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## RNAfold parameter file v2.0
/* This file contains energy parameters for folding DNA */
/* The parameters were made available by David Mathews */
/* and are identical to the ones distributed with RNAstructure */
/* WARNING!! This file is still incomplete and largely untested */
/* It does not contain: */
/* terminal mismatch energies for 1xn and 2x3 loops */
/* we currently still use dangling ends instead of terminal mismatches */
/* in multi-loops and the exterior loop. */
/* There's no special parameters for co-axial stacking */
# stack
/* CG GC GU UG AU UA @ */
-220 -190 -20 -60 -130 -160 0
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# stack_enthalpies
/* CG GC GU UG AU UA @ */
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0 0 0 0 0 0 0
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-40 -60 -40 -60 -60
-40 -60 -40 -60 -60
-40 -60 -40 -60 -60
-40 -60 -40 -60 -60
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DEF -100 DEF -60 -80
DEF -100 DEF -60 -80
DEF -100 DEF -60 -80
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-20 -20 -20 -40 -60
-20 -20 -20 -40 -60
-20 -20 -20 -40 -60
-20 -20 -20 -40 -60
-20 -20 -20 -40 -60
90 -10 30 90 30
90 -10 30 90 30
90 -10 30 90 30
90 -10 30 90 30
90 -10 30 90 30
# mismatch_interior_enthalpies
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-420 -460 -420 -470 -500
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-420 -460 -420 -470 -500
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# mismatch_interior_1n
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-40 -60 -40 -60 -60
-40 -60 -40 -60 -60
-40 -60 -40 -60 -60
-40 -60 -40 -60 -60
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DEF -100 DEF -60 -80
DEF -100 DEF -60 -80
DEF -100 DEF -60 -80
DEF -100 DEF -60 -80
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-30 -80 -30 -40 -60
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-20 -20 -20 -40 -60
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-20 -20 -20 -40 -60
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90 -10 30 90 30
# mismatch_interior_1n_enthalpies
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-420 -460 -420 -470 -500
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520 400 520 470 430
# mismatch_interior_23
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-40 -60 -40 -60 -60
-40 -60 -40 -60 -60
-40 -60 -40 -60 -60
-40 -60 -40 -60 -60
DEF -100 DEF -60 -80
DEF -100 DEF -60 -80
DEF -100 DEF -60 -80
DEF -100 DEF -60 -80
DEF -100 DEF -60 -80
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-30 -80 -30 -40 -60
-30 -80 -30 -40 -60
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-20 -20 -20 -40 -60
-20 -20 -20 -40 -60
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-20 -20 -20 -40 -60
90 -10 30 90 30
90 -10 30 90 30
90 -10 30 90 30
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# mismatch_interior_23_enthalpies
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-420 -460 -420 -470 -500
-420 -460 -420 -470 -500
-420 -460 -420 -470 -500
-420 -460 -420 -470 -500
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-90 -620 -330 -510 -90
-90 -620 -330 -510 -90
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-90 -620 -330 -510 -90
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520 400 520 470 430
520 400 520 470 430
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230 230 170 70 -580
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230 230 170 70 -580
520 400 520 470 430
520 400 520 470 430
520 400 520 470 430
520 400 520 470 430
520 400 520 470 430
# mismatch_multi
/* @ A C G U */
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-60 -160 -90 -60 -110
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# mismatch_multi_enthalpies
/* @ A C G U */
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# mismatch_exterior
/* @ A C G U */
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60 20 60 20 30
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60 20 60 20 30
# mismatch_exterior_enthalpies
/* @ A C G U */
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-110 -280 -110 -490 -640
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-110 -280 -110 -490 -640
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140 -590 140 -540 30
DEF -780 DEF -730 -160
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830 630 830 450 460
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740 540 740 360 370
# dangle5
/* @ A C G U */
DEF -100 DEF -60 -80
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-40 -60 -40 -60 -60
DEF -100 DEF -60 -80
-40 -40 -40 -60 -80
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70 -30 10 70 10
# dangle5_enthalpies
/* @ A C G U */
-90 -620 -330 -510 -90
-420 -460 -420 -470 -500
-420 -460 -420 -470 -500
-90 -620 -330 -510 -90
-60 -90 -60 -250 -900
200 80 200 150 110
200 80 200 150 110
# dangle3
/* @ A C G U */
-30 -90 -30 DEF -40
0 -100 -30 0 DEF
0 -100 -30 0 DEF
-30 -90 -30 DEF -40
-20 -40 -20 DEF -30
50 10 50 10 20
50 10 50 10 20
# dangle3_enthalpies
/* @ A C G U */
-20 -190 -20 -400 -550
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-250 -800 -250 -310 -390
-20 -190 -20 -400 -550
200 -530 200 -480 90
630 430 630 250 260
630 430 630 250 260
# int11
/* CG..CG */
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160 90 160 90 60
90 -20 90 20 90
90 90 60 90 0
/* CG..GC */
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50 50 10 -120 10
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100 100 70 100 70
/* CG..GU */
130 100 130 100 80
50 50 10 -120 10
130 100 130 100 80
10 -40 10 -60 10
100 100 70 100 70
/* CG..UG */
160 90 160 90 90
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160 90 160 90 60
90 -20 90 20 90
90 90 60 90 0
/* CG..AU */
180 120 180 120 110
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180 120 180 120 -60
110 -10 110 -70 110
120 120 0 120 -40
/* CG..UA */
220 140 220 140 170
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/* CG.. @ */
220 140 220 140 170
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140 140 120 140 80
/* GC..CG */
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/* GC..GC */
100 40 100 40 90
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40 -150 40 -180 40
90 40 70 40 90
/* GC..GU */
100 40 100 40 90
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/* GC..UG */
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/* GC..AU */
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/* GC..UA */
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/* GC.. @ */
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/* GU..CG */
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/* GU..GC */
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/* GU..GU */
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/* GU..UG */
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/* UG..GU */
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/* @..CG */
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/* @..GU */
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/* @..UG */
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/* @..UA */
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/* @.. @ */
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# int11_enthalpies
/* CG..CG */
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/* CG..GU */
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/* CG..UG */
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/* GU.. @ */
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/* UG..CG */
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/* UG..GU */
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/* UG..UG */
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/* UG..AU */
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/* UG..UA */
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/* UG.. @ */
1320 1000 1320 1130 1320
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/* AU..CG */
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/* AU..GC */
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/* AU..GU */
1280 1000 1280 890 1090