version 2.0.0
- new features
- Add a MAPQ filter to samtools (rule
align) - Add GoPeaks MultiQC module
- Allow for library normalization to occur during first pass
- Add --broad-cutoff to MACS2 broad peak calling for MACS2
- Create a spike in QC report
- Add a MAPQ filter to samtools (rule
- enhancements
- Reorganize file structure to help with qthreshold folder
- Update variable names of all peak caller
- Merge rules with input/output/wildcard congruency
- Convert the "spiked" variable to "norm_method
- Add name of control used to MACS2 peaks
- bugs fixed
- Running extra control:sample comparisons that are not needed
- improved resource allocation
- test data originally included 1475 jobs, this version includes 1087 jobs (reduction of 25%) despite including additional features
- moved ~12% of all jobs to local deployment (within SLURM submission)
Output dir
├── alignment_stats
├── bam
├── bedgraph
├── bigwig
├── fragments
├── peaks
│ ├── 0.05
│ │ ├── contrasts
│ │ │ ├── contrast_id1.dedup_status
│ │ │ └── contrast_id2.dedup_status
│ │ ├── gopeaks
│ │ │ ├── annotation
│ │ │ │ ├── go_enrichment
│ │ │ │ │ ├── contrast_id1.dedup_status.go_enrichment_files
│ │ │ │ │ └── contrast_id2.dedup_status.go_enrichment_files
│ │ │ │ ├── homer
│ │ │ │ │ ├── replicate_id1_vs_control_id.dedup_status.gopeaks_broad.motifs
│ │ │ │ │ │ ├── homerResults
│ │ │ │ │ │ └── knownResults
│ │ │ │ │ ├── replicate_id1_vs_control_id.dedup_status.gopeaks_narrow.motifs
│ │ │ │ │ │ ├── homerResults
│ │ │ │ │ │ └── knownResults
│ │ │ │ │ ├── replicate_id2_vs_control_id.dedup_status.gopeaks_broad.motifs
│ │ │ │ │ │ ├── homerResults
│ │ │ │ │ │ └── knownResults
│ │ │ │ │ ├── replicate_id2_vs_control_id.dedup_status.gopeaks_narrow.motifs
│ │ │ │ │ │ ├── homerResults
│ │ │ │ │ │ └── knownResults
│ │ │ │ └── rose
│ │ │ │ ├── replicate_id1_vs_control_id.dedup_status.gopeaks_broad.12500
│ │ │ │ ├── replicate_id1_vs_control_id.dedup_status.gopeaks_narrow.12500
│ │ │ │ ├── replicate_id2_vs_control_id.dedup_status.dedup.gopeaks_broad.12500
│ │ │ │ ├── replicate_id2_vs_control_id.dedup_status.dedup.gopeaks_narrow.12500
│ │ │ └── peak_output
│ │ ├── macs2
│ │ │ ├── annotation
│ │ │ │ ├── go_enrichment
│ │ │ │ │ ├── contrast_id1.dedup_status.go_enrichment_files
│ │ │ │ │ └── contrast_id2.dedup_status.go_enrichment_files
│ │ │ │ ├── homer
│ │ │ │ │ ├── replicate_id1_vs_control_id.dedup_status.macs2_narrow.motifs
│ │ │ │ │ │ ├── homerResults
│ │ │ │ │ │ └── knownResults
│ │ │ │ │ ├── replicate_id1_vs_control_id.dedup_status.macs2_broad.motifs
│ │ │ │ │ │ ├── homerResults
│ │ │ │ │ │ └── knownResults
│ │ │ │ │ ├── replicate_id2_vs_control_id.dedup_status.macs2_narrow.motifs
│ │ │ │ │ │ ├── homerResults
│ │ │ │ │ │ └── knownResults
│ │ │ │ │ ├── replicate_id2_vs_control_id.dedup_status.macs2_broad.motifs
│ │ │ │ │ │ ├── homerResults
│ │ │ │ │ │ └── knownResults
│ │ │ │ └── rose
│ │ │ │ ├── replicate_id1_vs_control_id.dedup_status.macs2_broad.12500
│ │ │ │ ├── replicate_id1_vs_control_id.dedup_status.macs2_narrow.12500
│ │ │ │ ├── replicate_id2_vs_control_id.dedup_status.macs2_broad.12500
│ │ │ │ ├── replicate_id2_vs_control_id.dedup_status.macs2_narrow.12500
│ │ │ └── peak_output
│ │ └── seacr
│ │ │ ├── annotation
│ │ │ │ ├── go_enrichment
│ │ │ │ │ ├── contrast_id1.dedup_status.go_enrichment_files
│ │ │ │ │ └── contrast_id2.dedup_status.go_enrichment_files
│ │ │ │ ├── homer
│ │ │ │ │ ├── replicate_id1_vs_control_id.dedup_status.seacr_non_relaxed.motifs
│ │ │ │ │ │ ├── homerResults
│ │ │ │ │ │ └── knownResults
│ │ │ │ │ ├── replicate_id1_vs_control_id.dedup_status.seacr_non_stringent.motifs
│ │ │ │ │ │ ├── homerResults
│ │ │ │ │ │ └── knownResults
│ │ │ │ │ ├── replicate_id1_vs_control_id.dedup_status.seacr_norm_relaxed.motifs
│ │ │ │ │ │ ├── homerResults
│ │ │ │ │ │ └── knownResults
│ │ │ │ │ ├── replicate_id1_vs_control_id.dedup_status.seacr_norm_stringent.motifs
│ │ │ │ │ │ ├── homerResults
│ │ │ │ │ │ └── knownResults
│ │ │ │ │ ├── replicate_id2_vs_control_id.dedup_status.seacr_non_relaxed.motifs
│ │ │ │ │ │ ├── homerResults
│ │ │ │ │ │ └── knownResults
│ │ │ │ │ ├── replicate_id2_vs_control_id.dedup_status.seacr_non_stringent.motifs
│ │ │ │ │ │ ├── homerResults
│ │ │ │ │ │ └── knownResults
│ │ │ │ │ ├── replicate_id2_vs_control_id.dedup_status.seacr_norm_relaxed.motifs
│ │ │ │ │ │ ├── homerResults
│ │ │ │ │ │ └── knownResults
│ │ │ │ │ ├── replicate_id2_vs_control_id.dedup_status.seacr_norm_stringent.motifs
│ │ │ │ │ │ ├── homerResults
│ │ │ │ │ │ └── knownResults
│ │ │ │ └── rose
│ │ │ │ ├── replicate_id1_vs_control_id.dedup_status.seacr_non_relaxed.12500
│ │ │ │ ├── replicate_id1_vs_control_id.dedup_status.seacr_non_stringent.12500
│ │ │ │ ├── replicate_id1_vs_control_id.dedup_status.seacr_norm_relaxed.12500
│ │ │ │ ├── replicate_id1_vs_control_id.dedup_status.seacr_norm_stringent.12500
│ │ │ │ ├── replicate_id2_vs_control_id.dedup_status.seacr_non_relaxed.12500
│ │ │ │ ├── replicate_id2_vs_control_id.dedup_status.seacr_non_stringent.12500
│ │ │ │ ├── replicate_id2_vs_control_id.dedup_status.seacr_norm_relaxed.12500
│ │ │ │ ├── replicate_id2_vs_control_id.dedup_status.seacr_norm_stringent.12500
│ │ └── peak_output
└── qc
├── fastqc_raw
└── fqscreen_raw