlu
+ ## stat results Wald statistic: Group LoGlu vs HiGlu
+ ## pvalue results Wald test p-value: Group LoGlu vs HiGlu
+ ## padj results fdr adjusted p-values
+
+### Step 8. Annotate gene symbols
+
+After alignment and summarization, we only have the annotated gene symbols. To get more information about significant genes, we can use annoated databases to convert gene symbols to full gene names and entrez ID's for further analysis.
+
+##### 8a. Gather gene annotation information
+
+``` r
+# Mouse genome database (Select the correct one)
+library(org.Mm.eg.db)
+
+# Add gene full name
+results$description <- mapIds(x = org.Mm.eg.db,
+ keys = row.names(results),
+ column = "GENENAME",
+ keytype = "SYMBOL",
+ multiVals = "first")
+
+# Add gene symbol
+results$symbol <- row.names(results)
+
+# Add ENTREZ ID
+results$entrez <- mapIds(x = org.Mm.eg.db,
+ keys = row.names(results),
+ column = "ENTREZID",
+ keytype = "SYMBOL",
+ multiVals = "first")
+
+# Subset for only significant genes (q < 0.05)
+results_sig <- subset(results, padj < 0.05)
+head(results_sig)
+```
+
+ ## log2 fold change (MAP): Group LoGlu vs HiGlu
+ ## Wald test p-value: Group LoGlu vs HiGlu
+ ## DataFrame with 6 rows and 9 columns
+ ## baseMean log2FoldChange lfcSE stat pvalue
+ ##
+ ## Xkr4 344.0867 0.6419222 0.16930869 3.791431 1.497817e-04
+ ## Mrpl15 863.0433 0.3980896 0.11919087 3.339934 8.379824e-04
+ ## Tcea1 934.6538 1.3944884 0.11488584 12.138036 6.640062e-34
+ ## St18 4881.5741 -0.9991301 0.06848944 -14.588091 3.344260e-48
+ ## Pcmtd1 2074.3123 0.3902411 0.08594089 4.540808 5.603899e-06
+ ## Sntg1 477.2279 0.7318962 0.14674529 4.987527 6.115693e-07
+ ## padj
+ ##
+ ## Xkr4 9.001016e-04
+ ## Mrpl15 4.075577e-03
+ ## Tcea1 4.763415e-32
+ ## St18 4.463420e-46
+ ## Pcmtd1 4.574790e-05
+ ## Sntg1 6.082836e-06
+ ## description
+ ##
+ ## Xkr4 X-linked Kx blood group related 4
+ ## Mrpl15 mitochondrial ribosomal protein L15
+ ## Tcea1 transcription elongation factor A (SII) 1
+ ## St18 suppression of tumorigenicity 18
+ ## Pcmtd1 protein-L-isoaspartate (D-aspartate) O-methyltransferase domain containing 1
+ ## Sntg1 syntrophin, gamma 1
+ ## symbol entrez
+ ##
+ ## Xkr4 Xkr4 497097
+ ## Mrpl15 Mrpl15 27395
+ ## Tcea1 Tcea1 21399
+ ## St18 St18 240690
+ ## Pcmtd1 Pcmtd1 319263
+ ## Sntg1 Sntg1 71096
+
+##### 8b. Write all the important results to .txt files
+
+``` r
+# Write normalized gene counts to a .txt file
+write.table(x = as.data.frame(counts(ddsMat), normalized = T),
+ file = 'normalized_counts.txt',
+ sep = '\t',
+ quote = F,
+ col.names = NA)
+
+# Write significant normalized gene counts to a .txt file
+write.table(x = counts(ddsMat[row.names(results_sig)], normalized = T),
+ file = 'normalized_counts_significant.txt',
+ sep = '\t',
+ quote = F,
+ col.names = NA)
+
+# Write the annotated results table to a .txt file
+write.table(x = as.data.frame(results),
+ file = "results_gene_annotated.txt",
+ sep = '\t',
+ quote = F,
+ col.names = NA)
+
+# Write significant annotated results table to a .txt file
+write.table(x = as.data.frame(results_sig),
+ file = "results_gene_annotated_significant.txt",
+ sep = '\t',
+ quote = F,
+ col.names = NA)
+```
+
+------------------------------------------------------------------------
+
+### Step 9. Plotting Gene Expression Data
+
+There are multiple ways to plot gene expression data. Below we are only listing a few popular methods, but there are many more resources (**Going Further**) that will walk through different R commands/packages for plotting.
+
+#### 9a. PCA plot
+
+``` r
+# Convert all samples to rlog
+ddsMat_rlog <- rlog(ddsMat, blind = FALSE)
+
+# Plot PCA by column variable
+plotPCA(ddsMat_rlog, intgroup = "Group", ntop = 500) +
+ theme_bw() + # remove default ggplot2 theme
+ geom_point(size = 5) # Increase point size
+```
+
+
+
+##### 9b. Heatmap
+
+``` r
+# Convert all samples to rlog
+ddsMat_rlog <- rlog(ddsMat, blind = FALSE)
+
+# Gather 30 significant genes and make matrix
+mat <- assay(ddsMat_rlog[row.names(results_sig)])[1:40, ]
+
+# Choose which column variables you want to annotate the columns by.
+annotation_col = data.frame(
+ Group = factor(colData(ddsMat_rlog)$Group),
+ Replicate = factor(colData(ddsMat_rlog)$Replicate),
+ row.names = colData(ddsMat_rlog)$sampleid
+)
+
+# Specify colors you want to annotate the columns by.
+ann_colors = list(
+ Group = c("LoGlu" = "lightblue", "HiGlu" = "darkorange"),
+ Replicate = c(Rep1 = "darkred", Rep2 = "forestgreen")
+)
+
+# Make Heatmap with pheatmap function.
+# See more in documentation for customization
+pheatmap(mat = mat,
+ color = colorRampPalette(brewer.pal(9, "YlOrBr"))(255),
+ scale = "row",
+ annotation_col = annotation_col,
+ annotation_colors = ann_colors,
+ fontsize = 8,
+ show_colnames = F)
+```
+
+
+
+##### 9c. Volcano Plot
+
+``` r
+# Gather Log-fold change and FDR-corrected pvalues from DESeq2 results
+data <- data.frame(pval = -log10(results$padj),
+ lfc = results$log2FoldChange,
+ row.names = row.names(results))
+
+# Remove any rows that have NA as an entry
+data <- na.omit(data)
+
+# Make a basic ggplot2 object with x-y values
+vol <- ggplot(data, aes(x = lfc, y = pval))
+
+# Add ggplot2 layers
+vol +
+ ggtitle(label = "Volcano Plot") +
+ geom_point(aes(colour = pval), size = 5, alpha = 0.7, na.rm = T) + # color the dots
+ theme_bw(base_size = 14) + # change overall theme
+ theme(legend.position = "right") + # change the legend
+ xlab(expression(log[2]("LoGlu" / "HiGlu"))) + # Change X-Axis label
+ ylab(expression(-log[10]("adjusted p-value"))) + # Change Y-Axis label
+ geom_hline(yintercept = 1.3, colour = "darkgrey") + # Add p-adj value cutoff line
+ scale_colour_gradient(low = "red", high = "green") + # Add red-green scaling by intensity
+ scale_y_continuous(trans = "log1p") # Scale yaxis due to large p-values
+```
+
+
+
+##### 9d. MA Plot
+
+
+
+``` r
+plotMA(results, ylim = c(-5, 5))
+```
+
+
+
+##### 9d. Plot Dispersions
+
+``` r
+plotDispEsts(ddsMat)
+```
+
+
+
+#### 9e. Single gene plot
+
+``` r
+# Convert all samples to rlog
+ddsMat_rlog <- rlog(ddsMat, blind = FALSE)
+
+# Get gene with highest expression
+top_gene <- rownames(results)[which.min(results$log2FoldChange)]
+
+# Plot single gene
+plotCounts(ddsMat, gene = top_gene,
+ intgroup = "Group",
+ normalized = T,
+ transform = T)
+```
+
+
+
+------------------------------------------------------------------------
+
+### Step 10. Finding Pathways from Differential Expressed Genes
+
+Pathway enrichment analysis is a great way to generate overall conclusions based on the individual gene changes. Sometimes individiual gene changes are overwheling and are difficult to interpret. But by analyzing which genes may fall into different pathways, we can get a better idea of what mRNA changes in relation to phenotype are occuring. More information about **clusterProfiler** here:
+
+#### 10a. Set up matrix to take into account EntrezID's and fold changes for each gene
+
+``` r
+# Remove any genes that do not have any entrez identifiers
+results_sig_entrez <- subset(results_sig, is.na(entrez) == FALSE)
+
+# Create a matrix of gene log2 fold changes
+gene_matrix <- results_sig_entrez$log2FoldChange
+
+# Add the entrezID's as names for each logFC entry
+names(gene_matrix) <- results_sig_entrez$entrez
+
+# View the format of the gene matrix
+## Names = ENTREZ ID
+## Values = Log2 Fold changes
+head(gene_matrix)
+```
+
+ ## 497097 27395 21399 240690 319263 71096
+ ## 0.6419222 0.3980896 1.3944884 -0.9991301 0.3902411 0.7318962
+
+#### 10b. Enrich genes using the KEGG database
+
+``` r
+kegg_enrich <- enrichKEGG(gene = names(gene_matrix),
+ organism = 'mouse',
+ pvalueCutoff = 0.05,
+ qvalueCutoff = 0.10)
+
+# Plot results
+barplot(kegg_enrich,
+ drop = TRUE,
+ showCategory = 10,
+ title = "KEGG Enrichment Pathways",
+ font.size = 8)
+```
+
+
+
+#### 10b. Enrich genes using the Gene Onotlogy
+
+``` r
+go_enrich <- enrichGO(gene = names(gene_matrix),
+ OrgDb = 'org.Mm.eg.db',
+ readable = T,
+ ont = "BP",
+ pvalueCutoff = 0.05,
+ qvalueCutoff = 0.10)
+
+# Plot results
+barplot(go_enrich,
+ drop = TRUE,
+ showCategory = 10,
+ title = "GO Biological Pathways",
+ font.size = 8)
+```
+
+
+
+------------------------------------------------------------------------
+
+### Step 11. Plotting KEGG Pathways
+
+**Pathview** is a package that can take KEGG identifier and overlay fold changes to the genes which are found to be significantly different. **Pathview** also works with other organisms found in the KEGG database and can plot any of the KEGG pathways for the particular organism.
+
+``` r
+# Load pathview
+biocLite("pathview") ; library(pathview)
+
+# Plot specific KEGG pathways (with fold change)
+## pathway.id : KEGG pathway identifier
+pathview(gene.data = gene_matrix,
+ pathway.id = "04070",
+ species = "mouse")
+```
+
+
+
+### Going further with RNAseq analysis
+
+You can the links below for a more in depth walk through of RNAseq analysis using R:
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+------------------------------------------------------------------------
+
#### Citations:
1. Andrews S. (2010). FastQC: a quality control tool for high throughput sequence data. Available online at:
diff --git a/README_files/figure-markdown_github/dispersions-1.png b/README_files/figure-markdown_github/dispersions-1.png
new file mode 100644
index 0000000..e0192f5
Binary files /dev/null and b/README_files/figure-markdown_github/dispersions-1.png differ
diff --git a/README_files/figure-markdown_github/go_enrich-1.png b/README_files/figure-markdown_github/go_enrich-1.png
new file mode 100644
index 0000000..dd4a84d
Binary files /dev/null and b/README_files/figure-markdown_github/go_enrich-1.png differ
diff --git a/README_files/figure-markdown_github/heatmap_plot-1.png b/README_files/figure-markdown_github/heatmap_plot-1.png
new file mode 100644
index 0000000..5ba20a8
Binary files /dev/null and b/README_files/figure-markdown_github/heatmap_plot-1.png differ
diff --git a/README_files/figure-markdown_github/kegg_enrich-1.png b/README_files/figure-markdown_github/kegg_enrich-1.png
new file mode 100644
index 0000000..37b4bfb
Binary files /dev/null and b/README_files/figure-markdown_github/kegg_enrich-1.png differ
diff --git a/README_files/figure-markdown_github/ma_plot-1.png b/README_files/figure-markdown_github/ma_plot-1.png
new file mode 100644
index 0000000..e4ae016
Binary files /dev/null and b/README_files/figure-markdown_github/ma_plot-1.png differ
diff --git a/README_files/figure-markdown_github/pca_plot-1.png b/README_files/figure-markdown_github/pca_plot-1.png
new file mode 100644
index 0000000..664889a
Binary files /dev/null and b/README_files/figure-markdown_github/pca_plot-1.png differ
diff --git a/README_files/figure-markdown_github/single_plot-1.png b/README_files/figure-markdown_github/single_plot-1.png
new file mode 100644
index 0000000..b32c37a
Binary files /dev/null and b/README_files/figure-markdown_github/single_plot-1.png differ
diff --git a/README_files/figure-markdown_github/volcano_plot-1.png b/README_files/figure-markdown_github/volcano_plot-1.png
new file mode 100644
index 0000000..371887c
Binary files /dev/null and b/README_files/figure-markdown_github/volcano_plot-1.png differ
diff --git a/README_files/mmu04070.pathview.png b/README_files/mmu04070.pathview.png
new file mode 100644
index 0000000..bb9342d
Binary files /dev/null and b/README_files/mmu04070.pathview.png differ
diff --git a/example/final_counts.txt b/example/final_counts.txt
new file mode 100644
index 0000000..3d0e477
--- /dev/null
+++ b/example/final_counts.txt
@@ -0,0 +1,16681 @@
+# Program:featureCounts v1.5.1; Command:"featureCounts" "-a" "/ifs/home/tb1280/rna_seq/new_rnaseq_analysis/annotation/gencode.vM10.annotation.gtf" "-o" "/ifs/home/tb1280/rna_seq/new_rnaseq_analysis/output/5_final_counts/final_counts.txt" "-g" "gene_name" "-T" "24" "./SRR1374924.bam" "./SRR1374923.bam" "./SRR1374921.bam" "./SRR1374922.bam"
+Geneid Chr Start End Strand Length ./SRR1374924.bam ./SRR1374923.bam ./SRR1374921.bam ./SRR1374922.bam
+4933401J01Rik chr1 3073253 3074322 + 1070 0 0 0 0
+Gm26206 chr1 3102016 3102125 + 110 0 0 0 0
+Xkr4 chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1 3205901;3206523;3213439;3213609;3214482;3421702;3670552 3207317;3207317;3215632;3216344;3216968;3421901;3671498 -;-;-;-;-;-;- 6094 214 302 459 425
+Gm18956 chr1 3252757 3253236 + 480 0 0 0 0
+Gm37180 chr1 3365731 3368549 - 2819 4 2 3 1
+Gm37363 chr1 3375556 3377788 - 2233 1 0 0 1
+Gm37686 chr1 3464977 3467285 - 2309 1 1 0 1
+Gm1992 chr1;chr1 3466587;3513405 3466687;3513553 +;+ 250 0 0 0 0
+Gm37329 chr1 3512451 3514507 - 2057 2 1 0 0
+Gm7341 chr1 3531795 3532720 + 926 1 0 2 3
+Gm38148 chr1 3592892 3595903 - 3012 2 0 1 4
+Gm19938 chr1;chr1 3647309;3658847 3650509;3658904 -;- 3259 7 3 3 6
+Gm10568 chr1 3680155 3681788 + 1634 0 1 0 0
+Gm38385 chr1 3752010 3754360 + 2351 0 0 0 0
+Gm27396 chr1 3783876 3783933 - 58 0 0 0 0
+Gm37381 chr1;chr1;chr1;chr1;chr1 3905739;3984225;3985160;3985160;3986147 3906134;3984298;3985984;3985351;3986215 -;-;-;-;- 1364 0 0 0 0
+Rp1 chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1 3999557;4007656;4019070;4024736;4041888;4092617;4119668;4120015;4142612;4147812;4148612;4163855;4170205;4197534;4206660;4226611;4228443;4231053;4243133;4243417;4243543;4245031;4261527;4267469;4284766;4290846;4292926;4292981;4311270;4344146;4351910;4351910;4351910;4351910;4352202;4352202;4352202;4352202;4360200;4409170;4409170;4409170 3999617;4007737;4019148;4024890;4042107;4092780;4119712;4120073;4142766;4147963;4148744;4163941;4170404;4197641;4206837;4226823;4228619;4231144;4243262;4243448;4243619;4245106;4261605;4267620;4284898;4293012;4293012;4293012;4311433;4350091;4352081;4352081;4352081;4352081;4352837;4352837;4352837;4352837;4360314;4409187;4409241;4409241 -;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;- 12311 1 0 0 0
+Gm6101 chr1;chr1 4256234;4258847 4256427;4260519 -;- 1867 0 0 0 0
+Gm37483 chr1 4363346 4364829 - 1484 0 0 0 0
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+Eya1 chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1 14168954;14168958;14169666;14170643;14179480;14179480;14179480;14179480;14183157;14183157;14183157;14183157;14183381;14183381;14183381;14183381;14184349;14184349;14184349;14184349;14184626;14184626;14184626;14184626;14207926;14208895;14208895;14208895;14208895;14208895;14229493;14229493;14229493;14229493;14229493;14231413;14231413;14231413;14231413;14231413;14252428;14252428;14252428;14252428;14252600;14253020;14253020;14253020;14253020;14253020;14270705;14270705;14270705;14270705;14270705;14270707;14270775;14274065;14274065;14274065;14274065;14274065;14274065;14274065;14274534;14274534;14274534;14274534;14274534;14274534;14274534;14283121;14283121;14283121;14283121;14283121;14283121;14283121;14301204;14302770;14302770;14302770;14302770;14302770;14304425;14304425;14304425;14304425;14304425;14304425;14304425;14304573;14309646;14309646;14309646;14309646;14309646 14170996;14170996;14170996;14170996;14179580;14179580;14179580;14179580;14183278;14183278;14183278;14183278;14183495;14183495;14183495;14183495;14184509;14184509;14184509;14184509;14184684;14184684;14184684;14184684;14208101;14208984;14208984;14208984;14208984;14208984;14229576;14229576;14229576;14229576;14229576;14231492;14231552;14231552;14231552;14231552;14252614;14252614;14252614;14252614;14252614;14253102;14253102;14253102;14253102;14253102;14270842;14270842;14270842;14270827;14270842;14270842;14270842;14274143;14274210;14274210;14274207;14274207;14274210;14274207;14274603;14274603;14274603;14274603;14274603;14274603;14274603;14283198;14283198;14283198;14283198;14283198;14283198;14283198;14304474;14302897;14302897;14302897;14302897;14302897;14304474;14304474;14304619;14304570;14304474;14304474;14304474;14304628;14310051;14309836;14310119;14310235;14310200 -;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;- 7808 378 411 725 620
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+Bag2 chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1 33745484;33746739;33746802;33748217;33748217;33756773;33757579;33757579 33747016;33747016;33747016;33748326;33748719;33757727;33757741;33757795 -;-;-;-;-;-;-;- 3059 658 894 470 432
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+Zfp451 chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1 33761545;33761545;33765844;33765844;33769721;33769721;33770769;33770769;33772893;33772893;33776269;33776269;33777543;33779044;33779044;33779044;33779056;33779189;33779896;33779896;33779896;33779896;33779896;33782068;33782068;33782068;33782068;33782178;33783041;33783041;33783041;33783041;33783041;33783802;33783853;33783853;33783853;33786407;33786407;33786454;33792136;33800135;33805339;33805339;33805339;33805339;33805339;33805339;33813527;33813727;33813727;33813727;33813727;33813727;33814128;33814338;33814338;33814338;33814338;33814338 33762209;33762209;33765909;33765909;33769907;33769907;33770899;33770899;33773033;33773033;33777863;33777863;33777863;33779191;33779191;33779191;33779191;33779191;33780049;33780049;33780049;33780049;33780049;33782194;33782194;33782194;33782194;33782194;33783191;33783191;33783191;33783191;33783191;33783937;33783964;33783964;33783964;33786532;33786532;33786532;33803613;33800767;33805419;33805419;33805419;33805389;33805419;33805419;33813810;33813810;33813810;33813810;33813810;33813810;33814211;33814595;33814570;33814426;33814527;33814385 -;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;- 15839 1147 1597 1888 1604
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+Bend6 chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1 33852052;33852052;33852052;33862654;33862654;33862695;33863156;33863742;33863742;33864523;33864523;33864523;33864523;33873758;33878260;33878260;33878260;33878260;33878260;33883441;33883441;33883441;33883441;33883441;33907566;33907566;33907566 33853367;33853367;33853367;33862773;33862773;33862773;33863934;33863934;33863934;33864743;33864574;33864743;33864743;33873911;33878437;33878437;33878437;33878437;33878437;33883490;33883842;33883480;33883648;33883648;33907791;33907816;33907768 -;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;- 3421 6 21 30 14
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+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+ 38847 18447 22685 17972 15010
+Gm37354 chr1 33922455 33924838 + 2384 0 1 0 0
+Gm28631 chr1 33963352 33963685 - 334 0 0 0 0
+Gm23792 chr1 33981410 33981502 - 93 0 0 0 0
+Gm38157 chr1 34032100 34033797 + 1698 1 2 3 10
+Mir6896 chr1 34117359 34117431 + 73 0 0 0 0
+Gm26788 chr1;chr1;chr1;chr1 34165856;34169145;34175031;34177888 34167095;34169270;34178446;34178271 -;-;-;- 4782 113 177 49 44
+D630036G22Rik chr1 34236596 34238820 + 2225 938 1076 756 687
+A930005N03Rik chr1 34269882 34271128 - 1247 0 1 0 0
+Gm37958 chr1;chr1 34329433;34330167 34329721;34330307 -;- 430 0 0 0 0
+Gm37385 chr1 34350775 34351161 + 387 0 0 0 0
+Gm5266 chr1;chr1 34367371;34368323 34367851;34369003 +;+ 1162 3 2 2 2
+Gm3052 chr1;chr1 34415050;34415763 34415878;34417986 -;- 2937 5 2 2 1
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+Boll chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1 55248658;55268856;55270530;55300069;55300069;55300069;55300087;55300087;55304498;55304498;55304498;55304498;55305676;55305676;55305676;55305676;55323650;55323650;55323650;55323650;55340473;55340473;55340473;55340473;55346257;55346377;55346377;55346377;55348881;55348881;55348881;55348881;55348915;55355648;55355648;55355648;55355648;55355648;55360616;55360616;55360616;55360616;55360616;55360616;55362482;55363299;55363299;55363299 55248964;55270665;55270665;55300185;55300185;55300185;55300185;55300178;55304626;55304626;55304626;55304626;55305723;55305723;55305723;55305723;55323721;55323721;55323721;55323721;55340600;55340600;55340600;55340600;55346452;55346452;55346452;55346452;55348935;55348935;55348935;55348935;55348935;55355739;55355739;55355739;55355739;55355739;55360759;55360741;55360759;55360759;55360759;55360741;55362726;55363469;55363319;55363319 -;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;- 3514 3 2 10 3
+Gm8292 chr1 55335401 55335796 + 396 168 228 272 206
+Gm29138 chr1 55370016 55370363 - 348 0 0 0 0
+Gm8531 chr1 55381195 55382087 - 893 0 0 0 0
+Plcl1 chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1 55405921;55695745;55701930;55702025;55713421;55713421;55715494;55715494;55735121;55751281 55406630;55698219;55702133;55702133;55713496;55713496;55715603;55715603;55735227;55754285 +;+;+;+;+;+;+;+;+;+ 6687 38 58 32 28
+Gm38056 chr1 55440904 55445930 + 5027 1 1 1 1
+Gm6644 chr1 55444074 55445024 - 951 0 0 0 0
+Gm37382 chr1 55559460 55561055 + 1596 0 0 0 0
+9130227L01Rik chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1 55931241;55934286;55956835;55957645;55960914;55960985;55970515;55971080;55971080 55931342;55934420;55956944;55958006;55961162;55961162;55970652;55972328;55972098 +;+;+;+;+;+;+;+;+ 2345 0 0 0 0
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+1700003I22Rik chr1;chr1;chr1;chr1 56018978;56019023;56019798;56019856 56019053;56019053;56020137;56020203 +;+;+;+ 482 0 0 0 0
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+Ino80dos chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1 63113078;63114096;63114451;63114471;63114740;63144119;63144119;63156220;63156220;63156958;63156958 63113219;63115331;63114960;63114544;63114960;63144185;63144185;63156321;63156321;63157245;63158290 +;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+ 2880 122 186 120 108
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+Pikfyve chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1 65186683;65186689;65186693;65186694;65186696;65186702;65186704;65186713;65186750;65190319;65190319;65190319;65190319;65190319;65190319;65190319;65190319;65190319;65191054;65192145;65192145;65192145;65192145;65192145;65192145;65192145;65192145;65192534;65195656;65195656;65195656;65195656;65195656;65195656;65195656;65196612;65196612;65196612;65196612;65196612;65196612;65196760;65202716;65202716;65202716;65202716;65202716;65202716;65202716;65202716;65205589;65205589;65205589;65205589;65205589;65205589;65205589;65205589;65205875;65215934;65215934;65215934;65215934;65215934;65215934;65219754;65219754;65219754;65219754;65219754;65222270;65222270;65222270;65222270;65222270;65223505;65223505;65223505;65223505;65223505;65224162;65224162;65224162;65230794;65230794;65230794;65230794;65233730;65233730;65233730;65234254;65234254;65234254;65235010;65235010;65235010;65238435;65238435;65238435;65244396;65244396;65244396;65245710;65245710;65245710;65246062;65246062;65246062;65250186;65250186;65251605;65251605;65252412;65252412;65253352;65253352;65255042;65255042;65255522;65255522;65255939;65255939;65256548;65256548;65257909;65257909;65258783;65258783;65259999;65259999;65262880;65262880;65264347;65264347;65265249;65265249;65265762;65265762;65267826;65267826;65268698;65268698;65269873;65269873;65271268;65271268;65272447;65272447;65273033;65273033;65273643;65273643 65186778;65186833;65186833;65186778;65186778;65186833;65186833;65186833;65186833;65190499;65190499;65190499;65190499;65192483;65190499;65190499;65190499;65190499;65191151;65192294;65192187;65192294;65192294;65192294;65192294;65192294;65192294;65192566;65195774;65195774;65195774;65195774;65195774;65195774;65195774;65196783;65196783;65196783;65196783;65196783;65196783;65196783;65202923;65202923;65202923;65202923;65202923;65202923;65202923;65202923;65205678;65205678;65205678;65205678;65205678;65205678;65205678;65205706;65206174;65216262;65216072;65216072;65216072;65216072;65216072;65219911;65219911;65219911;65219911;65219911;65222381;65222381;65222381;65222381;65222381;65223652;65223652;65223652;65226117;65223652;65224329;65224329;65224329;65230853;65233284;65230853;65230853;65233859;65233859;65233859;65234434;65234434;65234434;65235084;65235084;65235084;65238542;65238542;65238542;65244536;65244536;65244536;65245836;65245836;65245836;65247218;65247218;65246898;65250286;65250286;65251676;65251676;65252583;65252583;65253530;65253530;65255155;65255155;65255630;65255630;65256093;65256093;65256638;65256638;65257969;65257969;65258920;65258920;65260119;65260119;65262975;65262975;65264430;65264430;65265346;65265346;65265926;65265926;65267885;65267885;65268874;65268874;65269976;65269976;65271396;65271396;65272708;65272708;65273107;65273107;65274012;65278695 +;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+ 18504 1631 2064 2599 2248
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+Ankar chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1 72642980;72644924;72646994;72650122;72650932;72651696;72652339;72656107;72658411;72658650;72658978;72665088;72666345;72670092;72673971;72675669;72679509;72679981;72681810;72687725;72688550;72689946;72698421;72700452 72643311;72644970;72647190;72650231;72651049;72651854;72652461;72656213;72658572;72658803;72659219;72665256;72666586;72670196;72674179;72675870;72679547;72680200;72681990;72687828;72688713;72690383;72699056;72700564 -;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;- 4573 0 1 0 1
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+Kcne4 chr1;chr1;chr1;chr1;chr1 78816758;78816927;78817611;78817611;78818497 78816996;78816996;78820028;78817821;78820028 +;+;+;+;+ 2657 61 118 42 27
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+Scg2 chr1;chr1;chr1;chr1;chr1 79434669;79434669;79436052;79439956;79439956 79437018;79435931;79437018;79440042;79440120 -;-;-;-;- 2515 127316 152949 118308 97098
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+Ugt1a1 chr1;chr1;chr1;chr1;chr1 88211959;88215044;88215795;88216138;88218127 88212871;88215175;88215882;88216357;88218997 +;+;+;+;+ 2224 11 12 2 5
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+Hjurp chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1 88262471;88264828;88264978;88266349;88267948;88267948;88267948;88269321;88269321;88269337;88269378;88270202;88270202;88270202;88272729;88272729;88274712;88275028;88275042;88275042;88277219;88277219;88277219;88277374;88277374;88277374;88277374 88266658;88266658;88266658;88266658;88268026;88268026;88268026;88269392;88269413;88269413;88269413;88270947;88270299;88270299;88273119;88272765;88277285;88275097;88275097;88275097;88277285;88277285;88277285;88277579;88277506;88277557;88277633 -;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;- 8331 1879 2479 3050 2567
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+Tdpx-ps1 chr1 99790429 99791025 - 597 9 23 22 16
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+Gm20268 chr1;chr1;chr1 101155809;101168631;101174637 101156012;101168705;101175202 +;+;+ 845 0 0 0 0
+Gm28801 chr1 101371628 101372076 + 449 0 0 0 0
+Psmb6-ps2 chr1 101385886 101386590 + 705 6 1 2 3
+Gm18969 chr1 101753814 101754543 - 730 0 1 0 0
+Gm28188 chr1 101880506 101880741 - 236 1 0 1 0
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+Gm28623 chr1;chr1 102161367;102161863 102161481;102161939 +;+ 192 0 0 0 0
+Gm23036 chr1 102413923 102414021 - 99 0 0 0 0
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+Gm28403 chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1 105382260;105401295;105402916;105406442;105406712;105568776 105382658;105401453;105404332;105406617;105406906;105569139 -;-;-;-;-;- 2710 2 2 3 1
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+Gm37717 chr1 124824702 124827728 - 3027 0 0 0 0
+1700121L03Rik chr1;chr1 125190282;125197150 125190679;125197455 -;- 704 0 0 0 0
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+Mybph chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1 134193448;134193457;134193814;134193814;134194577;134194577;134196970;134196970;134197351;134197351;134197730;134197730;134198401;134198401;134199714;134199714;134199950;134199950;134200395;134200395;134200948 134193726;134193726;134193948;134193948;134194744;134194744;134197058;134197058;134197546;134197546;134197869;134197869;134198560;134198560;134199850;134199850;134200136;134200136;134201232;134200447;134201231 +;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+ 2329 7 9 1 1
+Adora1 chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1 134199223;134199225;134201349;134202065;134203397;134234015;134234015;134234015;134234015;134235228;134235228 134201713;134203590;134203590;134203590;134203590;134234446;134235397;134234412;134234578;134235431;134235364 -;-;-;-;-;-;-;-;-;-;- 5785 617 831 733 716
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+Gm4034 chr1 148937897 148938376 - 480 0 1 0 0
+Gm29022 chr1 148941097 148941321 - 225 0 0 0 0
+Gm5703 chr1 148975522 148979494 + 3973 0 0 1 0
+Gm15443 chr1 149025228 149026047 - 820 1 3 4 6
+Gm18751 chr1 149037584 149039596 + 2013 0 0 0 0
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+Gm37096 chr1 149431910 149433967 - 2058 0 0 0 0
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+2310030A07Rik chr1;chr1;chr1;chr1 150320681;150322643;150344897;150346662 150320920;150322830;150344968;150346771 -;-;-;- 610 0 2 0 0
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+Tor1aip1 chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1 156004599;156004614;156006234;156006781;156007531;156007572;156007572;156013318;156013318;156013318;156013318;156013318;156013318;156017324;156017511;156017511;156017511;156017511;156017511;156017511;156018218;156018218;156018218;156018218;156018218;156018218;156018218;156019968;156022300;156022300;156022300;156022300;156022300;156022300;156022300;156022371;156023149;156023149;156023149;156023149;156023149;156023149;156023149;156023149;156030173;156030387;156030387;156030387;156030387;156030387;156030387;156030387;156030387;156031414;156031414;156031414;156031414;156031414;156031414;156031414;156031414;156031414;156032906;156033726;156033726;156033726;156033726;156033726;156033726;156033726;156033726;156034681;156034681;156035758;156035758;156035758;156035758;156035758;156035758 156007709;156007709;156007709;156007709;156007709;156007709;156007709;156013374;156013374;156013374;156013374;156013374;156013374;156017579;156017579;156017579;156017579;156017579;156017579;156017579;156018530;156018619;156018259;156018259;156018259;156018259;156018259;156020023;156022380;156022380;156022380;156022380;156022380;156022380;156022380;156022380;156023187;156023187;156023187;156023187;156023187;156023187;156023187;156023187;156030431;156030431;156030431;156030431;156030431;156030431;156030431;156030431;156030431;156031473;156031473;156031473;156031473;156031473;156031473;156031473;156031473;156031473;156032953;156033800;156033839;156033800;156033800;156033800;156033800;156033800;156033800;156034880;156034817;156036147;156036050;156036480;156036480;156036480;156036427 -;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;- 5406 1097 1461 1753 1421
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+Gm10531 chr1 157043547 157045849 + 2303 0 0 0 0
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+Mir350 chr1 176772325 176772423 - 99 0 0 0 0
+Gm25288 chr1 176793956 176794220 + 265 0 0 1 0
+Sdccag8 chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1 176814660;176814660;176814660;176814660;176814660;176824752;176824752;176824752;176824752;176824752;176826199;176826199;176826199;176826199;176826199;176828870;176828870;176828870;176828870;176831057;176831057;176831057;176831057;176831057;176840285;176840285;176840285;176840285;176840285;176844824;176844824;176844824;176844824;176844824;176845181;176845181;176845181;176845181;176845181;176853764;176853764;176853764;176853764;176861872;176863616;176868212;176868212;176868212;176872053;176874564;176874564;176874564;176877990;176877990;176877990;176919544;176919544;176919544;176946108;176946108;176946108;176948281;176948281;176948281;176955792;176955792;176955792;176998009;177011889;177011889;177011889;177020115;177020115;177020115 176815055;176815055;176815055;176815055;176815055;176824904;176824904;176824904;176824904;176824904;176826284;176826284;176826284;176826284;176826284;176828983;176828983;176828983;176828983;176831182;176831182;176831182;176831182;176831182;176840425;176840425;176840425;176840425;176840425;176844888;176844888;176844888;176844888;176844888;176845369;176845369;176845369;176845369;176845497;176853902;176853902;176853902;176853902;176862127;176863730;176868364;176868364;176868364;176872260;176874698;176874698;176874698;176878106;176878106;176878106;176919686;176919686;176919686;176946235;176946235;176946235;176948389;176948389;176948389;176955923;176955923;176956360;176998217;177012015;177012015;177012015;177020437;177020437;177020437 +;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+ 4129 678 845 906 730
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+Gm15423 chr1;chr1;chr1 176927999;176931855;176932567 176929209;176931928;176932711 -;-;- 1430 8 9 1 6
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+Gm13477 chr2 44788265 44790951 + 2687 4 6 5 7
+Zeb2 chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2 44983632;44987121;44987123;44987123;44988334;44988401;44988442;44994479;44994479;44994479;44994479;44994479;44994479;44996026;44996026;44996026;44996026;44996026;44996026;44996805;44998884;44998884;44998884;44998884;44998884;44998884;44998884;44998884;45001600;45001600;45001600;45001600;45001600;45001600;45001600;45001600;45001691;45001716;45001782;45001784;45002516;45002516;45002516;45002516;45002516;45002516;45002516;45002516;45002516;45002516;45002681;45002683;45008598;45017397;45017397;45017397;45017397;45017397;45017397;45017397;45017397;45017397;45017397;45017397;45017459;45020822;45020897;45022847;45022847;45022847;45022847;45022847;45022847;45022847;45022847;45022847;45022847;45022847;45022847;45022847;45022847;45022847;45022847;45022904;45022989;45023060;45023637;45054143;45095583;45104038;45104038;45104038;45105265;45106126;45106485;45110016;45110016;45110016;45110016;45110016;45110016;45110016;45110016;45110016;45110016;45110016;45110016;45110016;45110016;45110016;45110016;45110016;45110016;45110016;45110016;45110016;45110016;45110016;45110016;45110089;45110348;45110348;45110393;45110393;45110421;45110421;45110480;45111020;45111020;45111020;45111020;45112823;45112823;45112823;45112823;45112823;45112823;45112823;45112823;45112823;45112823;45112823;45113236;45113236;45113236;45113416;45117200 44989153;44987995;44989153;44989153;44989153;44989153;44989153;44994659;44994659;44994659;44994659;44994659;44994659;44997995;44997995;44997995;44997995;44997995;44997995;44997995;44998992;44998992;44998992;44998992;44998992;44998992;44998992;44998992;45001814;45001814;45001814;45001814;45001814;45001814;45001814;45001814;45001814;45001814;45001814;45001814;45002704;45002704;45002704;45002704;45002704;45002704;45002704;45002704;45002704;45002704;45002704;45002704;45008686;45017468;45017468;45017468;45017468;45017468;45017468;45017465;45017468;45017468;45017468;45017468;45017468;45023104;45023104;45023104;45023104;45023104;45023104;45023104;45023104;45022915;45023104;45023104;45023104;45023104;45023104;45023104;45023104;45023104;45023104;45023104;45023104;45023104;45023670;45054241;45097197;45106490;45106490;45106490;45105573;45106490;45110157;45110076;45110157;45110157;45110157;45110157;45110157;45110157;45110157;45110157;45110157;45110157;45110157;45110157;45110157;45110244;45110157;45110157;45110157;45110288;45110157;45110157;45110157;45110157;45110157;45110157;45110484;45110515;45110487;45110452;45110733;45110627;45110754;45111170;45111076;45111156;45111174;45113001;45113092;45113216;45113092;45113245;45113089;45112890;45113002;45113279;45112985;45113092;45113248;45113284;45113268;45113508;45117395 -;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;- 19942 206 358 308 193
+Mir5129 chr2 45023100 45023177 - 78 0 0 0 0
+Zeb2os chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2 45111138;45112260;45112843;45112843;45113099;45113099 45111302;45112342;45112993;45112993;45114087;45114087 +;+;+;+;+;+ 1388 3 4 8 1
+Gm27761 chr2 45111171 45111301 + 131 0 0 0 0
+Gm27676 chr2 45112488 45112548 + 61 0 0 0 0
+Gm27404 chr2 45113313 45113415 + 103 0 0 0 0
+Gm27645 chr2 45113908 45113984 + 77 0 0 0 0
+Gm28643 chr2;chr2 45156925;45168248 45157060;45168467 +;+ 356 0 0 0 0
+Vis1 chr2 45280724 45280924 + 201 1 4 0 1
+Gm13475 chr2 45329232 45329465 + 234 0 0 0 0
+Gm13479 chr2;chr2 45357265;45399382 45357332;45404035 +;+ 4722 0 0 0 0
+Gm13478 chr2 45647191 45647603 + 413 0 0 0 0
+1700019E08Rik chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2 45696605;45696799;45696800;45697029;45697987;45697987 45696629;45696833;45697142;45697142;45698447;45698067 +;+;+;+;+;+ 830 0 0 0 0
+Gm13465 chr2;chr2;chr2 45733457;45734951;45752914 45733929;45735058;45753311 +;+;+ 979 0 0 0 0
+Gm13467 chr2;chr2 45747803;45751569 45747967;45751684 -;- 281 0 0 0 0
+Gm13466 chr2 45809472 45810470 + 999 19 21 7 8
+Gm23072 chr2 46306336 46306458 + 123 0 0 0 0
+Gm13469 chr2 46406220 46406569 - 350 0 0 0 0
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+Gm25264 chr2 46606967 46607083 - 117 0 0 0 0
+Gm25959 chr2 47541984 47542085 + 102 0 0 0 0
+Gm13481 chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2 48062548;48064778;48087108;48249795;48309985;48457113 48063693;48064875;48087189;48249891;48310160;48457245 -;-;-;-;-;- 1732 0 1 0 0
+Gm13471 chr2 48140146 48140578 + 433 0 0 0 0
+Gm13482 chr2 48298908 48299161 + 254 0 0 0 0
+Gm25338 chr2 48384219 48384338 - 120 0 0 0 0
+Gm13472 chr2 48388037 48388350 + 314 1 0 0 0
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+Gm13517 chr2 55775548 55777042 + 1495 0 0 0 0
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+Mir195b chr2 56785811 56785907 + 97 0 0 0 0
+Gm13527 chr2 57079748 57080438 + 691 6 7 4 2
+Nr4a2 chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2 57106830;57106830;57106830;57107499;57108561;57108561;57108561;57108561;57109063;57109063;57109063;57109063;57110114;57110114;57110114;57110114;57110637;57110637;57110637;57110637;57111576;57111576;57111576;57111576;57112003;57112951;57112951;57112951;57112951;57112951;57112990;57114275;57114718;57114718;57123829;57123829 57108412;57108412;57108412;57108412;57108618;57108739;57108739;57108739;57109265;57109265;57109265;57109265;57110277;57110277;57110277;57110277;57110766;57110766;57110766;57110766;57112263;57112263;57112441;57112441;57112441;57113289;57113072;57113072;57113072;57113072;57113072;57114373;57115038;57115038;57124003;57124003 -;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;- 4059 1402 1905 211 156
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+Gca chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2 62664285;62672277;62679156;62685965;62686198;62686277;62689961;62689961;62690391;62690391;62691564 62664459;62672450;62679225;62686008;62686424;62686424;62690074;62690074;62690431;62690449;62694109 +;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+ 3409 591 717 889 744
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+Hoxd3os1 chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2 74703248;74710043;74710193;74711970;74711970;74713126;74714271;74715706;74715706 74703622;74710281;74710281;74712054;74712526;74714401;74714401;74715996;74716130 -;-;-;-;-;-;-;-;- 2872 1 1 2 2
+Hoxd8 chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2 74704615;74704905;74705152;74705971;74706514;74706514;74706517 74704724;74706118;74706118;74706118;74707933;74706812;74707307 +;+;+;+;+;+;+ 2744 14 14 13 7
+Hoxd3 chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2 74711927;74732913;74736515;74739619;74743928;74743928;74743928;74743928;74745674;74745722;74746322;74746322;74746322;74746322 74712316;74733040;74736705;74739703;74744555;74744214;74744555;74744555;74746220;74748442;74747900;74746596;74747915;74748271 +;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+ 4191 1 0 0 0
+Hoxd4 chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2 74711929;74721978;74722553;74722553;74723332;74723332;74725463;74725463;74725845;74726876;74726876;74727074;74728262;74728262;74728359 74712316;74722177;74722631;74722631;74723367;74723367;74725597;74725978;74725978;74727705;74726932;74727705;74729123;74729160;74728868 +;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+ 2948 0 0 1 1
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+Mtx2 chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2 74825803;74825830;74847238;74847238;74848299;74848299;74859405;74859405;74866871;74866871;74868320;74868320;74868883;74868981;74869304;74870408;74870408;74876303;74876303 74826043;74826043;74847285;74847285;74848345;74848345;74859477;74859477;74866947;74866947;74868814;74868412;74868921;74869429;74869429;74870484;74870484;74876504;74878431 +;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+ 3675 1002 1230 1566 1184
+Gm14425 chr2 74855706 74856311 + 606 1 1 6 1
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+A330043C09Rik chr2;chr2 75147118;75177522 75147989;75177658 -;- 1009 1 0 0 0
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+Hnrnpa3 chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2 75659261;75659267;75659280;75659280;75659318;75659318;75661466;75661466;75661466;75661466;75661466;75661466;75661671;75661671;75661671;75661671;75661671;75661671;75661896;75661896;75661896;75661896;75661896;75662487;75662487;75662487;75662487;75662487;75662489;75662661;75662661;75662661;75662661;75662661;75662661;75662845;75662845;75662845;75662845;75662845;75663571;75663571;75663571;75663571;75663571;75663673;75665028;75665028;75665028;75665028;75665028;75665028;75665234;75665234;75665234;75665234;75665234;75665234;75665398;75665398;75665398 75659389;75659323;75659389;75659389;75659389;75659323;75661588;75661588;75661588;75661588;75661588;75661588;75661817;75661817;75662033;75661817;75661817;75661817;75662106;75662106;75662106;75662106;75662106;75662576;75662576;75662576;75662576;75662576;75662576;75662756;75662756;75662756;75662756;75662756;75662756;75662925;75662925;75662925;75662925;75662925;75663714;75663714;75663714;75663714;75663714;75663714;75665150;75665150;75665150;75665150;75665150;75665150;75665455;75665286;75665286;75665301;75665301;75665301;75666121;75669407;75665839 +;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+ 5396 635 869 849 754
+Nfe2l2 chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2 75675513;75677545;75678488;75679163;75691052;75704364;75704364 75677184;75677712;75678577;75679429;75692372;75704489;75704641 -;-;-;-;-;-;- 3796 1828 2115 2308 2037
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+E030042O20Rik chr2;chr2 75704770;75709323 75705494;75710024 +;+ 1427 35 73 75 50
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+Ttc30b chr2 75935849 75938585 - 2737 221 251 280 232
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+Ttc30a1 chr2 75978247 75981967 - 3721 138 159 217 181
+Pde11a chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2 75989141;75989912;76005982;76017836;76022711;76027665;76029277;76029277;76030924;76030924;76046779;76046779;76050140;76050140;76058976;76058976;76075353;76075353;76075937;76075937;76113504;76113504;76136367;76137339;76137339;76139835;76139835;76158296;76158296;76194889;76194889;76211023;76211023;76215318;76215318;76291165;76337696 75991287;75991287;76006043;76017919;76022785;76027850;76029340;76029340;76031001;76031001;76046879;76046879;76050230;76050230;76059085;76059085;76075460;76075460;76076083;76076083;76113554;76113554;76136459;76137406;76137406;76139910;76139910;76158428;76158428;76194953;76194953;76211163;76211163;76215394;76215407;76291323;76338774 -;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;- 5208 6 9 3 1
+Gm44337 chr2 76318482 76318595 + 114 0 0 0 0
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+Ttn 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+Ctnnd1 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+Olfr1307 chr2 111944516 111945454 - 939 0 0 0 0
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+Olfr1314 chr2 112091761 112092699 - 939 0 0 0 0
+Olfr1315-ps1 chr2;chr2 112110312;112110312 112111256;112111250 -;- 945 0 0 0 0
+Olfr1316 chr2;chr2 112129871;112129871 112130815;112130815 -;- 945 0 0 0 0
+Olfr1317 chr2 112141947 112142897 + 951 0 0 0 0
+Olfr1318 chr2 112155318 112157007 + 1690 0 0 0 0
+Olfr1319-ps1 chr2 112167724 112167997 + 274 0 0 0 0
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+Nutm1 chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2 112247948;112250559;112251045;112251736;112253502;112255660;112259166 112250179;112250675;112251322;112251875;112253630;112256368;112259291 -;-;-;-;-;-;- 3731 0 2 3 3
+Nop10 chr2;chr2 112261926;112262313 112262077;112263269 +;+ 1109 737 900 1208 909
+Slc12a6 chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2 112265825;112266742;112266819;112284577;112316241;112316241;112316241;112333383;112333383;112333383;112333383;112334369;112334369;112334369;112334369;112335776;112335776;112335776;112335776;112337358;112337358;112337358;112337358;112337859;112337859;112337859;112337859;112339246;112339246;112339246;112339246;112341831;112341831;112341831;112341831;112343829;112343829;112343829;112343829;112344139;112344139;112344139;112344139;112344488;112344488;112344488;112344488;112346899;112346899;112346899;112346899;112346995;112347317;112347317;112347317;112347317;112347317;112349276;112349276;112349276;112349276;112349276;112351279;112351279;112351279;112351279;112351279;112352444;112352444;112352444;112352444;112352526;112352892;112352892;112352892;112352892;112354174;112354174;112354174;112354174;112354174;112354202;112354975;112354975;112354975;112354975;112354975;112356195;112356460;112356460;112356460;112356460;112357484;112357484;112357484;112357768;112357768;112357768;112357768;112358506;112358506;112358506;112358506;112358918;112360416;112360416;112360416 112267092;112267092;112267092;112284805;112316285;112316285;112316285;112333477;112333477;112333477;112333477;112334500;112334500;112334500;112334500;112335922;112335922;112335922;112335922;112337412;112337412;112337412;112337412;112337989;112337989;112337989;112337989;112339487;112339487;112339487;112339487;112342045;112342045;112342045;112342045;112343987;112343987;112343987;112343987;112344237;112344237;112344237;112344237;112344545;112344545;112344545;112344545;112347073;112347073;112347073;112347073;112347073;112347435;112347435;112347435;112347435;112347435;112349374;112349374;112349374;112349374;112349374;112351633;112351398;112351398;112351398;112351398;112352548;112352548;112352548;112352548;112353060;112353060;112353060;112353060;112353060;112354238;112354369;112354369;112354369;112354369;112354369;112355144;112355144;112355144;112356029;112355144;112357591;112356887;112356591;112356591;112356591;112357591;112357591;112357591;112357952;112357952;112357952;112357952;112358639;112358639;112358639;112358627;112359127;112363163;112363156;112363156 +;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+ 10165 890 1182 1483 1259
+Gm21985 chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2 112266314;112333383;112334369;112335776;112337358;112337859;112339246;112341831;112343829;112344139;112344488;112346899;112347317;112349276;112351279;112352444;112352892;112354174;112354975;112356460;112357484;112357768;112358506;112377084;112377378;112404161;112404758;112406074 112267092;112333477;112334500;112335922;112337412;112337989;112339487;112342045;112343987;112344237;112344545;112347073;112347435;112349374;112351398;112352548;112353060;112354369;112355144;112356591;112357591;112357952;112358639;112377285;112377480;112404276;112404798;112406319 +;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+ 4532 0 0 0 0
+Emc4 chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2 112363011;112363792;112363793;112364152;112364152;112367333;112367402;112367819;112367819 112363354;112363952;112363952;112364305;112364305;112367516;112367516;112368020;112368027 -;-;-;-;-;-;-;-;- 1052 819 1054 1279 869
+Katnbl1 chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2 112379211;112379226;112404161;112404161;112404758;112404758;112406074;112406074;112407586;112408383;112408524;112409141;112410143;112412383 112379357;112379357;112404276;112404276;112404798;112404798;112407518;112406353;112407704;112408433;112408613;112409230;112410236;112414240 +;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+ 4051 285 353 366 314
+Gm13940 chr2 112389197 112389497 - 301 2 2 0 0
+Emc7 chr2;chr2;chr2;chr2;chr2 112454997;112459460;112462801;112464737;112466981 112455300;112459579;112462939;112464817;112472162 +;+;+;+;+ 5826 3511 4441 5607 4340
+n-R5s202 chr2 112469253 112469366 - 114 0 0 0 0
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+Aven chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2 112492964;112514450;112559282;112559634;112625155;112625155;112625155;112627749;112627749;112627749;112629740;112629740;112629740;112630779;112630779 112493221;112514627;112559393;112559787;112625225;112625225;112625225;112627844;112627844;112627844;112630076;112630076;112630076;112630911;112634573 +;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+ 5001 239 291 446 342
+Gm22676 chr2 112500869 112500997 + 129 0 0 0 0
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+Aqr chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2 114101170;114104004;114105162;114105800;114105800;114108104;114108104;114109884;114109884;114112126;114112482;114112482;114113219;114113219;114114580;114114580;114116523;114116523;114116523;114118677;114118677;114118677;114119910;114119910;114121205;114121205;114125891;114125891;114126956;114126956;114127513;114127513;114130535;114130535;114132967;114132967;114132987;114133368;114134652;114134652;114134652;114136870;114136870;114136870;114136870;114140869;114140869;114140869;114140869;114142988;114142988;114142988;114145628;114145628;114145628;114146889;114146889;114146889;114148939;114148939;114148939;114150399;114150399;114150399;114151519;114151519;114151519;114152743;114154965;114154965;114154965;114156247;114156247;114156247;114156247;114157540;114157540;114157540;114157540;114158599;114158870;114158870;114158870;114158870;114161564;114161564;114161564;114161564;114161564;114166193;114166193;114166193;114166193;114166193;114170027;114170027;114170027;114170027;114170027;114170045;114170045;114172691;114172691;114172691;114172691;114172691;114172691;114172691;114175092;114175092;114175092;114175092;114175092;114175092;114175092;114180950;114186926 114101729;114104117;114105361;114105974;114105974;114108189;114108189;114110054;114110054;114114651;114112653;114112653;114113406;114113406;114114651;114114651;114116660;114116660;114116660;114119187;114118898;114118898;114120045;114120045;114121314;114121314;114126001;114126001;114127025;114127025;114127659;114127659;114130776;114130776;114133136;114133136;114133136;114134819;114134819;114134819;114134819;114137048;114137048;114137048;114137048;114141010;114141143;114141010;114141010;114143108;114143108;114143108;114145730;114145730;114145730;114146992;114146992;114146992;114149052;114149052;114149052;114150515;114150515;114150515;114151583;114151583;114151583;114155041;114155041;114155041;114155041;114156347;114156347;114156347;114156347;114157608;114157608;114157608;114157608;114159010;114159010;114159159;114159010;114159010;114161684;114161684;114161684;114161684;114161684;114166228;114166228;114166228;114166228;114166228;114170067;114170067;114170067;114170067;114170067;114170067;114170067;114172747;114172747;114172747;114172747;114172747;114172747;114172747;114175416;114175416;114175338;114175338;114175246;114175277;114175339;114181048;114187024 -;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;- 11805 2083 2568 3766 3197
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+Capn3 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+Xrn2 chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2 147012996;147024508;147024715;147025195;147026381;147026515;147027307;147027595;147028093;147029338;147029495;147029552;147029727;147029727;147029869;147034854;147034854;147036664;147036664;147038169;147038169;147040816;147041988;147042174;147042546;147042860;147047635;147047635;147049292;147049983;147051713;147061249;147061406;147061440;147063233;147063233;147068792;147068792;147074885;147077483 147013196;147024635;147024826;147025306;147026439;147026604;147027379;147027645;147028250;147029412;147029628;147029628;147029976;147029784;147029976;147034898;147034898;147036795;147036795;147038287;147038287;147040951;147042095;147042263;147042932;147042932;147047822;147047718;147049389;147050062;147051769;147061317;147061537;147061537;147063360;147063360;147068900;147068855;147075026;147078000 +;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+ 3981 1383 1834 1926 1520
+Nkx2-4 chr2;chr2 147083316;147084895 147084489;147085445 -;- 1725 0 0 0 0
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+Nkx2-2 chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2 147177546;147183083;147184246;147185760;147185760;147186305;147186382;147193939;147194055 147177944;147184557;147184557;147186404;147186101;147186455;147186455;147194242;147194243 -;-;-;-;-;-;-;-;- 2875 2608 3233 1975 1670
+Nkx2-2os chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2 147184083;147286236;147287043;147303620;147305094;147307181;147331323 147184360;147286401;147287207;147303818;147308271;147307638;147331681 +;+;+;+;+;+;+ 4345 4 6 17 12
+6430503K07Rik chr2;chr2;chr2 147187424;147187703;147188035 147187457;147187771;147188407 +;+;+ 476 108 172 115 92
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+Pax1 chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2 147361925;147364994;147365017;147365733;147365733;147367877;147367877;147368282;147368379;147373714;147392153 147362533;147365306;147365306;147366362;147366362;147367878;147368019;147368595;147368595;147375053;147393295 +;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+ 4492 0 0 0 1
+Gm14109 chr2 147402954 147403262 - 309 0 0 1 0
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+9030622O22Rik chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2 147944740;147947125;147962032;147962634;147967242;147972675;147972676;147972830;147975795;147988799;147988799;148011251;148029671;148038135;148040141 147945032;147947208;147962064;147962707;147967271;147973014;147973014;147973014;147976185;147988865;147988865;148011355;148029736;148038270;148040203 -;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;- 1682 119 112 138 121
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+Gzf1 chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2 148681023;148681211;148683594;148683594;148684612;148686514;148686514;148688004;148688004;148690076;148690076;148690707 148681215;148681455;148684049;148684968;148684968;148686608;148686608;148688145;148688171;148690215;148690233;148692949 +;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+ 4472 1051 1295 1242 1116
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+Cst8 chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2 148798785;148798834;148798903;148799137;148799888;148799888;148800031;148804583;148804583;148804583;148805417;148805417;148805417 148798931;148798931;148798931;148799221;148800215;148800215;148800215;148804696;148804696;148804696;148805595;148805595;148805595 +;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+ 853 0 0 0 0
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+Pygb chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2 150786735;150789006;150801538;150801538;150806193;150806193;150808797;150808797;150811254;150811254;150813391;150813391;150813921;150813921;150814986;150815322;150815618;150816750;150816750;150817638;150817638;150818846;150819874;150820735;150823607;150823976;150826329;150826329;150827105;150827105;150828388;150828444;150828444;150829628;150829628;150830362;150830362 150787110;150789184;150801639;150801639;150806271;150806271;150808900;150808900;150811385;150811385;150813502;150813502;150814001;150814003;150815129;150815710;150815710;150816896;150816896;150817760;150817801;150818960;150819975;150820882;150824034;150824034;150826470;150826470;150827312;150827312;150828578;150828473;150828578;150829694;150829694;150830634;150831758 +;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+ 4809 504 657 701 536
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+Tbc1d20 chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2 152293828;152293851;152293872;152294180;152302152;152302152;152302152;152304946;152304946;152304946;152304946;152307989;152307989;152307989;152307989;152308199;152308330;152308330;152310386;152310386;152310386;152311317;152311317;152311710;152311710 152294040;152294040;152294040;152294519;152302337;152302337;152302337;152305026;152305026;152305026;152305026;152308175;152308431;152308175;152308082;152308431;152308428;152308431;152310818;152310527;152310527;152311504;152311504;152313996;152313996 +;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+ 4171 2424 3368 3825 3238
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+Trib3 chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2 152337422;152339715;152339748;152342938;152343037;152343037;152343857;152343857;152343857 152338687;152340007;152340007;152343327;152343283;152343327;152343970;152343988;152344032 -;-;-;-;-;-;-;-;- 2125 1735 2261 9107 7673
+Gm14164 chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2 152345669;152361799;152368698;152370804;152373800;152374748 152345726;152361944;152368800;152370970;152375324;152375149 +;+;+;+;+;+ 1999 0 0 4 7
+Gm14165 chr2 152353615 152354566 + 952 7 13 11 10
+Nrsn2 chr2;chr2;chr2 152368755;152374096;152376548 152369923;152374290;152376638 -;-;- 1455 0 0 2 1
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+Mcts2 chr2 152687035 152687951 + 917 293 348 251 179
+Gm26841 chr2;chr2 152694733;152696471 152696297;152696692 -;- 1787 24 10 15 17
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+Gm14162 chr2 152745707 152746307 + 601 0 0 0 0
+Cox4i2 chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2 152754173;152755094;152755155;152757010;152757010;152760638;152760638;152764745;152764745 152754224;152755239;152755239;152757174;152757174;152760769;152760769;152765037;152765034 +;+;+;+;+;+;+;+;+ 788 21 47 31 10
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+Trpc4ap chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2 155634271;155634308;155634745;155635236;155635236;155635596;155636196;155636196;155636196;155637658;155637658;155637658;155637658;155638048;155638048;155638976;155638983;155639473;155639473;155640474;155640474;155640474;155641589;155641589;155643392;155643392;155643392;155643594;155644928;155644928;155644928;155650419;155650419;155650419;155653104;155653493;155653493;155653493;155653493;155657736;155657736;155657736;155657736;155657736;155663657;155663657;155663657;155663657;155663657;155665882;155666202;155666202;155666202;155666202;155668412;155668412;155668412;155668412;155668412;155671040;155671040;155671040;155671040;155672990;155672990;155672990;155672990;155673057;155691831;155692139;155692139;155692139 155635140;155635140;155635442;155635442;155635442;155636308;155636308;155636308;155636308;155637782;155637766;155637736;155637766;155638188;155638188;155641690;155639563;155639563;155639563;155640540;155640557;155640557;155641690;155641690;155643468;155643450;155643450;155645059;155645059;155645059;155645059;155650585;155650561;155650585;155653678;155653678;155653678;155653678;155653678;155657943;155657943;155657943;155657943;155657943;155663785;155663822;155663785;155663785;155663785;155666257;155666257;155666257;155666257;155666257;155668478;155668469;155668469;155668469;155668469;155671156;155671156;155671156;155671156;155673118;155673051;155673118;155673118;155673118;155692123;155692382;155692332;155692384 -;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;- 8753 3935 5185 4950 3954
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+Edem2 chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2 155701677;155705655;155705718;155708535;155708932;155708932;155708980;155710844;155710844;155710844;155710844;155712712;155713325;155713338;155716010;155716010;155718264;155722432;155726635;155728891;155729231 155702592;155705776;155705776;155709076;155709076;155709076;155709076;155710968;155710986;155710968;155710968;155713318;155713479;155713479;155716359;155716221;155718389;155722537;155726674;155729001;155729475 -;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;- 3463 3044 3510 3001 2557
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+Chd6 chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2 160946978;160956083;160957036;160959943;160959977;160960064;160961274;160961274;160961274;160961863;160961863;160964758;160965169;160967788;160969339;160970146;160977459;160979369;160980482;160981575;160982624;160983058;160983184;160983663;160983663;160984458;160984458;160984458;160988257;160988257;160990245;160990245;160991818;160992115;160992115;161008034;161008355;161008355;161008355;161013022;161013022;161013022;161014084;161014084;161014084;161014092;161017176;161017176;161017176;161017176;161018026;161018026;161018026;161018026;161019452;161019452;161019452;161020967;161020967;161020967;161025886;161025939;161025939;161025939;161026249;161026249;161026249;161026249;161029178;161029178;161029178;161029178;161029839;161029903;161029903;161029903;161030747;161030747;161030747;161030747;161035031;161039194;161039194;161039194;161039194;161041985;161041985;161041985;161041985;161041985;161052388;161052388;161052388;161052388;161052388;161059919;161059919;161059919;161059919;161108989;161108989;161108989;161108989 160950187;160956202;160957227;160960429;160960429;160960429;160961480;160961521;160961480;160962014;160962014;160964796;160966740;160967996;160969555;160970206;160977519;160979498;160983862;160981678;160982713;160983217;160983217;160983862;160983862;160984660;160985046;160984660;160988367;160988367;160990424;160990424;160992279;160992279;160992279;161008550;161008493;161008550;161008550;161013232;161013232;161013232;161014339;161014339;161014339;161014339;161017319;161017319;161017319;161017319;161018249;161018202;161018202;161018202;161019695;161019695;161019695;161021088;161021088;161021088;161026073;161026073;161026073;161026073;161026335;161026335;161026335;161026335;161029548;161029295;161029295;161029295;161029961;161029961;161029961;161029961;161030809;161030809;161030809;161030809;161039343;161039343;161039343;161039343;161039343;161042132;161042132;161042132;161042129;161042132;161052578;161052905;161052905;161052905;161052905;161059974;161059974;161059974;161059974;161109004;161109075;161109022;161109022 -;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;- 19093 1799 2192 2410 1964
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+RP23-480D17.3 chr2;chr2;chr2 161109411;161112104;161113688 161109828;161112319;161114858 +;+;+ 1805 54 71 78 57
+Gm14243 chr2;chr2;chr2 161179064;161181791;161214714 161179205;161181956;161216577 +;+;+ 2172 0 0 0 0
+Gm14242 chr2;chr2 161206689;161207036 161206818;161207280 -;- 375 0 0 0 0
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+Gm11448 chr2 161287220 161287669 + 450 3 1 0 0
+Gm14241 chr2;chr2 161331314;161332015 161331338;161332253 +;+ 264 1 0 0 0
+Gm11449 chr2 161482563 161483038 - 476 1 1 1 1
+Gm29229 chr2 161513690 161514012 - 323 2 2 1 0
+Ptprt chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2 161521990;161521990;161526357;161527509;161530437;161530437;161530437;161530437;161533481;161533481;161533481;161533481;161534469;161534469;161534469;161534469;161547284;161547284;161547284;161547284;161551747;161551747;161551747;161551747;161553730;161553730;161553730;161553730;161555414;161555414;161555414;161555414;161558820;161558820;161558820;161558820;161560169;161560169;161560169;161560169;161560929;161564627;161564627;161564627;161564627;161566125;161566125;161566125;161566125;161575726;161575726;161575726;161575726;161587547;161587547;161587547;161587547;161607258;161607258;161607258;161607258;161656142;161656142;161656142;161656142;161687069;161697974;161697974;161697974;161697974;161698009;161718355;161732879;161732879;161732879;161732879;161732879;161766224;161766224;161766224;161766224;161766224;161799960;161810550;161810550;161810550;161810550;161811935;161811935;161811935;161811935;161901448;161901448;161901448;161901448;161927482;161927482;161927482;161927482;162012015;162135212;162135212;162135212;162135212;162135212;162238007;162238007;162238007;162238007;162253753;162253753;162253753;162253753;162267988;162267988;162267988;162267988;162278048;162278048;162278048;162278048;162362901;162362901;162362901;162362901;162660800;162660800;162660800;162660800 161529569;161529569;161529569;161529569;161530572;161530572;161530572;161530572;161533644;161533644;161533644;161533644;161534594;161534594;161534594;161534594;161547415;161547415;161547415;161547415;161551920;161551920;161551920;161551920;161553879;161553879;161553879;161553879;161555549;161555549;161555549;161555549;161558974;161558974;161558974;161558974;161560285;161560285;161560285;161560285;161560988;161564724;161564724;161564724;161564724;161566161;161566161;161566161;161566161;161575802;161575802;161575802;161575802;161587634;161587634;161587634;161587634;161607448;161607448;161607448;161607448;161656290;161656290;161656290;161656290;161687098;161698109;161698109;161698109;161698109;161698109;161718411;161732915;161732915;161732915;161732915;161732915;161766497;161766497;161766497;161766497;161766497;161800155;161810652;161810652;161810652;161810652;161812136;161812136;161812136;161812136;161901557;161901557;161901557;161901557;161927778;161927778;161927778;161927778;162012200;162135451;162135505;162135505;162135505;162135505;162238181;162238181;162238181;162238181;162253868;162253868;162253868;162253868;162268069;162268069;162268069;162268069;162278319;162278319;162278319;162278319;162363026;162363026;162363026;162363026;162661147;162661094;162661147;162661147 -;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;- 12611 1718 2142 3166 2534
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+9430021M05Rik chr2;chr2;chr2 162661163;162665809;162666389 162661426;162666024;162667109 +;+;+ 1201 25 33 59 33
+Gm14246 chr2;chr2 162679455;162680412 162680016;162680529 +;+ 680 2 5 4 5
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+Gm24478 chr2 162816311 162816468 - 158 0 0 0 0
+Gm14255 chr2;chr2 162867079;162868131 162867262;162868194 -;- 248 0 0 1 0
+Gm11451 chr2 162898894 162899523 - 630 4 5 4 1
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+Gm16316 chr2;chr2 163685004;163690447 163686563;163692279 -;- 3393 3 3 1 1
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+Ywhab chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2 163994960;163995503;164011602;164011602;164014006;164014006;164015231;164015231;164016103;164016669 163995365;163995871;164011904;164011904;164014129;164014129;164015283;164015394;164016198;164018588 +;+;+;+;+;+;+;+;+;+ 3382 3606 4744 4139 3077
+Pabpc1l chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2 164025450;164027475;164031171;164031199;164032180;164032180;164032488;164032488;164035245;164035245;164037000;164037111;164037111;164042317;164042317;164042317;164043550;164044264;164045863;164047387;164047481;164048010;164049494;164049977;164049977;164049977 164025673;164027668;164031314;164031314;164032319;164032319;164032582;164032582;164035382;164035382;164037206;164037206;164037206;164042320;164042547;164042565;164043640;164044380;164045969;164047574;164047574;164048146;164049624;164050538;164050167;164050538 +;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+ 2724 80 90 64 37
+Tomm34 chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2 164053540;164053540;164053540;164054701;164054701;164054701;164058666;164058666;164060839;164060839;164060839;164064892;164064892;164064892;164066570;164066570;164070467;164070913 164054507;164054507;164054507;164054827;164054827;164054827;164058813;164058813;164061008;164061008;164061008;164065044;164065044;164065715;164066669;164066669;164071102;164071169 -;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;- 3040 809 1094 1290 1164
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+Gm11455 chr2;chr2 164135703;164139768 164135783;164140419 +;+ 733 4 4 5 1
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+E130018N17Rik chr2;chr2 168152603;168154354 168153751;168154513 -;- 1309 3 4 2 4
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+Adnp chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2 168180986;168180986;168184968;168187567;168187567;168187567;168189282;168189282;168204357;168204600;168206574;168206574;168206574;168206574 168185172;168185172;168185172;168187659;168187659;168187659;168189394;168189394;168204774;168204774;168206709;168206709;168206922;168207112 -;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;- 5350 62 77 68 52
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+Gm14371 chr2;chr2;chr2;chr2;chr2 173793437;173799307;173801467;173802410;173847621 173794184;173799585;173801769;173802547;173847670 -;-;-;-;- 1518 2 0 1 1
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+Gm10714 chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2 174125038;174125560;174125836;174125836;174165015;174183849 174125692;174125692;174125888;174125887;174165111;174183918 -;-;-;-;-;- 875 33 60 4 1
+Gm27591 chr2 174247928 174247995 + 68 0 0 0 0
+Mir296 chr2 174267047 174267125 - 79 1 0 0 0
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+Nespas chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2;chr2 174281237;174282194;174283256;174283256;174284353;174284460;174284460;174286140;174286140;174295070;174295070 174282502;174282502;174283424;174283406;174285435;174284665;174284665;174286397;174286397;174295389;174295436 -;-;-;-;-;-;-;-;-;-;- 3143 44 57 18 20
+Gnas 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+Gm38335 chr3;chr3 10022311;10025345 10023904;10025539 -;- 1789 0 0 0 0
+Gm9833 chr3;chr3 10088110;10092245 10089618;10092565 +;+ 1830 50 51 59 35
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+Pmp2 chr3;chr3;chr3;chr3 10179851;10182121;10182382;10183747 10180800;10182222;10182554;10183929 -;-;-;- 1408 0 0 0 0
+Gm37389 chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 10179852;10182121;10182382;10194676;10197092 10180800;10182222;10182554;10194848;10197262 -;-;-;-;- 1568 0 0 0 0
+Fabp9 chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 10193621;10193623;10193626;10193967;10193967;10194676;10194676;10194676;10197092;10197092;10197092 10193802;10193802;10193802;10194068;10194068;10194848;10194848;10194848;10197283;10197222;10197222 -;-;-;-;-;-;-;-;-;-;- 649 0 0 0 0
+Fabp4 chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 10204088;10204328;10205241;10205950;10208439 10204570;10208558;10205342;10206122;10208576 -;-;-;-;- 4489 118 250 120 91
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+1700029B24Rik chr3 10241812 10242308 + 497 0 0 0 0
+Fabp12 chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 10244209;10245918;10245918;10245951;10247613;10247613;10247613;10247613;10250040;10250040;10250040;10250040;10252237;10252237;10252237;10252237;10253978;10254136;10261410;10301125;10301125 10246052;10246052;10246052;10246052;10247714;10247714;10247714;10247714;10250212;10250212;10250212;10250212;10252357;10252357;10252357;10252357;10254225;10254252;10261622;10301174;10301183 -;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;- 2787 1 1 1 1
+A930014E01Rik chr3 10304791 10305120 + 330 1 0 0 2
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+Impa1 chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 10311956;10313954;10314865;10315118;10316103;10316103;10316103;10321612;10321612;10322904;10322904;10322904;10324052;10324052;10324052;10326107;10326107;10326107;10326182;10328345;10328345;10328345;10328345;10328943;10328943;10328943;10328943;10331080;10331322;10331322;10331322 10315301;10316254;10315301;10315301;10316254;10316652;10316254;10321720;10321720;10323012;10323012;10323012;10324097;10324097;10324097;10326211;10326211;10326211;10326211;10328478;10328478;10328478;10328478;10329008;10329008;10329008;10329008;10331132;10331372;10331439;10331439 -;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;- 5437 1414 1729 1840 1468
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+Zfand1 chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 10339953;10339955;10340619;10340682;10340817;10340994;10340994;10340994;10340994;10340994;10344658;10344801;10344801;10344801;10344801;10345932;10345935;10345935;10345935;10345935;10345935;10346110;10346110;10346110;10346110;10346110;10347165;10347165;10347165;10347165;10347165;10348510;10348510;10348510;10348510;10348510;10350491;10351169;10351169;10351242;10351242;10351242 10340905;10340905;10340905;10340905;10340905;10341149;10341149;10341145;10344727;10341149;10344922;10344922;10344922;10344922;10344922;10346026;10346211;10346026;10346026;10346026;10346026;10346237;10346237;10346237;10346237;10346237;10347411;10347204;10347204;10347204;10347204;10348552;10348552;10348625;10348552;10348552;10351057;10351316;10351317;10351314;10351313;10351317 -;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;- 6267 250 415 434 371
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+Gm37831 chr3 10646316 10648102 + 1787 0 0 0 0
+Gm18692 chr3 10753918 10754428 - 511 0 0 0 0
+Gm37244 chr3 10772919 10774899 - 1981 0 0 0 0
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+Gm37832 chr3 11044170 11044358 - 189 0 0 0 0
+Gm22547 chr3 11154337 11154437 + 101 0 0 0 0
+Gm8919 chr3 11658497 11659510 - 1014 12 14 7 6
+Gm10745 chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 11823229;11825129;11828646;11834391;11844182 11824343;11825205;11828731;11834457;11844359 -;-;-;-;- 1523 0 0 0 0
+Gm37996 chr3 12384243 12384609 - 367 0 0 1 0
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+Gm8935 chr3;chr3 12855836;12856020 12858633;12857978 +;+ 2798 0 0 1 0
+Gm8939 chr3 12892451 12893414 - 964 0 0 0 0
+Gm38317 chr3 12975359 12975701 + 343 2 0 2 4
+Gm37813 chr3 13288197 13291891 + 3695 0 0 0 0
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+Gm2464 chr3;chr3;chr3;chr3 13470439;13471397;13471906;13473196 13470882;13471829;13473055;13474596 -;-;-;- 3428 0 0 0 0
+Gm38112 chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 13471655;13471682;13471728;13471906;13472342;13472700;13473211 13471943;13472793;13471943;13473069;13472580;13472792;13474596 +;+;+;+;+;+;+ 2801 0 0 0 0
+Gm37164 chr3 13669509 13670145 - 637 2 0 0 1
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+Gm38154 chr3 17670688 17671027 + 340 0 0 0 0
+Mir124-2hg chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 17789921;17789957;17793920;17793928;17793945;17794593;17794593;17794593;17794593;17794593;17794896;17795744;17799390;17799390;17799390;17799390;17808916 17790180;17790180;17794474;17794085;17794085;17794761;17795405;17795013;17795013;17794761;17795013;17799587;17799500;17799587;17799531;17800073;17808970 +;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+ 6013 0 2 0 1
+Mir124a-2 chr3 17795662 17795770 + 109 0 0 0 0
+Gm23441 chr3 17803621 17803747 - 127 0 0 0 0
+Gm19175 chr3 17923708 17924623 + 916 0 0 0 0
+Cypt12 chr3 17948410 17948959 + 550 0 0 0 0
+Gm5844 chr3 18008806 18010996 + 2191 6 4 5 5
+Bhlhe22 chr3 18054174 18057517 + 3344 9 13 18 5
+Gm23726 chr3 18069326 18069392 + 67 0 0 0 0
+Cyp7b1 chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 18071950;18079305;18096523;18097204;18103701;18243088 18072753;18079480;18096729;18097794;18103837;18243338 -;-;-;-;-;- 2166 143 207 283 197
+Gm23686 chr3 18177462 18177625 - 164 0 0 0 1
+Gm43834 chr3 18299310 18304139 + 4830 0 0 0 0
+Gm30667 chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 18341667;18371749;18403585;18415383;18454098;18461201 18342121;18371831;18403683;18415462;18454196;18461254 -;-;-;-;-;- 870 0 0 0 0
+4930433B08Rik chr3;chr3;chr3;chr3 18468287;18470829;18472648;18480120 18468352;18470990;18472705;18480477 -;-;-;- 644 0 0 0 0
+Gm6369 chr3 18533875 18534286 + 412 0 0 0 0
+Pgk1-ps3 chr3 18564538 18565738 + 1201 0 1 0 0
+Gm37317 chr3 18609808 18610831 - 1024 11 15 6 9
+Gm42944 chr3 18622162 18626141 + 3980 154 156 194 172
+Gm30341 chr3 18753077 18753365 + 289 0 0 0 0
+Armc1 chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 19131402;19134843;19135007;19144330;19149486;19157472;19162910 19134223;19134917;19135123;19144519;19149577;19157692;19163065 -;-;-;-;-;-;- 3673 1233 1474 1900 1540
+Gm37979 chr3 19143188 19143899 - 712 4 17 13 7
+Mtfr1 chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 19187327;19187329;19187347;19187456;19188110;19188265;19188274;19188314;19200026;19200026;19200026;19200026;19200026;19200026;19200026;19200641;19206452;19206452;19206452;19206452;19206452;19206452;19208491;19211468;19211468;19211468;19211468;19211468;19211468;19211468;19211572;19215471;19215471;19215471;19215471;19215471;19215471;19215471;19217180;19217180;19217180;19217180;19218162;19218162;19218162;19218162;19219038;19219038;19219038;19219038 19187358;19187548;19187386;19187548;19188288;19188288;19188288;19188892;19200167;19200167;19200167;19200167;19200167;19200167;19200167;19200702;19206550;19206550;19206550;19206550;19206550;19206550;19208527;19211551;19211583;19211583;19211583;19211583;19211583;19211583;19211583;19216222;19215703;19215703;19215703;19215703;19215703;19215694;19217423;19217423;19217423;19217423;19218321;19218321;19218321;19218321;19219556;19220817;19219370;19219719 +;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+ 4372 1015 1290 1454 1259
+Pde7a chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 19223108;19224682;19227385;19227722;19229688;19229688;19229688;19229688;19230256;19230256;19230256;19230289;19230361;19230957;19230957;19230957;19230957;19233100;19233100;19233100;19233100;19233100;19233460;19233676;19233676;19233676;19233676;19233805;19235913;19235913;19235913;19235913;19235913;19236444;19236444;19236444;19236444;19236444;19236449;19241146;19241146;19241146;19241342;19243050;19243050;19243050;19256694;19256778;19256778;19256778;19256778;19256778;19256792;19260232;19260232;19260232;19260232;19260232;19260232;19260232;19264820;19264820;19310790;19310864;19310864;19310864 19227841;19227841;19227841;19227841;19229768;19229768;19230028;19229768;19230352;19230352;19230352;19230352;19231101;19231101;19231101;19231101;19231101;19233191;19233191;19233191;19233191;19233191;19233529;19233807;19233807;19233807;19233807;19233807;19236013;19236013;19236013;19236013;19236013;19236539;19236539;19236497;19236539;19236539;19236539;19241209;19241209;19241209;19241518;19243201;19243201;19243201;19256861;19256861;19256861;19256861;19256861;19256861;19256861;19260292;19260292;19260292;19260292;19260241;19260292;19260292;19264965;19265008;19310903;19311304;19311052;19311322 -;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;- 7748 419 561 513 447
+Gm16093 chr3;chr3 19227780;19240644 19227827;19240987 +;+ 392 3 5 3 2
+Gm22282 chr3 19330773 19331084 + 312 0 0 0 0
+Dnajc5b chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 19508595;19508615;19530671;19531133;19531247;19546733;19546733;19546733;19546733;19574663;19574663;19574663;19574663;19578948;19578948;19578948;19578948;19610545;19610545;19610545;19610545 19508699;19508706;19530747;19531371;19531371;19546859;19546859;19546859;19546859;19574876;19574876;19574876;19574876;19579119;19579119;19579119;19579119;19610750;19610861;19610862;19610732 +;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+ 1259 0 0 0 0
+Gm23330 chr3 19560253 19560416 + 164 0 0 0 1
+Gm6141 chr3;chr3 19584791;19584977 19584923;19585538 +;+ 695 0 0 0 0
+1700064H15Rik chr3;chr3 19610368;19628488 19610571;19628677 -;- 394 0 3 5 3
+Trim55 chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 19644474;19644508;19645274;19645274;19649975;19659128;19661785;19670924;19671407;19671530;19672756;19674254;19691477 19644776;19644776;19645446;19645446;19650038;19659293;19661880;19671157;19671429;19671654;19672997;19674541;19692421 +;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+ 2659 0 0 2 1
+BC002189 chr3 19685971 19686568 + 598 0 0 0 0
+Crh chr3;chr3 19693401;19695167 19694490;19695396 -;- 1320 0 0 0 0
+Gm18864 chr3 19708270 19709320 - 1051 0 0 0 0
+Gm7442 chr3 19768873 19769255 + 383 0 0 0 0
+4632415L05Rik chr3;chr3 19894886;19894898 19895962;19898984 +;+ 4099 399 447 637 511
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+Gm5842 chr3 22080494 22081115 - 622 1 0 0 2
+Rprl2 chr3 22251374 22251663 + 290 1 0 0 0
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+Spin3-ps chr3 22525238 22526007 + 770 0 1 1 1
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+Gm37021 chr3;chr3;chr3 23085975;23088263;23088800 23086459;23088290;23088949 +;+;+ 663 0 0 0 0
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+4930412E21Rik chr3;chr3;chr3 23461050;23461508;23521055 23461416;23461574;23521398 +;+;+ 778 0 0 0 0
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+Nlgn1 chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 25426215;25431811;25431811;25433431;25435853;25435853;25435853;25435853;25439865;25439865;25439892;25439892;25912642;25912642;25912642;25912642;25920178;25920178;26131670;26133242;26133242;26133242;26133242;26153265;26184735;26184735;26331004;26331004 25434460;25434460;25434460;25434460;25436642;25436642;25436642;25436642;25440077;25440077;25440077;25440077;25912794;25912794;25912794;25912794;25920237;25920237;26134052;26134052;26133734;26133734;26134052;26153307;26184811;26184811;26331870;26332460 -;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;- 13422 33 42 50 34
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+1700125G22Rik chr3;chr3;chr3 27154026;27154740;27156636 27154310;27154931;27157019 +;+;+ 861 1 1 1 4
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+Tnfsf10 chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 27317028;27317061;27325933;27325933;27329053;27329053;27334064;27334064;27335222;27335222;27342155 27317290;27317290;27326070;27326070;27329095;27329095;27334168;27334168;27339665;27335421;27342427 +;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+ 5266 231 290 223 151
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+Gm44136 chr3 40863948 40865053 - 1106 18 12 30 33
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+Gm22043 chr3 40992693 40992850 + 158 3 0 2 2
+Gm42436 chr3 41002434 41006089 + 3656 10 13 21 22
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+Gm42784 chr3;chr3 41163048;41172467 41164220;41172663 -;- 1370 1 0 0 0
+Gm16508 chr3;chr3 41286061;41290424 41288635;41290590 -;- 2742 1 6 0 0
+Gm30852 chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 41354147;41367617;41367626;41368908;41387996;41392317;41393449 41354221;41367746;41367746;41369131;41388346;41392420;41393589 +;+;+;+;+;+;+ 1025 0 0 0 0
+Gm25487 chr3 41441343 41441467 - 125 0 0 0 0
+Gm42434 chr3;chr3;chr3;chr3 41477577;41481761;41481797;41482072 41477792;41481944;41481885;41482391 -;-;-;- 720 4 3 1 1
+Platr4 chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 41484024;41487679;41488370;41488804;41493088;41493140 41484413;41489736;41488476;41489736;41493190;41493192 -;-;-;-;-;- 2553 4 5 3 3
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+Pabpc4l chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 46442197;46442197;46446692;46447056;46447505;46447817;46447817;46447817;46448061 46447289;46447289;46447289;46447289;46447633;46447920;46447941;46447941;46448219 -;-;-;-;-;-;-;-;- 5506 1 4 19 7
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+Naa15 chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 51415148;51416016;51416296;51416614;51436215;51436215;51436215;51436215;51438339;51438339;51438339;51438339;51440917;51441906;51441906;51441906;51441906;51442736;51442736;51442736;51442736;51443798;51443798;51443798;51446647;51446647;51446647;51448299;51448341;51448341;51448553;51448553;51448553;51451310;51451310;51455834;51455834;51457298;51457298;51458622;51458622;51459747;51459947;51459947;51460740;51461084;51461084;51461084;51463264;51463264;51463264;51463264;51465594;51465594;51465594;51469146;51470086;51470086;51470086;51471485;51471485;51471485;51472600;51472600 51416376;51416376;51416376;51416774;51436299;51436299;51436299;51436299;51438363;51438443;51438443;51438443;51443891;51442063;51442063;51442063;51442063;51442863;51442870;51442870;51442870;51443951;51443951;51443951;51446766;51446766;51446766;51448436;51448436;51448436;51448559;51448659;51448659;51451382;51451382;51456003;51456003;51457450;51457450;51458750;51458750;51460160;51460160;51460160;51463058;51461277;51461277;51461277;51463322;51463372;51463372;51463372;51465692;51465692;51465692;51472218;51470229;51470229;51470229;51471570;51471582;51471582;51475985;51476507 +;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+ 15427 2255 2794 3034 2467
+Gm37646 chr3 51423613 51423723 + 111 0 0 2 0
+Gm38160 chr3 51482331 51484829 - 2499 7 5 4 7
+Rab33b chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 51483920;51483930;51483966;51484313;51493356;51493356 51484112;51484112;51484580;51484526;51496232;51494095 +;+;+;+;+;+ 3538 1158 1293 1351 1132
+Gm37968 chr3 51489620 51492820 + 3201 20 37 15 13
+Setd7 chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 51515319;51526845;51530030;51530071;51532975;51532975;51535501;51536466;51536466;51536466;51542632;51548683;51550235;51560518 51521487;51527002;51530188;51530188;51533056;51533056;51535880;51537128;51536647;51536655;51542833;51551320;51550364;51560879 -;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;- 10813 3209 4354 5213 4252
+Gm38200 chr3 51557542 51559652 - 2111 6 1 1 1
+5031434O11Rik chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 51560035;51560749;51562471;51563641;51563731;51564576;51564576;51564576;51566838;51566838;51566838 51560208;51563889;51563601;51563889;51563889;51564711;51564711;51564711;51567111;51567105;51567117 +;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+ 3731 154 220 208 194
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+Gm37261 chr3 51672801 51673901 + 1101 1 1 0 0
+Maml3 chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 51685907;51685907;51692196;51692196;51697565;51697565;51794377;51796399;51855499;52103679 51690854;51690854;51692280;51692280;51697843;51697843;51796574;51796536;51857076;52105076 -;-;-;-;-;-;-;-;-;- 10486 1218 1436 1474 1199
+Gm10729 chr3;chr3 51693716;51693771 51695090;51695090 +;+ 1375 10 19 11 15
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+3110080O07Rik chr3 51829385 51830405 - 1021 4 4 0 3
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+Gm30074 chr3;chr3 52172162;52179730 52174459;52179972 -;- 2541 21 39 19 20
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+Mab21l1 chr3 55782510 55785001 + 2492 1 4 2 5
+4933417G07Rik chr3;chr3 55847105;55847264 55848068;55848400 +;+ 1296 1 2 0 1
+Gm43376 chr3;chr3;chr3 55890306;55890377;55935238 55890586;55892263;55936699 +;+;+ 3420 4 4 1 3
+Gm22784 chr3 55956782 55956913 - 132 0 0 0 0
+Gm42840 chr3 56014918 56017168 - 2251 4 2 2 5
+Gm42842 chr3 56123156 56126159 - 3004 2 2 6 4
+Gm42841 chr3 56128596 56130527 - 1932 3 5 1 1
+Gm42843 chr3 56163954 56167569 - 3616 4 10 7 11
+Gm25727 chr3 56445282 56445412 - 131 0 0 0 0
+Gm2622 chr3 56828317 56828787 - 471 1 1 1 1
+Gm22269 chr3 57054150 57054279 + 130 0 0 0 0
+Gm8177 chr3 57135496 57136831 - 1336 13 6 12 21
+Gm43424 chr3 57249252 57249504 + 253 0 0 0 0
+Gm18660 chr3 57271741 57272369 - 629 0 0 0 0
+Tm4sf1 chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 57285611;57285611;57287484;57287516;57289689;57289689;57289689;57289689;57292780;57292780;57292780;57292780;57292783;57292819;57293013;57293013;57293013;57293013;57293013;57293013;57294458;57294612;57294612;57294612;57294612;57301522;57301728;57301728 57287770;57287770;57287770;57287770;57289869;57289869;57289869;57289869;57292925;57292925;57292925;57292925;57292925;57292925;57293703;57293102;57293102;57293102;57293102;57293102;57294552;57295125;57295082;57295082;57294889;57301636;57301988;57301936 -;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;- 4163 200 377 292 137
+Gm5276 chr3 57362388 57363434 + 1047 15 12 7 18
+Tm4sf4 chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 57425314;57426468;57433713;57437576;57441074 57425788;57426557;57433849;57437765;57441677 +;+;+;+;+ 1496 7985 9451 6719 4935
+Wwtr1 chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 57455649;57455782;57462519;57462519;57463443;57463443;57477357;57477357;57501732;57501732;57574823;57574823;57575601;57575714 57459110;57459110;57462631;57462631;57463564;57463564;57477556;57477556;57501868;57501868;57575257;57575257;57575828;57575910 -;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;- 4779 292 454 379 239
+Gm16016 chr3 57528232 57528781 + 550 0 0 0 0
+Gm26671 chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 57612697;57620905;57621259;57621521;57621905;57621905;57622656;57622656;57622824;57625704;57625704;57625704;57625704 57613106;57621712;57621712;57621712;57621949;57621949;57622760;57622844;57622880;57625824;57625788;57625818;57625757 -;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;- 1609 0 2 2 1
+Mir6377 chr3 57616609 57616722 + 114 0 0 0 0
+Gm43437 chr3 57636883 57640837 - 3955 9 18 15 16
+Commd2 chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 57644349;57646359;57650042;57650042;57650691;57651102;57651422;57651422;57651587;57651587;57651587 57646876;57646876;57650215;57650215;57650773;57651499;57651499;57651499;57651715;57651708;57651715 -;-;-;-;-;-;-;-;-;-;- 3312 324 488 427 369
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+Ankub1 chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 57657393;57664635;57664801;57666485;57668424;57668424;57672784;57672784;57672866;57690314;57690314;57690314;57692257;57692257;57692257 57657566;57665733;57665733;57668538;57668538;57668538;57673000;57673000;57673000;57690457;57690457;57690429;57692537;57692535;57692799 -;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;- 4231 0 0 0 0
+Gm43098 chr3 57696180 57697476 - 1297 0 0 0 0
+Gm6394 chr3 57717813 57718289 - 477 7 5 1 5
+Rnf13 chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 57736062;57736063;57736075;57736082;57736082;57736085;57736113;57736120;57736120;57736120;57763878;57764257;57764257;57764257;57764257;57764257;57764257;57764257;57764257;57764257;57769040;57769040;57769040;57769040;57769040;57769040;57769040;57769040;57779383;57779383;57779383;57779383;57779383;57779383;57779383;57779383;57796198;57796198;57796198;57796198;57796198;57796198;57796198;57800805;57801718;57802447;57802447;57802447;57802447;57802447;57802447;57807022;57807022;57807022;57807022;57807022;57807022;57809936;57820507;57820507;57820507;57820507;57820507;57825102;57832964;57832964;57832964;57832964;57833486;57833486;57833573;57833573 57736200;57736109;57736200;57736200;57736200;57736200;57736200;57736200;57736200;57736200;57763943;57764382;57764382;57764382;57764382;57764382;57764382;57764382;57764382;57764382;57769120;57769118;57769120;57769120;57769120;57769120;57769120;57769120;57779508;57779508;57779508;57779508;57779508;57779475;57779508;57779508;57796285;57796285;57796285;57796285;57796285;57796295;57796285;57804677;57802537;57802511;57802537;57802537;57802537;57802537;57802537;57807127;57807127;57807127;57807127;57807127;57807127;57812029;57820600;57820600;57820600;57820600;57820600;57826300;57833232;57833044;57833044;57833044;57835119;57835231;57835233;57833888 +;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+ 10019 1595 1960 2560 2042
+Gm9645 chr3 57765864 57766655 - 792 4 4 0 0
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+Pfn2 chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 57841895;57841905;57843108;57844661;57845174;57845174;57845174;57845469;57846870;57847351;57847351 57843314;57843314;57843314;57845366;57845366;57845366;57845366;57845878;57847145;57847549;57848079 -;-;-;-;-;-;-;-;-;-;- 3541 826 1110 1254 961
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+4921539H07Rik chr3;chr3;chr3;chr3 58117053;58162239;58163932;58166277 58117202;58165073;58164256;58167616 +;+;+;+ 4325 0 0 0 0
+1700007F19Rik chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 58141707;58146773;58148315;58162346;58163507;58163762 58142886;58146824;58148510;58162466;58163553;58163807 -;-;-;-;-;- 1642 0 0 0 0
+Gm26166 chr3 58290251 58290357 - 107 0 0 0 0
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+Sis chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 72888557;72888560;72891326;72891326;72891698;72891698;72900418;72900418;72903606;72903606;72904261;72904261;72904400;72904400;72907082;72907082;72908967;72908967;72909168;72909168;72910366;72910366;72911843;72911843;72913190;72913190;72914575;72914575;72917164;72917164;72918528;72918528;72919484;72919484;72920922;72920922;72921135;72921135;72921352;72921352;72922821;72922821;72924948;72924948;72925391;72925391;72928163;72928163;72928549;72928549;72929383;72929383;72932047;72932047;72934085;72934085;72935859;72935859;72937186;72937186;72938599;72938599;72940966;72940966;72943507;72943507;72945113;72945113;72946576;72946576;72947421;72947421;72949502;72949502;72949709;72949709;72950560;72951581;72951581;72952431;72952431;72953116;72953116;72956127;72956127;72958113;72958113;72960258;72960258;72961013;72961013;72965092;72965579;72965579;72966749;72966749;72966749;72967801;72967801 72889058;72889058;72891493;72891493;72891747;72891747;72900506;72900506;72903730;72903730;72904317;72904317;72904484;72904484;72907230;72907230;72909083;72909083;72909202;72909202;72910499;72910499;72911981;72911981;72913277;72913277;72914691;72914691;72917226;72917226;72918638;72918638;72919612;72919612;72921047;72921047;72921247;72921247;72921448;72921448;72922989;72922989;72925102;72925102;72925597;72925597;72928321;72928321;72928719;72928719;72929432;72929432;72932135;72932135;72934209;72934209;72935915;72935915;72937270;72937270;72938753;72938753;72941082;72941082;72943678;72943678;72945230;72945230;72946660;72946660;72947534;72947534;72949621;72949621;72949840;72949840;72951709;72951706;72951706;72952543;72952543;72953215;72953215;72956298;72956298;72958264;72958264;72960367;72960367;72961130;72961130;72965685;72965685;72965685;72966866;72966866;72966866;72967860;72967863 -;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;- 7464 0 0 1 0
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+Pdcd10 chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 75516490;75517276;75517461;75517528;75520702;75520702;75520702;75520702;75521031;75521031;75521031;75527588;75527588;75528810;75528810;75528879;75533385;75533541;75533541;75533541;75541160;75541160;75541160;75541160;75551690;75556722;75556722;75556722;75556722 75517601;75517601;75517601;75517601;75520784;75520784;75521030;75520784;75521570;75521109;75521109;75527714;75527714;75528927;75528927;75528927;75533594;75533594;75533590;75533594;75541378;75541378;75541378;75541378;75551838;75556837;75556759;75556811;75556856 -;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;- 2939 375 491 583 494
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+Gm25846 chr3 75714790 75714924 + 135 0 0 0 0
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+Gm37685 chr3 75952124 75954300 + 2177 8 11 10 15
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+Fstl5 chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 76074270;76074559;76075583;76144949;76144949;76144949;76223841;76223841;76223841;76322054;76322054;76322054;76410438;76410438;76410438;76429742;76429742;76429742;76482225;76482225;76482225;76536244;76536244;76536244;76545482;76586880;76588947;76588947;76593443;76593443;76593550;76620480;76620480;76628913;76628913;76628913;76648276;76648276;76648276;76659659;76659659;76659659;76661758;76661758;76661758;76707475;76707475;76707475 76074974;76074974;76075736;76145090;76145090;76145090;76223874;76223874;76223874;76322302;76322302;76322302;76410634;76410634;76410634;76429862;76429862;76429862;76482391;76482391;76482391;76536364;76536364;76536364;76546338;76590187;76589108;76589108;76593577;76593577;76593577;76620506;76620506;76629031;76629031;76629031;76648425;76648425;76648425;76659766;76659766;76659766;76661882;76661882;76661882;76707549;76708636;76710019 +;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+ 9264 73 87 105 59
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+Gm25188 chr3 86100534 86100655 + 122 0 0 0 0
+Rps3a1 chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 86137940;86138483;86139040;86141239;86141698;86142508 86138110;86138592;86139248;86141426;86141801;86142702 -;-;-;-;-;- 977 1384 1761 2255 1687
+Snord73a chr3 86138791 86138858 - 68 5 2 2 3
+Rnu73b chr3 86140618 86140688 - 71 5 7 9 5
+Gm37933 chr3;chr3 86142757;86145014 86143205;86145545 +;+ 981 3 2 2 2
+Gm37493 chr3 86144937 86145369 - 433 0 0 0 0
+Gm23025 chr3 86191416 86191526 + 111 0 0 0 0
+Lrba chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 86224680;86224680;86224680;86225069;86225069;86225069;86284997;86284997;86284997;86285634;86285634;86285634;86291427;86291427;86291427;86295089;86295089;86295089;86295302;86295302;86295302;86296246;86296246;86296246;86297865;86297865;86297865;86304236;86304236;86304236;86304600;86304600;86304600;86309961;86309961;86309961;86310387;86310387;86310387;86315336;86315336;86315336;86318095;86318095;86318095;86319561;86319561;86319561;86320505;86320505;86320505;86323729;86323729;86323729;86325006;86325006;86325006;86325701;86325701;86325701;86327599;86327599;86327599;86328164;86328164;86328164;86348119;86348119;86348119;86350247;86350247;86350247;86350657;86351203;86351203;86351203;86351829;86351829;86351829;86353669;86353669;86353669;86354199;86354199;86354199;86356587;86356587;86356587;86359731;86359731;86359731;86368504;86368504;86368504;86372078;86372078;86372078;86373436;86373436;86373436;86375905;86375905;86375905;86395221;86395221;86395221;86417888;86417888;86417888;86445307;86445307;86445307;86532085;86532085;86532085;86539903;86539903;86539903;86542033;86542575;86542575;86542575;86542575;86546755;86548216;86605870;86605870;86605870;86605870;86605870;86605870;86608348;86608348;86608348;86608348;86608348;86614972;86614972;86614972;86614972;86614972;86619510;86619510;86619510;86619510;86619510;86641491;86641491;86641491;86641491;86642653;86642653;86642653;86642653;86664438;86664438;86664438;86664438;86715513;86715513;86715513;86715513;86737082;86737082;86737082;86737082;86741405;86741405;86741405;86741405;86745801;86745801;86745801;86745801;86751527;86751527;86751527;86757382;86757382;86757382;86773100;86773100;86773100;86775998;86775998;86775998;86780112;86780112;86781571;86781571 86224754;86224754;86224754;86225504;86225504;86225504;86285228;86285228;86285228;86285734;86285734;86285734;86291522;86291522;86291522;86295210;86295210;86295210;86295428;86295428;86295428;86296365;86296365;86296365;86298011;86298011;86298011;86304433;86304433;86304433;86304733;86304733;86304733;86310069;86310069;86310069;86310539;86310539;86310539;86315504;86315504;86315504;86318174;86318174;86318174;86319623;86319623;86319623;86320602;86320602;86320602;86323821;86323821;86323821;86325114;86325114;86325114;86325782;86325782;86325782;86327722;86327722;86327722;86328356;86328356;86328356;86349168;86349168;86349168;86350425;86350425;86350425;86351994;86351356;86351356;86351356;86352009;86352009;86352009;86353796;86353796;86353796;86354306;86354306;86354306;86356746;86356746;86356746;86360181;86360181;86360181;86368637;86368637;86368637;86372156;86372156;86372156;86373569;86373569;86373569;86375966;86375966;86375966;86395285;86395285;86395285;86417996;86417996;86417996;86445473;86445473;86445473;86532209;86532209;86532209;86540049;86540049;86540049;86542334;86542711;86542711;86542711;86542711;86547789;86548277;86605987;86605987;86608661;86605987;86605987;86605987;86608450;86608450;86608450;86608450;86608450;86615087;86615087;86615087;86615087;86615087;86622420;86619622;86619622;86619622;86619622;86641631;86641631;86641631;86641631;86642772;86642772;86642772;86642772;86664590;86664590;86664590;86664590;86715680;86715680;86715680;86715680;86737171;86737171;86737171;86737171;86741582;86741582;86741582;86741582;86745863;86745863;86745863;86746712;86751682;86751682;86751682;86757549;86757549;86757549;86773201;86773201;86773201;86776194;86776194;86776956;86780263;86780263;86782692;86782689 +;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+ 19288 4172 4776 4872 4096
+Gm37288 chr3 86263242 86263575 - 334 0 1 0 1
+Gm26343 chr3 86275232 86275362 - 131 0 0 0 0
+Gm23850 chr3 86364457 86364625 + 169 0 0 0 0
+Gm25039 chr3 86384247 86384353 + 107 0 0 0 0
+Mab21l2 chr3;chr3 86545581;86546050 86548283;86548629 -;- 3049 2 2 2 2
+Gm3788 chr3 86672033 86672168 - 136 2 0 1 0
+Gm37876 chr3;chr3 86768071;86778515 86769522;86778653 -;- 1591 7 7 10 4
+Dclk2 chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 86786151;86786153;86786153;86786159;86787212;86787241;86787349;86788622;86788622;86789312;86789346;86789409;86789588;86791991;86791995;86791995;86791995;86791995;86791995;86792069;86793219;86793219;86793219;86793817;86793817;86793817;86793817;86797890;86798921;86799011;86799011;86799011;86799011;86799011;86799011;86799461;86799461;86799461;86799461;86799461;86799461;86805584;86805584;86805584;86805584;86805584;86805584;86806122;86806122;86806122;86806122;86806122;86806122;86813677;86813677;86813677;86813677;86813677;86813677;86815090;86815090;86815090;86815090;86815090;86815090;86816358;86816358;86816358;86816358;86816358;86816358;86824636;86824636;86824636;86824636;86824636;86824636;86830824;86831733;86831733;86831733;86831733;86831733;86831733;86836305;86836305;86836305;86836305;86836305;86836305;86905885;86905885;86905885;86905885;86905885;86905885;86919750;86919750;86919750;86919750;86919750;86919750 86792111;86787412;86787412;86787412;86787412;86787412;86787412;86788634;86788634;86789490;86789490;86789490;86789630;86792111;86792111;86792111;86792315;86792111;86792111;86793913;86793299;86793299;86793299;86793913;86793913;86793913;86793913;86798012;86799088;86799160;86799088;86799088;86799088;86799088;86799088;86799594;86799594;86799594;86799594;86799594;86799594;86805730;86805730;86805730;86805730;86805730;86805730;86806241;86806241;86806241;86806241;86806241;86806241;86813734;86813734;86813734;86813734;86813734;86813734;86815198;86815198;86815198;86815198;86815198;86815198;86816430;86816433;86816430;86816433;86816430;86816433;86824730;86824730;86824730;86824730;86824730;86824730;86830871;86831834;86831834;86831834;86831834;86831834;86831834;86836407;86836407;86836407;86836407;86836407;86836407;86906216;86906216;86906216;86906216;86906216;86906216;86920374;86920170;86920335;86920852;86920188;86920379 -;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;- 10553 845 1305 1590 1303
+Gm37025 chr3 86864492 86865320 + 829 1 2 1 1
+Gm23376 chr3 86930743 86930902 + 160 0 0 0 0
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+Glmp chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 88325023;88325055;88325058;88325060;88325072;88325082;88325082;88325082;88325677;88325677;88325677;88325677;88325931;88326044;88326115;88326115;88326115;88326411;88326411;88326411;88326411;88326411;88326411;88326411;88327857;88327857;88327857;88327857;88328073;88328176;88328203;88328203;88328203;88328203;88328292 88325201;88329511;88325201;88326312;88325201;88325201;88325201;88325201;88325931;88325931;88326312;88325931;88326015;88326312;88326312;88326312;88326312;88326629;88326629;88326467;88326629;88327587;88326578;88326629;88328113;88328113;88328113;88328113;88328113;88328581;88328368;88328318;88328368;88331313;88328363 +;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+ 6291 2563 3234 3260 2593
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+Bglap chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 88383501;88383827;88383974;88384175;88384175;88384352;88384352 88383767;88384031;88384031;88384207;88384207;88384433;88384464 -;-;-;-;-;-;- 618 1 0 0 0
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+Arhgef2 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+Gm43401 chr3;chr3 94392971;94402770 94393285;94402848 -;- 394 4 4 3 7
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+Mtmr11 chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 96162004;96162004;96162085;96162166;96162589;96162629;96162629;96162629;96162629;96163092;96163092;96163092;96163092;96163177;96163468;96163468;96163468;96163468;96163668;96163668;96163668;96163668;96164248;96164248;96164248;96164248;96164433;96164433;96164433;96164433;96164786;96164786;96164786;96164786;96164997;96164997;96165171;96165171;96165171;96165171;96167812;96167812;96167812;96167812;96168073;96168073;96168073;96168073;96168599;96168599;96168599;96168876;96169036;96169036;96169036;96169036;96169779;96169807;96169807;96169807;96169807;96170353;96170353;96170353;96170353;96170586;96171037;96171086;96171086;96171086;96171143 96162258;96162258;96162258;96162258;96162719;96162719;96162719;96162719;96162719;96163396;96163213;96163213;96163213;96163213;96163528;96163528;96163528;96163528;96163810;96163810;96163810;96163810;96164326;96164326;96164326;96164326;96164568;96164568;96164568;96164568;96164873;96164873;96164873;96165085;96165085;96165085;96165295;96165295;96165295;96165295;96167878;96167878;96167878;96167878;96168143;96168143;96168143;96168143;96168765;96168765;96168765;96169209;96169209;96169209;96169209;96169416;96169989;96169989;96169994;96169989;96169989;96170646;96170646;96170646;96170853;96170646;96171717;96171718;96171718;96171718;96171470 +;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+ 3780 737 1068 884 762
+Gm17690 chr3;chr3;chr3;chr3 96167464;96171137;96171375;96172128 96169652;96172414;96171842;96172416 -;-;-;- 3469 149 226 196 155
+Sf3b4 chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 96172332;96172547;96172971;96172971;96173541;96174323;96176635;96176979 96172607;96172607;96173346;96173099;96174083;96174529;96176808;96177564 +;+;+;+;+;+;+;+ 2162 238 372 345 243
+Gm22027 chr3 96176361 96176487 + 127 2 2 5 5
+Sv2a chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 96181151;96184639;96186671;96186973;96188096;96188096;96188325;96188325;96189062;96189367;96189651;96190283;96190627;96192414;96192546;96193189;96193189;96193733;96195322 96181303;96185607;96187153;96187153;96188247;96188247;96188429;96188458;96189151;96189477;96189739;96190447;96190760;96192620;96192620;96193348;96193348;96195521;96195518 +;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+ 4636 3699 4034 4598 3838
+Bola1 chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 96196588;96196588;96196863;96197550;96197550;96197550;96198165;96198437;96219623 96197279;96197279;96197279;96197737;96197737;96197586;96198226;96198489;96219709 -;-;-;-;-;-;-;-;- 1082 427 609 846 628
+Gm15444 chr3;chr3 96209627;96219866 96209711;96220168 -;- 388 0 1 1 1
+Hist2h2ab chr3 96219865 96220308 + 444 1 4 4 1
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+Hist2h2be chr3 96221119 96223738 + 2620 390 498 474 366
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+Hist2h2aa2 chr3 96239749 96240276 - 528 0 0 0 0
+AC125099.2 chr3 96239868 96240005 + 138 0 0 0 0
+Gm20633 chr3 96243550 96246380 - 2831 61 96 156 111
+Hist2h2aa1 chr3 96245497 96246082 + 586 0 0 0 0
+Gm20634 chr3;chr3 96245554;96246685 96248509;96248509 +;+ 2956 0 0 0 0
+AC125099.1 chr3 96245826 96245963 - 138 0 0 0 0
+Hist2h3c1 chr3 96246685 96248504 + 1820 0 0 0 0
+Gm20627 chr3;chr3;chr3;chr3 96254619;96254621;96255219;96256224 96254950;96255469;96255396;96256277 -;-;-;- 905 18 28 17 11
+Hist2h4 chr3 96261682 96263311 - 1630 58 106 52 57
+Gm38227 chr3 96263785 96265386 + 1602 10 11 16 11
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+Hist2h3b chr3 96268654 96269141 + 488 0 0 0 0
+Gm42743 chr3;chr3 96269721;96277748 96269977;96279001 +;+ 1511 11 17 16 13
+Hist2h2bb chr3 96269752 96270132 + 381 0 0 0 0
+Fcgr1 chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 96282909;96285809;96285834;96286984;96286984;96292253;96292470;96293519;96293519;96293905;96293905 96284619;96286093;96286093;96287232;96287232;96292510;96292510;96293539;96293539;96293933;96293969 -;-;-;-;-;-;-;-;-;-;- 2589 32 72 54 25
+Gm24830 chr3 96328425 96328590 + 166 0 0 0 0
+Platr30 chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 96345287;96346124;96349526;96349927;96355407;96355407;96356272;96356272;96357278;96357278 96345522;96346377;96349641;96349978;96355472;96355472;96356386;96356386;96358480;96358424 +;+;+;+;+;+;+;+;+;+ 2042 0 0 0 0
+Gm26553 chr3;chr3;chr3;chr3 96348627;96350274;96351406;96356980 96349972;96350532;96351503;96357094 -;-;-;- 1818 0 0 0 0
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+Gm26689 chr3;chr3;chr3;chr3 96377033;96382645;96383618;96384178 96377147;96382742;96383876;96385523 +;+;+;+ 1818 0 0 0 0
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+Gm15441 chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 96555765;96555788;96557286;96557286;96557756;96559678;96566699 96556060;96556060;96558397;96557588;96557815;96559842;96566801 -;-;-;-;-;-;- 1676 19 25 16 10
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+A530041M06Rik chr3 104499320 104501607 - 2288 7 28 26 17
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+Slc16a1 chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 104638668;104649258;104650886;104652742;104655448 104638828;104649517;104651029;104653587;104658462 +;+;+;+;+ 4426 117 120 124 105
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+Capza1 chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 104822779;104825407;104828527;104834098;104834138;104834725;104834725;104839782;104839888;104840828;104840828;104840828;104842322;104842661;104842661;104842661;104844918;104844918;104844918;104864340;104864340;104864340 104825124;104825469;104828598;104834176;104834176;104834804;104834804;104839988;104839988;104840891;104840891;104840891;104842712;104842961;104842712;104842712;104844981;104844981;104844981;104864373;104864400;104864505 -;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;- 3781 177 229 224 165
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+Dennd2d chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 106482405;106482431;106482450;106483065;106486050;106486873;106486873;106486873;106486873;106487418;106487851;106487851;106487851;106487851;106488529;106488572;106488572;106488572;106488572;106490335;106490335;106491226;106491226;106492429;106492429;106493175;106494831;106494831;106498818;106498818;106499221;106499221;106499755;106499755;106500536;106500536 106482521;106482713;106482713;106483162;106486320;106487048;106487048;106487048;106487048;106487963;106487963;106487963;106487963;106487963;106488641;106488641;106488605;106488641;106488587;106490412;106490412;106491366;106491366;106492577;106492577;106495299;106495008;106495008;106498859;106498859;106499305;106499305;106499994;106499994;106501042;106503030 +;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+ 6868 925 1176 1508 1386
+Cept1 chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 106502260;106502983;106502983;106504526;106504526;106504526;106505150;106505150;106505150;106505254;106505721;106505721;106505721;106505721;106512803;106512803;106512803;106520009;106520033;106531137;106531137;106531137;106531270;106533355;106533355;106533355;106533355;106533355;106533355;106539190;106539190;106539190;106539190;106539190;106539348;106539443;106547376;106547423;106547680;106547680;106547680;106547680;106547680 106503744;106503744;106503744;106504651;106504651;106504651;106505308;106505308;106505308;106505308;106505852;106505852;106505852;106505852;106512870;106512887;106512887;106520093;106520079;106531278;106531278;106531278;106531278;106533502;106533502;106533502;106533502;106533502;106533502;106539603;106539603;106539603;106539596;106539603;106539603;106539603;106547592;106547582;106547718;106547743;106547699;106547731;106547802 -;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;- 3116 710 884 955 848
+Dram2 chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 106547798;106547827;106547831;106547864;106547870;106547872;106547877;106547877;106547881;106548906;106550499;106550499;106550499;106552156;106552156;106552156;106552156;106552156;106552156;106552156;106555164;106555164;106555164;106555164;106555164;106555164;106555167;106555167;106555167;106561749;106561749;106561749;106561749;106561749;106561749;106561749;106566045;106566045;106566045;106566045;106566045;106566045;106566045;106570693;106570693;106570693;106570693;106571611;106571611;106572973;106572973;106572973;106573575;106573575;106573575 106547920;106547920;106547920;106547920;106547920;106547920;106547920;106547920;106547920;106548985;106550675;106550675;106550675;106552280;106552280;106552280;106552280;106552280;106552280;106552280;106555308;106555308;106555308;106555308;106555308;106555308;106555260;106555292;106555308;106561816;106561816;106561816;106561816;106561816;106561816;106561816;106566184;106566184;106566184;106566255;106566184;106566414;106566184;106570785;106570848;106570870;106570870;106571693;106571693;106573065;106573065;106573065;106574845;106574845;106575890 +;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+ 3758 1144 1327 1499 1165
+Gm43070 chr3 106553478 106553892 - 415 0 0 0 2
+Gm43071 chr3 106567605 106569636 + 2032 68 86 63 45
+Gm38271 chr3 106589260 106590862 + 1603 0 1 1 1
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+Gm38253 chr3 106725599 106730276 + 4678 112 185 174 172
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+Gm27008 chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 106934382;106938962;106940737;106949465;106949469;107043071;107055482;107055482;107091610;107091739;107093747 106935110;106939008;106941097;106949522;106949522;107043153;107055586;107055586;107091819;107091802;107093894 -;-;-;-;-;-;-;-;-;-;- 1741 0 0 2 2
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+Gm12500 chr3;chr3 108085584;108085976 108088011;108088009 +;+ 2428 101 137 90 58
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+Gnai3 chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 108107280;108109403;108111935;108112473;108115763;108118301;108123542;108123795;108145888 108109316;108109612;108112088;108112602;108115891;108118458;108123683;108123837;108146146 -;-;-;-;-;-;-;-;- 3262 6399 8603 6610 5436
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+Sypl2 chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 108211472;108216577;108217301;108217588;108219041;108219041;108226123;108226123;108226364;108226364 108214682;108216768;108217789;108217789;108219165;108219165;108226197;108226197;108226643;108226648 -;-;-;-;-;-;-;-;-;- 4377 5 3 4 3
+Gm42754 chr3;chr3;chr3 108226787;108238670;108239384 108226857;108238761;108240247 +;+;+ 1027 0 1 0 1
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+1700010K24Rik chr3;chr3 108248909;108256878 108249026;108256985 -;- 226 2 0 2 2
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+Gm43010 chr3 126625880 126628757 + 2878 6 0 3 5
+Gm43009 chr3 126644461 126648026 + 3566 2 2 2 2
+Gm43006 chr3 126657722 126659323 + 1602 0 0 0 0
+Gm43005 chr3 126662379 126663026 + 648 1 0 0 0
+Gm15551 chr3;chr3 126667329;126668845 126667663;126669044 -;- 535 0 1 0 0
+Gm42515 chr3 126737497 126741079 + 3583 1 0 1 2
+Gm42514 chr3 126746133 126747964 + 1832 0 1 1 1
+Ank2 chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 126921612;126921614;126921614;126923912;126923913;126925587;126926803;126926803;126928665;126928665;126928665;126929722;126929722;126929722;126929722;126929998;126929998;126932938;126932938;126933196;126934526;126934526;126934526;126936620;126936620;126937738;126937738;126937767;126940072;126940072;126940072;126940112;126940468;126941610;126947112;126950171;126950735;126950735;126950735;126950735;126952489;126952489;126952489;126952489;126952489;126953177;126953177;126953177;126953177;126953177;126954984;126954984;126954984;126954984;126955870;126955870;126955870;126955870;126955870;126957256;126957256;126957256;126958883;126958883;126958883;126959007;126959653;126959653;126959653;126959653;126959839;126962251;126962251;126962251;126962251;126962251;126963383;126963383;126964938;126964938;126964938;126964938;126964938;126976051;126976051;126976051;126976051;126976051;126976845;126976845;126976845;126976845;126976845;126979256;126981800;126981800;126981800;126981800;126981800;126988144;126988144;126988144;126988144;126988144;126997853;126997853;126997853;126997853;126997853;126998324;126998324;126998877;126998877;126998877;127002678;127002678;127002678;127003945;127003945;127003945;127010854;127010854;127010854;127012673;127012673;127013239;127013239;127013239;127015303;127016816;127016816;127016816;127023292;127023292;127023292;127023292;127024774;127024844;127029219;127029219;127029219;127029219;127029219;127029475;127029475;127029475;127029475;127029475;127031173;127031173;127032116;127032116;127032116;127032116;127032116;127038747;127038747;127038747;127038747;127038747;127038747;127038747;127046725;127046725;127046725;127046725;127046725;127046725;127046725;127048182;127048182;127048182;127048182;127048182;127048182;127048182;127052226;127052226;127052226;127052226;127052226;127052226;127052688;127052688;127052688;127052688;127052688;127052688;127052688;127056993;127056993;127056993;127056993;127056993;127056993;127056993;127077502;127077502;127077502;127077502;127077502;127077502;127077502;127077514;127078119;127079898;127079898;127079898;127079898;127079898;127079898;127079898;127079898;127079945;127096802;127104761;127104761;127104761;127104761;127104761;127104761;127104761;127104761;127104761;127104761;127159714;127161679;127161679;127225764;127248134;127248134;127334794;127336394;127339132;127339132;127339132;127339132;127339132;127339132;127408841;127408841;127408845;127408845;127408845;127408845;127408845;127496107;127498663;127498668;127498668 126923971;126923971;126923972;126923971;126923971;126928367;126926894;126926894;126928847;126928847;126928847;126929812;126929812;126929886;126929886;126930081;126930081;126933226;126933226;126933226;126935117;126934778;126934778;126936763;126936763;126937869;126937869;126937869;126940146;126940146;126940146;126940146;126940572;126943386;126947807;126950756;126950756;126950756;126950756;126950756;126952521;126952521;126952521;126952521;126952521;126953299;126953299;126953299;126953299;126953299;126955109;126955109;126955109;126955109;126956098;126956098;126955873;126956074;126956098;126957352;126957352;126957352;126959087;126959087;126959087;126959087;126959864;126959864;126959864;126959864;126959864;126962405;126962405;126962405;126962405;126962405;126963481;126963481;126965162;126965162;126965162;126965162;126965162;126976154;126976154;126976154;126976154;126976154;126976947;126976932;126976947;126976947;126976947;126979267;126981944;126981944;126981944;126981944;126981944;126988216;126988216;126988216;126988216;126988216;126997951;126997951;126997951;126997951;126997951;126998438;126998462;126998975;126998975;126998975;127002776;127002776;127002776;127004043;127004043;127004043;127011051;127011051;127011051;127012771;127012771;127013337;127013337;127013337;127017013;127017013;127017013;127017013;127024248;127023390;127023390;127023390;127025622;127025622;127029317;127029317;127029317;127029317;127029317;127029573;127029573;127029573;127029573;127029573;127032313;127032313;127032313;127032313;127032313;127032313;127032313;127038845;127038845;127038845;127038845;127038845;127038845;127038845;127046823;127046823;127046823;127046823;127046823;127046823;127046823;127048280;127048280;127048280;127048280;127048280;127048280;127048280;127052249;127052249;127052249;127052249;127052249;127052249;127052873;127052873;127052873;127052873;127052873;127052873;127052873;127057091;127057091;127057091;127057091;127057091;127057091;127057091;127077600;127077600;127077600;127077600;127077600;127077600;127077600;127077600;127079996;127079996;127079996;127079996;127079996;127079996;127079996;127079996;127079996;127079996;127096897;127104862;127104862;127104862;127104862;127104862;127104862;127104862;127104862;127104862;127104862;127162204;127162238;127162346;127225933;127248232;127248232;127339192;127339192;127339187;127339192;127339192;127339192;127339192;127339192;127408954;127409059;127408995;127408967;127409031;127409031;127408998;127499260;127499001;127499002;127499350 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+Gm42974 chr3 127137837 127140490 - 2654 2 1 0 3
+Gm16958 chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 127161304;127161338;127161789;127166261;127166261;127166831;127166831 127161415;127161415;127161858;127166455;127166455;127168288;127167317 +;+;+;+;+;+;+ 1835 6 4 13 5
+C230031I18Rik chr3 127180276 127183973 - 3698 2 3 6 7
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+Gm42970 chr3 127298322 127299673 - 1352 1 2 4 7
+Gm42969 chr3 127390076 127393706 - 3631 9 16 12 13
+Gm43355 chr3;chr3 127479435;127481284 127479636;127481427 -;- 346 0 0 0 0
+Gm42525 chr3;chr3 127480179;127480906 127480420;127481190 -;- 527 0 0 0 0
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+Gm42872 chr3 132767407 132769373 + 1967 8 7 1 3
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+Zzz3 chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 152395473;152395525;152396003;152396032;152396079;152396132;152396684;152396694;152420015;152420015;152420015;152420015;152420015;152420015;152420015;152420015;152422618;152422618;152422618;152422618;152422618;152422618;152422618;152427277;152427277;152427277;152427277;152435899;152437738;152446629;152446799;152446799;152446799;152446799;152446799;152446799;152446799;152448779;152448779;152448779;152448779;152448779;152448779;152448779;152449013;152449013;152449013;152449013;152449016;152449016;152449645;152449645;152449645;152449645;152449645;152450610;152450610;152450610;152450610;152450610;152451303;152451303;152451303;152451303;152451303;152451991;152451991;152451991;152451991;152451991;152455820;152455820;152455820;152455820;152455820;152457417;152457869;152457869;152457869;152457869;152457869;152458254;152458254;152458254;152458254;152458254;152458254 152395583;152395583;152396138;152396138;152396138;152396138;152396761;152396761;152420140;152420140;152420140;152420140;152420140;152420140;152420140;152420140;152422771;152422771;152422771;152422771;152422771;152422771;152422771;152428832;152428832;152427854;152428832;152439088;152437890;152446689;152446937;152446937;152446937;152446937;152446937;152446937;152446937;152448926;152448926;152448926;152448926;152448826;152448926;152448926;152449128;152449128;152449128;152449128;152449128;152449128;152449716;152449716;152449716;152449716;152449716;152450711;152450711;152450711;152450711;152450711;152451398;152451398;152451398;152451398;152451398;152452143;152452143;152452143;152452143;152452143;152455954;152455954;152455954;152455954;152455954;152457969;152457969;152457969;152457969;152457969;152457969;152462826;152458818;152459477;152459552;152462826;152459474 +;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+ 11499 1973 2388 3545 2735
+Ak5 chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 152462815;152463863;152472739;152472757;152472757;152478341;152478341;152478341;152481538;152481538;152499311;152499311;152503849;152503849;152526718;152526718;152533355;152615858;152653375;152653575;152655869;152660516;152667800 152464016;152464021;152472948;152472948;152472948;152478457;152478515;152478457;152481701;152481701;152499355;152499355;152503891;152503891;152526752;152526794;152533445;152616049;152653488;152653744;152656036;152660702;152668360 -;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;- 3404 140 191 301 276
+AI115009 chr3;chr3;chr3;chr3 152666913;152676987;152678732;152680759 152667832;152677125;152678851;152681432 +;+;+;+ 1853 5 9 3 0
+Pigk chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 152714100;152714106;152714113;152714113;152714120;152714123;152717062;152717062;152717062;152717062;152717062;152717062;152722485;152722485;152722485;152722485;152722485;152722485;152738043;152738186;152738186;152738186;152738186;152738186;152738186;152738262;152740129;152740129;152740129;152740129;152740129;152740129;152740753;152742489;152742489;152742489;152742489;152742489;152742489;152744445;152744445;152744445;152744445;152744445;152744445;152744714;152744714;152744714;152744714;152744714;152744714;152747601;152747601;152747601;152747601;152747601;152763381;152766439;152766439;152766439;152766439;152766439;152766439;152766439;152785396;152785396;152785396;152785396;152822627;152829596;152829744;152840076;152841764;152842460;152902090;152907451;152979981 152714227;152714227;152714227;152714227;152714227;152714227;152717115;152717115;152717115;152717115;152717115;152717115;152722576;152722576;152722576;152722576;152722576;152722576;152738094;152738321;152738321;152738321;152738321;152738321;152738321;152738321;152740196;152740240;152740240;152741164;152740240;152740240;152740893;152742585;152742585;152742585;152742585;152742585;152742585;152744562;152744562;152744562;152744562;152744562;152744562;152744824;152744824;152744824;152744824;152744824;152744824;152747773;152747773;152747773;152747773;152747773;152763709;152766523;152766524;152766523;152766523;152766523;152766523;152766523;152785848;152785653;152785922;152789026;152822717;152829911;152829911;152841902;152841902;152842921;152902241;152907626;152980408 +;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+ 9495 1836 2133 2333 1815
+Rpl29-ps1 chr3;chr3 152780774;152781996 152781215;152782061 -;- 508 0 2 0 1
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+Gm43832 chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 153162728;153166252;153173339;153173339;153175135;153175201;153182670 153162867;153166487;153173521;153173521;153175410;153175406;153182815 -;-;-;-;-;-;- 981 0 0 0 0
+St6galnac3 chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 153198266;153205366;153206617;153206618;153206618;153225702;153411462;153411462;153508877;153509132;153509303;153720926;153725045;153725045 153205591;153205591;153206725;153206725;153206725;153225783;153411871;153411871;153509742;153509497;153509497;153720996;153725113;153725174 -;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;- 8994 13 35 23 13
+1700012D16Rik chr3;chr3 153296504;153298577 153297007;153298649 -;- 577 0 0 0 0
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+1700015C17Rik chr3;chr3;chr3 153467216;153475491;153478187 153467356;153475564;153478210 -;-;- 239 0 0 0 0
+4930597L12Rik chr3 153473744 153474654 - 911 0 1 0 0
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+5730460C07Rik chr3;chr3;chr3 153789305;153791290;153791882 153790786;153791435;153792087 -;-;- 1834 0 0 0 0
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+Gm15577 chr3;chr3 156903863;156920681 156906055;156920780 -;- 2293 7 7 4 1
+Gm43527 chr3 157000417 157003594 + 3178 0 0 0 0
+Gm43526 chr3 157071744 157073308 + 1565 0 1 0 1
+4930566N20Rik chr3 157207662 157208860 - 1199 0 0 0 1
+Gm24373 chr3 157210929 157211060 + 132 0 0 0 0
+Gm23725 chr3 157237225 157237331 - 107 0 0 0 0
+Gm22458 chr3 157365998 157366104 + 107 0 0 0 0
+Gm23379 chr3 157398262 157398368 - 107 0 0 0 0
+Gm5983 chr3 157410017 157410786 + 770 2 1 1 0
+Gm43159 chr3;chr3 157527515;157534010 157528094;157534090 -;- 661 16 20 10 10
+Zranb2 chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 157534160;157534359;157534359;157534376;157534388;157534425;157536334;157536334;157536334;157536334;157536334;157536334;157536448;157536478;157536478;157536483;157536735;157537587;157537587;157537587;157537587;157537587;157537587;157539050;157540633;157540633;157540633;157540633;157540633;157540633;157540651;157541055;157541055;157541055;157541055;157541055;157541055;157541055;157541700;157541700;157541700;157541700;157541700;157541700;157541700;157543158;157543158;157543158;157543158;157543158;157543158;157544964;157544964;157544964;157544964;157544964;157544964;157546075;157546675;157546675;157546675;157546675;157546675;157546675 157534474;157534474;157534474;157534474;157534474;157534474;157536386;157536386;157536386;157536380;157536386;157536386;157536586;157536586;157536586;157536586;157536738;157537669;157537669;157537669;157537669;157537669;157537669;157541765;157540709;157540709;157540709;157540709;157540709;157540709;157540709;157541189;157541189;157541189;157541189;157541189;157541189;157541189;157543244;157541821;157541869;157541869;157541869;157541869;157541869;157543244;157543244;157543201;157543244;157543244;157543244;157545122;157545122;157545122;157545122;157545122;157545122;157546149;157546803;157546923;157548376;157548336;157548336;157548410 +;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+ 6759 3210 4106 4505 3678
+Mir186 chr3 157544279 157544349 + 71 22 13 26 16
+Ptger3 chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 157566892;157566900;157566900;157604965;157604965;157604965;157641721;157643875;157643875 157567845;157567845;157567845;157605144;157607595;157605144;157641809;157644756;157645888 +;+;+;+;+;+;+;+;+ 5688 127 117 67 57
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+Gm5550 chr3 157816720 157817795 - 1076 2 8 5 1
+Gm6520 chr3 157888465 157888874 - 410 2 4 3 1
+Cth chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 157894248;157894423;157897192;157897192;157897302;157897582;157905145;157905145;157906183;157907320;157908899;157910883;157913600;157918426;157919700;157920017;157920955;157920955;157924866;157924866 157894827;157894827;157897330;157897330;157897330;157897712;157905725;157905197;157906304;157907472;157908976;157910940;157913731;157918535;157920112;157920112;157921036;157921036;157925051;157925077 -;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;- 2791 164 168 123 97
+Gm43314 chr3 157894961 157897191 - 2231 3 7 7 4
+1810013D15Rik chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3;chr3 157925220;157925269;157925271;157925711;157926110;157926110;157926206;157926789;157926789;157926789;157928363;157928363;157936936;157936936;157937905 157926246;157925346;157925346;157926246;157926246;157926201;157926246;157926879;157927025;157927147;157928450;157928450;157937073;157937131;157938355 +;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+ 2121 2 0 6 1
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+Gm42611 chr3 157980248 157983654 + 3407 24 21 26 29
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+Chchd7 chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4 3938888;3938888;3938890;3938914;3938914;3938914;3938914;3938914;3938920;3939043;3939379;3939379;3939379;3939379;3939379;3939422;3939424;3939424;3939424;3939500;3940779;3940854;3941246;3941246;3941246;3941246;3941246;3941246;3941246;3941246;3941246;3941246;3941246;3941246;3942635;3942721;3942721;3942721;3942721;3942721;3942721;3942721;3942721;3942721;3942721;3942721;3942988;3943388;3943388;3943388;3943388;3943388;3943388;3943388;3943388;3943388;3943388;3943388;3943414;3945638;3946808;3947121;3947121;3949056;3949612;3949612;3949612 3938962;3938962;3938962;3939131;3939131;3939131;3939131;3938962;3939526;3939131;3939526;3939526;3939526;3939526;3939526;3939526;3939526;3939526;3939526;3939526;3940883;3941311;3941311;3941311;3941419;3941311;3941311;3941311;3941311;3941311;3941311;3941311;3941311;3941311;3942819;3942819;3942819;3942819;3942819;3942819;3942819;3943050;3942819;3942819;3942819;3942819;3943026;3943526;3943525;3943406;3943504;3943492;3943528;3943528;3943521;3943472;3943528;3943523;3943492;3945972;3947188;3947188;3947188;3949127;3950211;3949872;3951046 +;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+ 4060 720 862 1089 848
+Gm11808 chr4 3973092 3973595 - 504 12 10 16 9
+Rps10-ps3 chr4 3978251 3978750 - 500 0 0 0 0
+Sdr16c5 chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4 3995936;4005497;4006581;4010308;4012325;4012341;4016092;4016092;4019449 3996255;4005622;4006725;4010407;4012456;4012456;4016621;4016438;4019663 -;-;-;-;-;-;-;-;- 1568 0 0 0 0
+Sdr16c6 chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4 4055929;4055931;4058761;4058761;4062619;4062619;4063221;4063221;4069886;4069886;4076577;4076577;4077424 4056904;4056904;4058886;4058886;4062763;4062763;4063320;4063320;4070017;4070017;4076923;4076931;4077522 -;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;- 1933 0 0 0 0
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+Impad1 chr4;chr4;chr4;chr4;chr4 4762484;4769312;4776314;4778193;4792723 4767972;4769473;4776409;4778355;4793355 -;-;-;-;- 6543 3361 4074 4262 3415
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+Gm11782 chr4;chr4 5545238;5551206 5548023;5551223 -;- 2804 0 0 0 0
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+4930423M02Rik chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4 5632328;5632336;5633036;5633036;5638638;5638670;5641290;5641290;5642053 5632373;5632373;5633205;5633205;5638725;5638725;5641757;5641958;5642284 +;+;+;+;+;+;+;+;+ 1205 0 0 0 0
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+Grin3a chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4 49661611;49661611;49670024;49670024;49672473;49672473;49702719;49702719;49704204;49714130;49714130;49714130;49719247;49719247;49719247;49769635;49770419;49770419;49792428;49792428;49792428;49844383;49844383;49844383 49665565;49665625;49670100;49670100;49672637;49672637;49702870;49702870;49708008;49714245;49714245;49714245;49719250;49719392;49719392;49771466;49771466;49771466;49793032;49793032;49793032;49845744;49845549;49845549 -;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;- 12275 19 22 12 17
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+Tmc4-ps chr4 52443915 52444172 - 258 0 0 0 0
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+4930552N02Rik chr4;chr4;chr4;chr4 52814604;52815353;52825661;52827377 52814732;52815415;52825763;52828269 +;+;+;+ 1188 0 0 0 0
+Gm12482 chr4 52821488 52822117 + 630 4 2 6 4
+Olfr275 chr4 52825399 52826358 + 960 0 0 0 0
+Olfr273 chr4;chr4;chr4 52855514;52855558;52858227 52856572;52856589;52858466 -;-;- 1316 0 0 0 0
+Cct3-ps1 chr4;chr4 52900599;52901637 52901198;52902683 +;+ 1647 0 1 0 2
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+Olfr271-ps1 chr4 52935430 52936381 - 952 0 0 0 0
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+Col27a1 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+Astn2 chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4 65380803;65380803;65395071;65395071;65396958;65396958;65435152;65435152;65540939;65540939;65542651;65542651;65581540;65581540;65644698;65644698;65648255;65648255;65651863;65651863;65729321;65729321;65746299;65746299;65794479;65794479;65911660;65911660;65912561;65912561;65913713;65913713;65950127;65950127;65992288;65992288;66059130;66059130;66119057;66185124;66185124;66266193;66266193;66403883;66403883 65381689;65381689;65395254;65395254;65397058;65397058;65435293;65435293;65541087;65541087;65542784;65542784;65581805;65581805;65644877;65644877;65648359;65648359;65651987;65651987;65729509;65729509;65746465;65746465;65794629;65794629;65911797;65911797;65912635;65912635;65913797;65913797;65950294;65950294;65992434;65992434;66059237;66059237;66119212;66185508;66185508;66266380;66266380;66404611;66404483 -;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;- 4959 11 10 18 18
+Trim32 chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4 65604986;65604986;65605249;65605249;65613129;65613129;65613132;65613132 65605069;65605069;65605276;65605283;65613616;65616238;65616238;65613756 +;+;+;+;+;+;+;+ 3229 511 672 704 514
+Gm11484 chr4 66353849 66354186 + 338 0 0 0 0
+Gm25480 chr4 66544061 66544193 + 133 0 0 0 0
+Gm11220 chr4 66725070 66725544 - 475 0 0 0 0
+Tlr4 chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4 66827584;66827613;66827619;66828202;66833894;66833894;66833894;66839229;66839229;66839229;66924366;66929018 66827921;66827921;66827921;66828290;66834060;66834060;66834060;66839429;66839618;66842800;66924488;66930284 +;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+ 5556 71 135 72 44
+Gm11403 chr4 67165479 67165847 + 369 0 0 0 0
+Hmgb1-rs18 chr4 67518306 67518932 - 627 1 0 0 0
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+Gm11249 chr4 67930881 67931739 + 859 6 14 8 10
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+Gm23738 chr4 68182532 68182702 + 171 0 0 0 0
+Tcp1-ps1 chr4;chr4 68301246;68301993 68301413;68303290 -;- 1466 2 0 1 0
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+Gm11222 chr4 69853947 69854684 + 738 0 1 1 0
+Gm11223 chr4 69925630 69926079 - 450 0 1 0 1
+Gm11224 chr4 69954166 69955276 - 1111 2 7 3 4
+Gm11225 chr4 70047157 70048205 + 1049 0 0 0 0
+Cdk5rap2 chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4 70216856;70223023;70223530;70223530;70228598;70228598;70235347;70235347;70238180;70238180;70238350;70239285;70239285;70239285;70242471;70242471;70242471;70242471;70243396;70243396;70243396;70243396;70245381;70245381;70245381;70246948;70249009;70250353;70250353;70250353;70250353;70254636;70254636;70254636;70254636;70257335;70257335;70257335;70264491;70264491;70264491;70266475;70266475;70272644;70272644;70276474;70276474;70281090;70281090;70289845;70289845;70291832;70291832;70298820;70298820;70300566;70300566;70302084;70302084;70307195;70307195;70315324;70315324;70317427;70317427;70337341;70349144;70349144;70352669;70352669;70353610;70353610;70354713;70354713;70360811;70360811;70364007;70364007;70376793;70380191;70398886;70401245;70401245;70401245;70403474;70403474;70403474;70410212;70410212 70223114;70223114;70223576;70223576;70228724;70228724;70235490;70235490;70238445;70238445;70238445;70239362;70239362;70239362;70242595;70242595;70242595;70242595;70243852;70243585;70243585;70243585;70245497;70245497;70245497;70246974;70249498;70250472;70250472;70250472;70250472;70254736;70254814;70254814;70254814;70257383;70257383;70257383;70264680;70264723;70264723;70267048;70267048;70272775;70272775;70276708;70276708;70281522;70281522;70290029;70290029;70291927;70291927;70298948;70298948;70300675;70300675;70302214;70302214;70307289;70307289;70315464;70315464;70317597;70317597;70337559;70349245;70349245;70352788;70352788;70353651;70353651;70354875;70354875;70360965;70360965;70364130;70364130;70376869;70380301;70399266;70401312;70401312;70401312;70403541;70403541;70403541;70410418;70410443 -;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;- 13012 619 762 1193 991
+Gm11226 chr4 70248636 70249373 - 738 1 0 4 1
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+Megf9 chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4 70427065;70435217;70448663;70455861;70461826;70463312;70488131;70488131;70534228;70534228 70433531;70435486;70448806;70456000;70461865;70463506;70488332;70488332;70534995;70534928 -;-;-;-;-;-;-;-;-;- 8226 4219 5221 3637 3022
+Gm11227 chr4 71072673 71073143 + 471 0 0 0 0
+Gm11228 chr4;chr4;chr4 71075109;71129797;71131048 71076805;71130026;71131133 -;-;- 2013 0 0 0 0
+Gm11229 chr4 71285942 71286378 + 437 1 0 1 0
+Rps18-ps1 chr4 71370738 71371196 - 459 1 2 4 3
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+Gm11232 chr4;chr4;chr4 71755643;71757177;71757741 71756917;71757356;71757965 -;-;- 1680 0 0 0 0
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+Ptprd 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+Ttc4 chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4 106662256;106662260;106662433;106663064;106665656;106665656;106665656;106667496;106667496;106667496;106667644;106668037;106668037;106668147;106670449;106670449;106670449;106670449;106670449;106670463;106671624;106671624;106671624;106671624;106671624;106671738;106671828;106674411;106674411;106674411;106674411;106674411;106676290;106676598;106676598;106676598;106676598;106676733;106678185;106678185;106678185;106678185;106678185;106678185;106678494;106678753;106678753;106678753;106678753;106678753 106663231;106663231;106663231;106663231;106665738;106665738;106665738;106667547;106667577;106667577;106668254;106668254;106668254;106668254;106670535;106671031;106670535;106670535;106670535;106670535;106671748;106671683;106671748;106671748;106671748;106671748;106671884;106674488;106674488;106674488;106674488;106674488;106676759;106676759;106676759;106676759;106676759;106676759;106678302;106678302;106678302;106678302;106678302;106678302;106678686;106678901;106678889;106678891;106678866;106678944 -;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;- 3568 1041 1311 1561 1329
+Mroh7 chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4 106680417;106680424;106680424;106680637;106681860;106681860;106681860;106681860;106683909;106683909;106683909;106683909;106690215;106690215;106690226;106690226;106690974;106690974;106690974;106690974;106691515;106691515;106691515;106691515;106692277;106692277;106692277;106692277;106692360;106694315;106694315;106694315;106694315;106694991;106694991;106694991;106694991;106694991;106699722;106699722;106699722;106700127;106700127;106700127;106702483;106702483;106702483;106703015;106703015;106703015;106704131;106704131;106704131;106704131;106707459;106707459;106707459;106707459;106707751;106707751;106707751;106707751;106708471;106708471;106708471;106708471;106708490;106709587;106709587;106709587;106709587;106709958;106709958;106709958;106711253;106711253;106714080;106714080;106720375;106721353;106722507;106722507;106722507;106727755;106727952;106730874 106680882;106680882;106680882;106680882;106681922;106681922;106681922;106681922;106684011;106684011;106684011;106684011;106690337;106690337;106690337;106690337;106691129;106691129;106691129;106691129;106691694;106691694;106691694;106691694;106692417;106692417;106692417;106692417;106692417;106694429;106694429;106694429;106694429;106695128;106695128;106695128;106695128;106695128;106699886;106699912;106699912;106700265;106700265;106700265;106702637;106703191;106702637;106703191;106703191;106703191;106704243;106704243;106704243;106704243;106707594;106707594;106707594;106707594;106707855;106707855;106707855;106707855;106708566;106708566;106708548;106708566;106708566;106709716;106709715;106709716;106709716;106710037;106710031;106710037;106711336;106711336;106714144;106714144;106721553;106721553;106722541;106722541;106722541;106727930;106727976;106730925 -;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;- 4800 222 292 374 344
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+Bmp8a chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4 123312645;123312645;123315805;123315844;123316353;123316353;123316862;123316862;123324561;123324561;123325099;123325099;123342384;123342384 123313416;123313416;123315954;123315954;123316432;123316432;123317056;123317056;123324709;123324709;123325288;123325288;123343252;123342803 -;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;- 2405 2 6 4 2
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+Macf1 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26689 10886 12408 10932 9259
+Gm12924 chr4 123435617 123435934 + 318 0 0 0 0
+Gm23548 chr4 123490231 123490336 + 106 0 2 0 0
+Mir6398 chr4 123616420 123616521 + 102 0 0 0 0
+Gm12926 chr4 123630295 123630703 + 409 1 0 1 1
+Gm12925 chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4 123665881;123667454;123667614;123667616;123668624;123668624;123670919;123670919 123666307;123667747;123667747;123667747;123668715;123668727;123671210;123671217 +;+;+;+;+;+;+;+ 1124 6 6 28 14
+Gm12922 chr4 123709219 123710027 - 809 3 0 1 2
+Ndufs5 chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4 123712710;123712710;123712710;123712869;123715864;123715864;123715864;123715864;123718023;123718108;123718113 123712926;123712926;123712926;123712926;123716081;123716081;123716081;123716326;123718186;123718181;123718202 -;-;-;-;-;-;-;-;-;-;- 860 345 368 432 346
+Akirin1 chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4 123734559;123737814;123738009;123738940;123739143;123739143;123743433;123743433;123743433;123749948;123749948 123736864;123738080;123738080;123739277;123739277;123739277;123743573;123743507;123743573;123750231;123750345 -;-;-;-;-;-;-;-;-;-;- 3450 1337 1872 1777 1407
+Rhbdl2 chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4 123787874;123787875;123798205;123809914;123809914;123809914;123809914;123813335;123814243;123814243;123814243;123816275;123817864;123817864;123822757;123822757;123824861;123824861;123826838;123826838;123829534;123829534 123787971;123787971;123798307;123810141;123810176;123811498;123810176;123813736;123814391;123814391;123814391;123816299;123817976;123817976;123822857;123822857;123824921;123824921;123826899;123826899;123829904;123829904 +;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+ 3070 443 562 345 288
+1700121C08Rik chr4;chr4;chr4;chr4 123833622;123856945;123858806;123859189 123833725;123857004;123858993;123859513 -;-;-;- 677 4 3 2 2
+Gm12904 chr4 123838104 123839502 + 1399 9 5 1 3
+4933427I04Rik chr4;chr4 123859679;123862510 123861205;123863165 +;+ 2183 14 6 9 3
+Gm26606 chr4;chr4 123898633;123904788 123901016;123904842 -;- 2439 64 85 64 65
+D130007C19Rik chr4;chr4 123902129;123902501 123902499;123903634 -;- 1505 32 43 41 32
+Gm12903 chr4 123902422 123902965 + 544 0 0 0 0
+Mycbp chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4 123904832;123904914;123905041;123905136;123905234;123905234;123905234;123909634;123909634;123909634;123909634;123909837;123909837;123909837;123911093;123911093 123905087;123905087;123905087;123905306;123905306;123905306;123905306;123909723;123909682;123909682;123909682;123909966;123911076;123909966;123911242;123912269 +;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+ 2934 367 490 357 264
+Gm12905 chr4;chr4;chr4 123905062;123905230;123917112 123905561;123905508;123917269 -;-;- 658 14 22 34 33
+Rragc chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4 123917446;123917474;123919087;123919849;123919849;123919849;123920907;123920951;123920951;123920951;123921282;123923960;123923960;123923960;123923960;123924747;123924747;123924747;123924747;123929832;123929832;123929832;123929832;123935538;123935538;123935538 123917767;123917767;123919218;123920052;123920052;123920441;123921150;123920991;123921150;123921150;123921464;123924074;123924074;123924074;123924074;123924889;123924889;123924889;123924889;123929980;123929971;123929980;123929980;123935546;123936993;123936997 +;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+ 3341 2554 3380 5244 4680
+4930535I16Rik chr4 123917504 123918022 - 519 1 1 2 0
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+Gm12916 chr4;chr4;chr4;chr4 124293693;124296180;124297237;124299685 124294152;124296424;124297315;124299848 -;-;-;- 948 0 0 0 0
+1700021L23Rik chr4;chr4 124302837;124311329 124303429;124311461 -;- 726 0 0 0 0
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+Smim12 chr4;chr4 127243784;127246903 127243898;127247809 +;+ 1022 171 261 288 224
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+Gjb5 chr4;chr4 127354809;127358026 127356373;127358181 -;- 1721 1 1 0 0
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+A630031M04Rik chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4 127545101;127561036;127563794;127564609;127565013;127567919 127545283;127561214;127563984;127564907;127565144;127570502 +;+;+;+;+;+ 3568 0 0 0 0
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+C1qb chr4;chr4;chr4 136880129;136882127;136886043 136880869;136882328;136886187 -;-;- 1088 337 474 493 316
+C1qc chr4;chr4;chr4;chr4;chr4 136889804;136891651;136892379;136892844;136892844 136890599;136892563;136892563;136892876;136893065 -;-;-;-;- 1931 240 361 365 234
+C1qa chr4;chr4;chr4 136895917;136897675;136898746 136896728;136897844;136898803 -;-;- 1040 935 1211 963 681
+Epha8 chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4 136929419;136931296;136931616;136931892;136932279;136932976;136933293;136933643;136934521;136935051;136936036;136936307;136938532;136940193;136945652;136951765;136956657 136931162;136931469;136931806;136932041;136932488;136933037;136933478;136933807;136934588;136935144;136936198;136936431;136938867;136940348;136946315;136951829;136956816 -;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;- 4713 41 66 171 124
+Zbtb40 chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4 136979732;136984814;136986483;136987209;136988548;136991498;136994345;136995251;136996025;136997821;136998497;136999476;137000894;137001201;137007038;137007735;137014478;137017277;137018024;137048646;137048646 136983244;136985040;136986569;136987371;136988765;136991662;136994551;136995712;136996193;136997954;136998698;136999612;137000974;137001393;137007180;137007897;137018767;137017410;137018767;137048801;137048695 -;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;- 10710 1011 1201 893 730
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+1700037C06Rik chr4 137116709 137117582 - 874 1 2 3 4
+Gm13001 chr4;chr4 137117143;137117667 137117439;137118143 -;- 774 4 3 1 1
+Gm13003 chr4;chr4;chr4;chr4 137159082;137159841;137161815;137163174 137159721;137160130;137161895;137165066 -;-;-;- 2904 187 216 412 425
+Gm25399 chr4 137183987 137184062 + 76 0 0 0 0
+Gm23263 chr4 137184065 137184140 + 76 0 0 0 1
+Gm13005 chr4;chr4 137219760;137220070 137220014;137220399 -;- 585 0 0 0 0
+Gm13002 chr4 137222641 137223322 - 682 1 0 0 1
+Wnt4 chr4;chr4;chr4;chr4;chr4 137277489;137289114;137295441;137295660;137296312 137277756;137289349;137295572;137295802;137299726 +;+;+;+;+ 4194 3502 4517 9298 8008
+Cdc42 chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4 137319696;137321762;137328713;137328713;137329015;137329015;137332407;137332407;137335975;137335975;137357646;137357646 137321192;137322619;137328910;137328910;137329124;137329124;137332479;137332479;137336129;137336129;137357699;137357720 -;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;- 2966 5808 7300 7018 5661
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+Cela3b chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4 137420999;137421008;137421900;137421900;137423247;137423845;137424786;137425041;137428469;137430460 137421091;137421091;137422052;137422791;137423389;137423981;137424920;137425138;137428554;137430540 -;-;-;-;-;-;-;-;-;- 1665 5496 2934 877 2574
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+4930455G09Rik chr4;chr4 142017898;142028600 142018130;142028996 +;+ 630 21 39 32 27
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+Tmem51os1 chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4 142083972;142084298;142084340;142084856;142085681;142085681;142085681;142086380;142086380;142086380;142086380;142086876;142086876;142087752;142087752 142085731;142084974;142084974;142084974;142085813;142085731;142085731;142086558;142086558;142086558;142088059;142087294;142088099;142088077;142088052 +;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+ 3562 67 94 117 106
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+9430007A20Rik chr4;chr4;chr4;chr4 144519822;144522233;144523643;144528461 144520053;144522449;144523706;144529353 +;+;+;+ 1406 0 0 0 0
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+Mtor chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4 148448611;148448611;148448625;148452257;148452257;148452257;148453022;148453022;148453758;148453758;148454552;148454552;148454552;148455985;148458627;148458984;148462787;148463692;148464303;148464947;148465891;148468250;148468988;148469367;148470222;148470572;148471914;148480865;148483555;148484310;148484626;148486049;148486776;148489476;148491335;148491621;148511771;148514826;148521292;148524459;148525724;148525998;148530482;148530678;148533862;148534908;148536511;148537362;148537863;148538276;148538463;148538728;148539981;148540285;148544413;148544419;148545510;148545510;148546398;148546398;148547604;148547604;148549368;148549791;148550088;148550959;148552712;148553031;148556267;148556845 148448687;148448687;148448687;148452432;148453990;148452432;148453130;148453130;148453990;148453990;148454973;148454752;148454969;148456119;148458902;148459092;148462973;148463820;148464547;148465162;148466096;148468372;148469077;148469459;148470356;148470701;148472164;148480951;148483722;148484422;148484788;148486141;148486922;148489618;148491497;148491766;148511846;148514965;148521392;148524574;148525801;148526105;148530607;148530809;148533977;148535025;148536759;148537462;148537959;148538374;148538585;148538910;148540115;148540459;148544554;148544554;148545657;148545657;148546520;148546520;148547788;148547686;148549440;148549865;148550223;148551024;148552792;148553111;148556372;148557683 +;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+ 10109 1745 2193 3188 2757
+Angptl7 chr4;chr4;chr4;chr4;chr4 148495183;148496493;148497283;148497988;148499941 148496324;148496691;148497477;148498088;148500460 -;-;-;-;- 2157 236 189 85 65
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+Exosc10 chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4;chr4 148558429;148558431;148558455;148558462;148559548;148559548;148559548;148559548;148561013;148561013;148561013;148561013;148562307;148562307;148562307;148562307;148562713;148562713;148562713;148562713;148563021;148563021;148563021;148563021;148563075;148563587;148563844;148563844;148563844;148563844;148563844;148564113;148564113;148564113;148564113;148564113;148564600;148564600;148564600;148564600;148565204;148565204;148565204;148565204;148566279;148566279;148566279;148566279;148566357;148568367;148568367;148568367;148568367;148568367;148568415;148568651;148568651;148568651;148568651;148568651;148568651;148570387;148570387;148570387;148570387;148570387;148570387;148572919;148572919;148572919;148572919;148572919;148572919;148573111;148573111;148573111;148573111;148573111;148573111;148573278;148573278;148573278;148573278;148573278;148573278;148575809;148575809;148575809;148575809;148575809;148575809;148576150;148576150;148576150;148576150;148576166;148578418;148578418;148578418;148578418;148578418;148579381;148579381;148579381;148579381;148579381;148580359;148580359;148580359;148580359;148581102;148581102;148581102;148581102;148581102;148581758;148581758;148581758;148581758;148581762;148582284;148582284;148582284;148582284;148582284 148558578;148558578;148558578;148558578;148559684;148559684;148559684;148559684;148561136;148561136;148561136;148561136;148562411;148562411;148562411;148562411;148562878;148562878;148562878;148562878;148563135;148563135;148563135;148563135;148563135;148563696;148563919;148563919;148563919;148563919;148563919;148564171;148564223;148564223;148564223;148564223;148564743;148564743;148564743;148564743;148565394;148565394;148565394;148565394;148566435;148566435;148566435;148566435;148566435;148568515;148568515;148568515;148568515;148568515;148568515;148568701;148568701;148568701;148568701;148568701;148568701;148570498;148570498;148570498;148570498;148570498;148570498;148572969;148572969;148572969;148573029;148572969;148572969;148573189;148573189;148573189;148573189;148573189;148573189;148573384;148573384;148573384;148573384;148573384;148573384;148576502;148575904;148575904;148575904;148575904;148575904;148576613;148576224;148576224;148576224;148576224;148578505;148578505;148578505;148578505;148578505;148579457;148579457;148579457;148579457;148579457;148580530;148580530;148580530;148580530;148581163;148581163;148581163;148581163;148581163;148581834;148581834;148581834;148581834;148581834;148582321;148582401;148582393;148582390;148582401 +;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+ 3594 1593 2038 1926 1761
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+Gm13111 chr4;chr4 154637576;154641410 154637802;154644724 +;+ 3542 4 9 8 4
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+Zfp804b chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5 6769010;6769030;6778434;6778434;6876380;6876380;7344271 6772678;6772678;6778564;6778564;6876523;6876523;7344756 -;-;-;-;-;-;- 4430 10 9 17 10
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+Adam22 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+Tbc1d14 chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5 36490604;36490604;36490604;36490605;36490608;36490608;36492621;36492739;36492741;36492746;36492946;36493014;36493228;36495018;36495018;36495018;36495018;36495018;36495018;36495018;36495018;36495018;36495018;36495018;36495165;36496736;36505025;36505025;36505025;36505025;36505025;36505025;36505025;36505025;36505025;36505025;36507578;36507578;36507578;36507578;36507578;36507578;36507578;36507578;36507578;36507578;36508360;36508360;36508360;36508360;36508360;36508360;36508360;36508360;36512454;36512454;36512454;36512454;36512454;36512454;36512454;36512454;36512454;36512454;36514039;36514039;36514039;36514039;36514039;36514039;36514039;36514039;36514039;36514039;36519273;36519273;36519273;36519273;36519273;36519273;36519273;36519273;36519273;36519273;36519298;36520444;36520444;36520444;36520444;36520444;36520444;36520444;36520444;36520444;36520444;36520444;36522927;36522927;36522927;36522927;36522927;36522927;36522927;36522927;36522927;36522927;36524891;36524930;36524930;36524930;36524930;36524930;36524930;36524930;36524930;36524930;36524941;36530301;36530423;36530423;36530423;36530423;36531580;36541293;36543177;36543177;36543177;36543177;36543177;36543177;36543180;36543242;36563799;36571181;36571296;36571296;36571296;36571296;36571296;36571296;36571296;36571296;36571296;36571545;36571594;36571789;36572017;36572999;36573380;36574291;36581687;36581687;36582355;36582355;36584782;36584782;36584782;36584782;36584782;36584782;36585968;36586024;36586024;36586058;36591959;36591959;36593158;36593158 36493114;36493114;36493114;36493114;36493114;36493114;36493114;36493114;36493114;36493114;36493114;36493114;36493417;36495276;36495276;36495276;36495276;36495276;36495276;36495276;36495276;36495276;36495276;36495276;36495276;36496887;36505134;36505134;36505134;36505134;36505134;36505134;36505134;36505134;36505107;36505134;36508431;36507706;36507706;36507706;36507662;36507706;36507706;36507706;36507706;36507706;36508431;36508431;36508431;36508431;36508431;36508431;36508431;36508431;36512548;36512548;36512548;36512548;36512548;36512548;36512548;36512548;36512548;36512548;36514119;36514119;36514119;36514119;36514119;36514119;36514119;36514119;36514119;36514119;36519379;36519379;36519379;36519379;36519379;36519379;36519379;36519379;36519379;36519379;36519379;36520561;36520487;36520561;36520561;36520561;36520561;36520561;36520561;36520561;36520561;36520561;36523009;36523009;36523009;36523009;36523009;36523009;36523009;36523009;36523009;36523009;36525048;36525048;36525048;36525048;36525048;36525048;36525048;36525048;36525048;36525048;36525048;36530507;36530519;36530548;36530804;36530623;36531602;36543297;36543297;36543297;36543297;36543297;36543297;36543297;36543297;36543297;36564056;36572037;36572037;36572037;36571545;36572037;36572037;36572037;36572037;36572037;36572037;36572037;36572037;36572037;36572037;36573266;36573495;36574325;36581792;36581803;36582390;36582397;36584836;36584836;36584836;36584836;36584836;36584836;36586265;36586224;36586224;36586257;36592142;36592344;36593276;36593251 -;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;- 9802 1627 2205 1712 1322
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+Bloc1s4 chr5 36747378 36748650 - 1273 161 265 290 199
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+Mrfap1 chr5;chr5 36794867;36796203 36795944;36796772 -;- 1648 6301 7522 8911 6498
+Man2b2 chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5 36806921;36807786;36808806;36808812;36809004;36810292;36810292;36810292;36812947;36812947;36812947;36813269;36813269;36813732;36813732;36814329;36814329;36815319;36815319;36816059;36816059;36817556;36817556;36818462;36820882;36821837;36824092;36826040;36827864;36829628;36830438 36807210;36807903;36809116;36809116;36809116;36810358;36810408;36810408;36813160;36812963;36813160;36813379;36813379;36813978;36813978;36814520;36814520;36815593;36815593;36816243;36816243;36817684;36817697;36818652;36821080;36822014;36824207;36826212;36827969;36829774;36830653 -;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;- 3528 4460 5520 5935 5092
+Ppp2r2c chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5 36868513;36868663;36922968;36922968;36926285;36927531;36927531;36931236;36931236;36939430;36940097;36940097;36947068;36949553;36952351 36868890;36868890;36923065;36923065;36926450;36927643;36927643;36931257;36931413;36939791;36940187;36940261;36947237;36949644;36955078 +;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+ 4450 179 199 311 238
+Ppp2r2cos chr5;chr5;chr5 36873595;36874859;36875664 36873770;36874957;36876879 -;-;- 1491 0 0 0 0
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+Prom1 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+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+ 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+1700031L13Rik chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5 82122408;82122427;82122437;82122686;82123211;82123292;82124596;82124606 82123114;82123114;82123114;82123114;82123337;82123345;82124713;82124710 -;-;-;-;-;-;-;- 960 0 0 0 0
+Rpl7-ps7 chr5 82336851 82337649 + 799 1 6 1 5
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+Gm43217 chr5 83040638 83041004 - 367 0 0 0 0
+Tecrl chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5 83278145;83280042;83280511;83284221;83289988;83289996;83291240;83291240;83294574;83294574;83300850;83300850;83309203;83309203;83313284;83313284;83338249;83338249;83354773;83354773 83279341;83280087;83280596;83284278;83290031;83290031;83291312;83291312;83294679;83294679;83300965;83300965;83309231;83309306;83313328;83313328;83338300;83338300;83354956;83355195 -;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;- 2350 0 0 0 0
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+Fam175a chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5 100805192;100805192;100805192;100805192;100805203;100805898;100805898;100805898;100806337;100806779;100806779;100806779;100806779;100806779;100806779;100807875;100809554;100809559;100809559;100809559;100809559;100809756;100809756;100809756;100809756;100809756;100809794;100812009;100812009;100812009;100812009;100812009;100812009;100815162;100815162;100815162;100815162;100815162;100815162;100817753;100817962;100817962;100817962;100817962;100817962;100818360;100818517;100818517;100818517;100818517;100818517;100818517;100820831;100820831;100820831;100820831;100820831;100820831;100820831;100820831 100806489;100806489;100805451;100805451;100805451;100806489;100806489;100806489;100806489;100807326;100806890;100806890;100806890;100806890;100806890;100807939;100809643;100809643;100809643;100809643;100809643;100809875;100809875;100809875;100809875;100809875;100809875;100812202;100812202;100812202;100812202;100812202;100812202;100815228;100815228;100815228;100815228;100815228;100815228;100817998;100817998;100817998;100817998;100817998;100817998;100818607;100818607;100818607;100818607;100818607;100818607;100818607;100820947;100820940;100820941;100820940;100820965;100820943;100820940;100820940 -;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;- 3011 162 238 298 270
+Gm43513 chr5 100814210 100815285 - 1076 16 25 26 23
+Gm43514 chr5 100820330 100820753 - 424 0 2 1 1
+Gm26286 chr5 100831281 100831414 + 134 0 0 0 0
+4930458D05Rik chr5;chr5 100840797;100845122 100841805;100847167 -;- 3055 3 7 3 5
+Agpat9 chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5 100845713;100846130;100846219;100846364;100846417;100846472;100846655;100846655;100846655;100846655;100857142;100857142;100857142;100883190;100883190;100883190;100884318;100884318;100884318;100884960;100884960;100884960;100885926;100885926;100885926;100890103;100890103;100890103;100891643;100891643;100891643;100892301;100892301;100892301;100893072;100893072;100893072;100893433;100893433;100893433;100897717;100897717;100897717 100845947;100846361;100846361;100846948;100846557;100846557;100846850;100846948;100846948;100846810;100857208;100857208;100857208;100883460;100883460;100883460;100884392;100884392;100884392;100885049;100885049;100885049;100886019;100886019;100886019;100890218;100890218;100890218;100891698;100891698;100891698;100892386;100892386;100892386;100893200;100893200;100893200;100893512;100893512;100893512;100899102;100899099;100899099 +;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+ 3502 11 32 44 30
+Gm42987 chr5 100884133 100886482 + 2350 0 0 0 0
+Gm36793 chr5;chr5;chr5 100910001;100911612;100913613 100910391;100912047;100913707 -;-;- 922 0 0 0 0
+Cycs-ps2 chr5 101305578 101305869 + 292 0 1 3 2
+Gm43103 chr5 101505528 101506329 - 802 0 0 0 2
+Gm20484 chr5;chr5 101599314;101602255 101599423;101602375 +;+ 231 0 0 0 0
+Nkx6-1 chr5;chr5;chr5 101658139;101661834;101663562 101659668;101662006;101664996 -;-;- 3138 6208 6525 6120 5046
+Gm43271 chr5;chr5 101698133;101703975 101698680;101704063 -;- 637 3 10 2 4
+Gm43270 chr5;chr5 101703586;101705198 101704110;101705850 +;+ 1178 18 28 31 22
+Cds1 chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5 101765130;101781375;101791475;101797004;101798377;101806548;101806563;101808666;101809886;101812495;101812495;101814400;101814400;101815849;101815849;101817853;101817853;101821434;101821434 101765489;101781502;101791571;101797101;101798516;101806621;101806621;101808748;101809973;101812563;101812563;101814552;101814552;101815968;101815968;101817956;101817956;101821447;101823858 +;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+ 3939 722 865 808 744
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+4930430O22Rik chr5;chr5 115436066;115436068 115436644;115436606 -;- 579 0 1 0 1
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+Cit 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+C330018A13Rik chr5;chr5 116123614;116127726 116123827;116129110 +;+ 1599 7 8 15 6
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+1700081H04Rik chr5;chr5;chr5;chr5 119108234;119113646;119113870;119114220 119108715;119113757;119114079;119114543 +;+;+;+ 1128 0 0 0 0
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+Pitpnm2 chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5 124118690;124118690;124118691;124119747;124120294;124121075;124121668;124121668;124121668;124121668;124121668;124121668;124121873;124121873;124121873;124121873;124121873;124121873;124122570;124122570;124122570;124122570;124122570;124122889;124122889;124122889;124122889;124122889;124123125;124123125;124123125;124123125;124123125;124123543;124123543;124123543;124123543;124123543;124123939;124123939;124123939;124123939;124123939;124124798;124125217;124125299;124125299;124125299;124125299;124126355;124126355;124127177;124127177;124127177;124127177;124128603;124128603;124128603;124128603;124129164;124129164;124129164;124129164;124130207;124130207;124130207;124130207;124130471;124130471;124130471;124130471;124131095;124131095;124131095;124131095;124132805;124132978;124133168;124133168;124133168;124133168;124133168;124133365;124133365;124133365;124133365;124133365;124133365;124135148;124135148;124135148;124135148;124135148;124135148;124136102;124136102;124136102;124136102;124136102;124136102;124140524;124140524;124140524;124140524;124140524;124142069;124142069;124142069;124142069;124142069;124143433;124143433;124143433;124143433;124143433;124143606;124152544;124152544;124152544;124152544;124152544;124152544;124184933;124186939;124189542;124216316;124216316;124216316;124249428;124249428 124121586;124121586;124121586;124121586;124121586;124121586;124121796;124121796;124121796;124121796;124121796;124121796;124122056;124122100;124122056;124122056;124122056;124122056;124122719;124122719;124122719;124122719;124122719;124123037;124123037;124123037;124123037;124123037;124123241;124123241;124123241;124123241;124123241;124123659;124123659;124123659;124123659;124123659;124124554;124124087;124124087;124124087;124124087;124124959;124125463;124125463;124125463;124125463;124125463;124126632;124126504;124127347;124127347;124127347;124127347;124128781;124128781;124128781;124128781;124129402;124129402;124129402;124129402;124130326;124130326;124130326;124130326;124130660;124130660;124130660;124130660;124131342;124131342;124131342;124131342;124132975;124133238;124133238;124133238;124133238;124133238;124133238;124133469;124133469;124133469;124133469;124133469;124133469;124135243;124135243;124135243;124135243;124135243;124135243;124140261;124136401;124136401;124136401;124136401;124136401;124140751;124140751;124140751;124140751;124140751;124142190;124142190;124142190;124142190;124142190;124143647;124143647;124143647;124143647;124143647;124143647;124152719;124152719;124152719;124152719;124152719;124152719;124185118;124187182;124189747;124216417;124216417;124216418;124249451;124249760 -;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;- 12843 3196 4685 5638 5939
+Pitpnm2os2 chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5 124194907;124194960;124195085;124195642;124198744;124199698 124194991;124194991;124195827;124198108;124198806;124200346 +;+;+;+;+;+ 3821 8 11 9 13
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+Ncor2 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+Gtf2i 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+Gtf2ird1 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+Cldn4 chr5 134945119 134946934 - 1816 4559 5277 7082 6581
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+Gm43372 chr5 135007093 135010108 - 3016 15 15 9 12
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+Abhd11os chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5 135012114;135012122;135012430;135012694;135012694;135013085;135013085 135012332;135012550;135012550;135012788;135012788;135013253;135013154 -;-;-;-;-;-;- 701 28 35 18 19
+Stx1a chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5 135023482;135023507;135023560;135037126;135037126;135037126;135037476;135037476;135037476;135037511;135041060;135041237;135041237;135041237;135041266;135041931;135041931;135041931;135041931;135041931;135041931;135042109;135042109;135042109;135042109;135042109;135042109;135042593;135042593;135042593;135042593;135042593;135042593;135045597;135045597;135045597;135045597;135045597;135045597;135048711;135048911;135048911;135048911;135048994;135049827;135049827;135049827 135023610;135023610;135023610;135037203;135037203;135037203;135037575;135037575;135037575;135037575;135041311;135041311;135041311;135041311;135041311;135042004;135042004;135042004;135042004;135042004;135042004;135042217;135042217;135042217;135042217;135042217;135042217;135042666;135042666;135042666;135042666;135042666;135042666;135045858;135045734;135045734;135045734;135045607;135045734;135048830;135048939;135049104;135049104;135049104;135051099;135051100;135051100 +;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+ 2666 314 489 457 380
+Wbscr22 chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5;chr5 135052957;135052957;135052959;135052959;135053285;135053287;135053333;135053549;135053549;135053549;135053549;135053549;135053549;135053549;135053613;135056028;135056028;135056028;135056028;135056028;135056028;135056028;135056049;135056339;135056339;135056339;135056339;135056339;135056339;135056480;135056842;135056842;135056842;135056842;135056842;135056842;135056842;135056842;135056886;135057612;135057612;135057620;135057620;135057620;135057620;135057620;135059107;135059107;135059107;135059107;135059107;135059107;135059107;135059195;135060734;135060734;135060734;135060734;135060734;135060734;135060734;135060734;135061073;135061073;135061073;135061073;135061073;135061249;135061249;135061249;135061249;135061249;135061249;135061249;135061261;135063660;135063737;135063848;135063884;135063884;135063884;135063884;135064014;135064014;135064014;135064014;135064014;135064014;135064157;135064524;135064524;135064524 135053424;135053424;135053424;135053424;135053424;135053424;135053424;135053638;135053638;135053638;135053638;135053638;135053638;135053722;135053638;135056384;135056086;135056086;135056727;135056086;135056086;135056086;135056086;135056384;135056384;135056384;135056384;135056384;135056384;135056927;135056927;135056913;135057019;135056927;135056927;135056927;135056927;135056927;135056927;135057670;135057670;135057670;135057670;135057670;135057670;135057670;135059203;135059203;135059203;135059203;135059203;135059203;135059203;135059203;135060830;135061341;135060830;135060830;135060830;135060830;135060830;135060830;135061155;135061155;135061155;135061155;135061155;135061344;135061344;135061469;135061344;135061344;135061344;135061344;135061344;135063764;135063921;135063921;135063921;135063921;135063921;135063921;135064079;135064090;135064048;135064039;135064078;135064175;135064175;135064649;135064959;135064666 -;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;- 3386 587 793 809 701
+Gm25492 chr5 135053988 135054116 - 129 4 6 3 3
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\ No newline at end of file
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+
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new file mode 100644
index 0000000..563580c
--- /dev/null
+++ b/example/rnaseq_commands.R
@@ -0,0 +1,330 @@
+# @ Thomas W. Battaglia
+# tb1280@nyu.edu
+
+# Install and load required libraries
+source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
+biocLite("DESeq2") ; library(DESeq2)
+biocLite("ggplot2") ; library(DESeq2)
+biocLite("clusterProfiler") ; library(clusterProfiler)
+biocLite("biomaRt") ; library(biomaRt)
+biocLite("ReactomePA") ; library(ReactomePA)
+biocLite("DOSE") ; library(DOSE)
+biocLite("KEGG.db") ; library(KEGG.db)
+biocLite("org.Mm.eg.db") ; library(org.Mm.eg.db)
+biocLite("org.Hs.eg.db") ; library(org.Hs.eg.db)
+biocLite("pheatmap") ; library(pheatmap)
+biocLite("genefilter") ; library(genefilter)
+biocLite("RColorBrewer") ; library(RColorBrewer)
+biocLite("GO.db") ; library(GO.db)
+biocLite("topGO") ; library(topGO)
+biocLite("dplyr") ; library(dplyr)
+biocLite("gage") ; library(gage)
+biocLite("ggsci") ; library(ggsci)
+
+
+# - - - - - - - - - - - - -
+# Import gene counts table
+# - - - - - - - - - - - - -
+# - skip first row (general command info)
+# - make row names the gene identifiers
+countdata <- read.table("example/final_counts.txt", header = TRUE, skip = 1, row.names = 1)
+
+# Remove .bam + '..' from column identifiers
+colnames(countdata) <- gsub(".bam", "", colnames(countdata), fixed = T)
+colnames(countdata) <- gsub("..", "", colnames(countdata), fixed = T)
+
+# Remove length/char columns
+countdata <- countdata[ ,c(-1:-5)]
+
+# Make sure ID's are correct
+head(countdata)
+
+
+# - - - - - - - - - - - - -
+# Import metadata file
+# - - - - - - - - - - - - -
+
+# Import and make row names the matching sampleID's from the countdata
+metadata <- read.delim("example/metadata.txt", row.names = 1)
+
+# Add sampleID's to the mapping file
+metadata$sampleid <- row.names(metadata)
+
+# Reorder sampleID's to match featureCounts column order.
+metadata <- metadata[match(colnames(countdata), metadata$sampleid), ]
+
+# Make sure ID's are correct
+head(metadata)
+
+
+# - - - - - - - - - - - - -
+# Run Deseq2
+# - - - - - - - - - - - - -
+# - countData : count dataframe
+# - colData : sample metadata in the dataframe with row names as sampleID's
+# - design : The design of the comparisons to use.
+# Use (~) before the name of the column variable to compare
+ddsMat <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = countdata,
+ colData = metadata,
+ design = ~Group)
+
+
+# Find differential expressed genes
+# Run DESEq2
+ddsMat <- DESeq(ddsMat)
+
+# Get results from testing with FDR adjust pvalues
+results <- results(ddsMat, pAdjustMethod = "fdr", alpha = 0.05)
+
+# Generate summary of testing.
+summary(results)
+
+# Check directionality of fold change
+mcols(results, use.names = T)
+
+
+# - - - - - - - - - - - - -
+# Gene annotation
+# - - - - - - - - - - - - -
+library(AnnotationDbi)
+library(org.Mm.eg.db)
+
+# Add gene full name
+results$description <- mapIds(x = org.Mm.eg.db,
+ keys = row.names(results),
+ column = "GENENAME",
+ keytype = "SYMBOL",
+ multiVals = "first")
+
+# Add gene symbol
+results$symbol <- row.names(results)
+
+# Add ENTREZ ID
+results$entrez <- mapIds(x = org.Mm.eg.db,
+ keys = row.names(results),
+ column = "ENTREZID",
+ keytype = "SYMBOL",
+ multiVals = "first")
+
+# Subset for only significant genes (q < 0.05)
+results_sig <- subset(results, padj < 0.05)
+head(results_sig)
+
+# Write normalized gene counts to a .txt file
+write.table(x = as.data.frame(counts(ddsMat), normalized = T),
+ file = 'normalized_counts.txt',
+ sep = '\t',
+ quote = F,
+ col.names = NA)
+
+# Write significant normalized gene counts to a .txt file
+write.table(x = counts(ddsMat[row.names(results_sig)], normalized = T),
+ file = 'normalized_counts_significant.txt',
+ sep = '\t',
+ quote = F,
+ col.names = NA)
+
+# Write the annotated results table to a .txt file
+write.table(x = as.data.frame(results),
+ file = "results_gene_annotated.txt",
+ sep = '\t',
+ quote = F,
+ col.names = NA)
+
+# Write significant annotated results table to a .txt file
+write.table(x = as.data.frame(results_sig),
+ file = "results_gene_annotated_significant.txt",
+ sep = '\t',
+ quote = F,
+ col.names = NA)
+
+
+# - - - - - - - - - - - - -
+# PCA plot
+# - - - - - - - - - - - - -
+# Convert all samples to rlog
+ddsMat_rlog <- rlog(ddsMat, blind = FALSE)
+
+# Plot PCA by column variable
+plotPCA(ddsMat_rlog, intgroup = "Group", ntop = 500) +
+ theme_bw() +
+ ggsave('figures/pca_plot.png')
+
+
+# - - - - - - - - - - - - -
+# Heatmap plot
+# - - - - - - - - - - - - -
+# Load libraries
+library(pheatmap)
+library(RColorBrewer)
+
+# Convert all samples to rlog
+ddsMat_rlog <- rlog(ddsMat, blind = FALSE)
+
+# Gather 30 significant genes and make matrix
+mat <- assay(ddsMat_rlog[row.names(res_sig)])[1:30, ]
+
+# Choose which column variables you want to annotate the columns by.
+annotation_col = data.frame(
+ Group = factor(colData(ddsMat_rlog)$Group),
+ Replicate = factor(colData(ddsMat_rlog)$Replicate),
+ row.names = colData(ddsMat_rlog)$sampleid
+)
+
+# Specify colors you want to annotate the columns by.
+ann_colors = list(
+ Group = c("LoGlu" = "blue", "HiGlu" = "orange"),
+ Replicate = c(Rep1 = "red", Rep2 = "green")
+)
+
+# Make Heatmap with pheatmap function.
+# See more in documentation for customization
+pheatmap(mat = mat,
+ color = colorRampPalette(brewer.pal(9, "YlOrBr"))(255),
+ scale = "row",
+ annotation_col = annotation_col,
+ annotation_colors = ann_colors,
+ show_colnames = F)
+
+
+# - - - - - - - - - - - - -
+# Volcano plot
+# - - - - - - - - - - - - -
+# Load libraries
+library(ggplot2)
+library(RColorBrewer)
+
+# Gather Log-fold change and FDR-corrected pvalues from deseq2 results
+data <- data.frame(pval = -log10(results$padj),
+ lfc = results$log2FoldChange,
+ row.names = row.names(results))
+
+# Remove any rows that have NA as an entry
+data <- na.omit(data)
+
+# Make a basic ggplot2 object with x-y values
+vol <- ggplot(data, aes(x = lfc, y = pval))
+
+# Add ggplot2 layers
+vol +
+ ggtitle(label = "Volcano Plot") +
+ geom_point(aes(colour = pval), size = 5, alpha = 0.7, na.rm = T) + # color the dots
+ theme_bw(base_size = 18) + # change overall theme
+ theme(legend.position = "right") + # change the legend
+ xlab(expression(log[2]("Treatment" / "Control"))) + # Change X-Axis label
+ ylab(expression(-log[10]("adjusted p-value"))) + # Change Y-Axis label
+ geom_vline(xintercept = c(-2, 2), colour = "darkgrey") + # Add fold change cutoff lines
+ geom_hline(yintercept = 1.3, colour = "darkgrey") + # Add p-adj value cutoff line
+ scale_colour_gradient(low = "red", high = "green") + # Add red-green scaling by intensity
+ scale_y_continuous(trans = "log1p") # Scale yaxis due to large p-values
+
+
+# - - - - - - - - - - - - -
+# MA plot
+# - - - - - - - - - - - - -
+plotMA(res, ylim = c(-5, 5))
+
+
+# - - - - - - - - - - - - -
+# Single gene plot
+# - - - - - - - - - - - - -
+# Convert all samples to rlog
+ddsMat_rlog <- rlog(ddsMat, blind = FALSE)
+
+# Get gene with highest expression
+top_gene <- rownames(res)[which.min(res$log2FoldChange)]
+
+# Plot single gene
+plotCounts(ddsMat, gene = top_gene, intgroup = "Group")
+
+
+# - - - - - - - - - - - - - - -
+# Pathway analysis of DE genes
+# - - - - - - - - - - - - - - -
+
+# Load required libraries
+library(clusterProfiler)
+library(ReactomePA)
+library(KEGG.db)
+library(DOSE)
+library(org.Mm.eg.db)
+library(pathview)
+
+# Remove any genes that do not have any entrez identifiers
+results_sig_entrez <- subset(results_sig, is.na(entrez) == FALSE)
+
+# Create a matrix of gene log2 fold changes
+gene_matrix <- results_sig_entrez$log2FoldChange
+
+# Add the entrezID's as names for each logFC entry
+names(gene_matrix) <- results_sig_entrez$entrez
+
+
+# - - - - - - - - - - - - -
+# Enrich with KEGG database
+# - - - - - - - - - - - - -
+kegg_enrich <- enrichKEGG(gene = names(gene_matrix),
+ organism = 'mouse',
+ pvalueCutoff = 0.05,
+ readable = TRUE)
+
+# Get table of results
+head(summary(kegg_enrich))
+
+# KEGG plot
+barplot(kegg_enrich,
+ drop = TRUE,
+ showCategory = 10,
+ title = "KEGG Enrichment Pathways",
+ font.size = 8)
+
+
+# - - - - - - - - - - - - -
+# Enrich with ReactomeDB
+# - - - - - - - - - - - - -
+reactome_enrich <- enrichPathway(gene = names(gene_matrix),
+ organism = 'mouse',
+ readable = TRUE,
+ pvalueCutoff = 0.05)
+
+# Get table of results
+head(summary(reactome_enrich))
+
+# Plot results
+barplot(reactome_enrich,
+ drop = TRUE,
+ showCategory=10,
+ title = "ReactomeDB Enrichment Pathways",
+ font.size = 8)
+
+
+# - - - - - - - - - - - - -
+# Enrich with GO
+# - - - - - - - - - - - - -
+go_enrich <- enrichGO(gene = names(gene_matrix),
+ organism = 'mouse',
+ readable = TRUE,
+ ont = "BP",
+ pvalueCutoff = 0.05)
+
+# Get table of results
+head(summary(go_enrich))
+
+# Plot results
+barplot(go_enrich,
+ drop = TRUE,
+ showCategory = 10,
+ title = "GO Biological Pathways",
+ font.size = 8)
+
+
+# - - - - - - - - - - - - -
+# Plot specific KEGG pathways
+# (with fold change)
+# - - - - - - - - - - - - -
+# pathway.id : KEGG pathway identifier
+pathview(gene.data = gene_matrix,
+ pathway.id = "04070",
+ species = "mouse",
+ map.symbol = T)
+