HW4 Sivtsev #21

OtterLawyer · 2023-10-01T07:19:05Z

Homework №4.

Merge Zoea1 fork with fork HW4_Sivtsev. Added 3 new functions: count_aa_length, count_nucl_length, protein_tools.

Update README.md

Edit READ.md add coursive

pavlovanadia · 2023-10-04T18:14:19Z

HW4_Sivtsev/protein_tools.py

+aminoacid_alphabet_1to3 = {'A': 'Ala', 'R': 'Arg', 'N': 'Asn', 'D': 'Asp', 'C': 'Cys', 
+							'Q': 'Gln', 'E': 'Glu', 'G': 'Gly', 'H': 'His', 'I': 'Ile', 
+							'L': 'Leu', 'K': 'Lys', 'M': 'Met', 'F': 'Phe', 'P': 'Pro', 
+							'S': 'Ser', 'T': 'Thr', 'W': 'Trp', 'Y': 'Tyr', 'V': 'Val'}
+
+molecular_mass = {'A': 89.094, 'R': 174.203, 'N': 132.119, 'D': 133.104, 'C': 121.154, 


Поскольку эти переменные являются константами, то их стоит назвать заглавными буквами

pavlovanadia · 2023-10-04T18:14:20Z

HW4_Sivtsev/protein_tools.py

+        bool if sequence is correct
+        ValueError('Please  check proteins sequences') if there were wrong symbols
+    """
+    aas = {'A', 'C', 'D', 'E', 'F', 'G', 'H', 'I', 'K', 'L', 'M', 'N', 'P', 'Q', 'R', 'S', 'T', 'V', 'W', 'Y'}


Стоит вынести как константу

pavlovanadia · 2023-10-04T18:14:21Z

HW4_Sivtsev/protein_tools.py

+    prot = prot.upper()
+    uniq_aas = set(prot)


Можжно в одну строку, чтобы память не забивать prot-ом

pavlovanadia · 2023-10-04T18:14:22Z

HW4_Sivtsev/protein_tools.py

+    aa_test = (uniq_aas <= aas)
+    if aa_test == 0:
+        raise ValueError('Please  check proteins sequences')
+    return True


Лучше использовать функционал множеств, и результат операции не записывать в отдельную переменную

Suggested change

aa_test = (uniq_aas <= aas)

if aa_test == 0:

raise ValueError('Please check proteins sequences')

return True

aa_test = (uniq_aas <= aas)

if uniq_aas.issubset(aas):

return True

else:

raise ValueError('Please check proteins sequences')

pavlovanadia · 2023-10-04T18:14:23Z

HW4_Sivtsev/protein_tools.py

+    if len(prot) > 0:
+        for i in prot:
+            if i in aminoacid_alphabet_1to3:
+                output += aminoacid_alphabet_1to3[i]
+            else:
+                raise ValueError('Input format: aminoacids in uppercase 1-letter symbols')
+    return output


Очень много уровней вложенности
У вас же есть проверка на то, является ли послед-ть белком, зачем внутри писать другую проверку, тем более итерируясь по каждой а\к отдельно? Довольно неоптимально
Тем более в главной фукнции вы эту проверку is_prot используете, у вас нет шанса при вызове этой функции выйти в ошибку, а строк вложенных написано много

pavlovanadia · 2023-10-04T18:14:24Z

HW4_Sivtsev/protein_tools.py

+    else:
+        for i in prot_seq:
+            output += prot.count(i) * molecular_mass[i]
+    output -= 18.0153*(len(prot)-1)


PEP8 грустит

Suggested change

output -= 18.0153*(len(prot)-1)

output -= 18.0153 * (len(prot) - 1)

pavlovanadia · 2023-10-04T18:14:25Z

HW4_Sivtsev/protein_tools.py

+     Return:
+      -int - the result of the count
+    """
+    return len(prot)*3


PEP8 грустит

Suggested change

return len(prot)*3

return len(prot) * 3

pavlovanadia · 2023-10-04T18:14:27Z

HW4_Sivtsev/protein_tools.py

+    Return: aa_content (dict) - dict of aminoacids and their quantity in protein
+    """
+
+    aas = 'ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY'


по идее должна быть как константа, более того, лучше уж сетом

pavlovanadia · 2023-10-04T18:14:28Z

HW4_Sivtsev/protein_tools.py

+    """
+
+    aas = 'ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY'
+    prot = prot.upper()


надо бы это делать в главной функции, а то в маленьких функциях то есть, то нет, и в целом это лучше в основной сделать до вызова нужной операции

pavlovanadia · 2023-10-04T18:14:29Z

HW4_Sivtsev/protein_tools.py

+    for i in range(len(prot)):
+        n = aas.index(prot[i])
+        aa_counter[n] += 1


Лучше через словарь

pavlovanadia · 2023-10-04T18:14:31Z

HW4_Sivtsev/protein_tools.py

+    Return: e (int) - result of counts: extinction coefficient at 280 nm
+
+    """
+    aa_cont_dict = count_aa_content(prot)


Здорово, что переиспользовали имеющуюся функцию!)

pavlovanadia · 2023-10-04T18:14:32Z

HW4_Sivtsev/protein_tools.py

+    W_number = aa_cont_dict.get('W')
+    Y_number = aa_cont_dict.get('Y')
+    C_number = aa_cont_dict.get('C')


С заглавной буквы переменные не надо называть

pavlovanadia · 2023-10-04T18:14:33Z

HW4_Sivtsev/protein_tools.py

+    if C_number == 0:
+        e = 5500 * W_number + 1490 * Y_number
+    else:
+        e = 5500 * W_number + 1490 * Y_number + 125*(C_number//2)


Но ведь это буквально одно и то же....

pavlovanadia · 2023-10-04T18:14:34Z

HW4_Sivtsev/protein_tools.py

+    return e
+
+
+def protein_tools (function : str, *prots : str) -> (int, list, str): 


Эх, а можно было бы операцию в конце указать, так было бы интереснее функцию писать....(

pavlovanadia · 2023-10-04T18:15:45Z

Неплохая работа!
Советую обратить внимание на константы, названия функций. Также помните, что есть код повторяется, то скорее всего, можно этого избежать, сделав его лучше.

Из текста README не очень понятно, как запускать программу, какое имя основной функции, какие аргументы, в каком количестве и порядке она принимает. Типы данных на вход и выход не указаны. Не очень user-friеndly.
Используйте функционал сетов, они хорошие!
Здорово, что у каждой функции есть типизация и докстринг!
Периодически в коде встречаются ненужные операции, или же ответвления, куда невозможно попасть
Структура репозитория нарушена: README находится не в папке проекта, а в папке домашнего задания, по идее, все файлы должны быть в папке с кодом
Классное фото команды!)

OtterLawyer and others added 15 commits October 1, 2023 13:46

Create protein_tools.py

b60aeb6

Restart

7a688d6

Add convert_1to3 function

087f75a

Add calculate molecular mass function

dca28bf

Add count_aa_length function

0bd2682

Add count_nucl_length function

b9796a3

Add main protein_tools function

2f36bfc

Merge pull request #1 from Zoea1/HW4_Sivsev

e40cc26

Merge Zoea1 fork with fork HW4_Sivtsev. Added 3 new functions: count_aa_length, count_nucl_length, protein_tools.

Add count protein content function

30b1dac

Add count_extinstion_280nm function

e144178

Add is_prot function

308432d

Fix calculate_mm function

215b45c

Update README.md

4403856

Merge pull request #2 from Zoea1/HW4_Sivsev

af2c60a

Update README.md

Update README.md

09005fd

Edit READ.md add coursive

pavlovanadia reviewed Oct 4, 2023

View reviewed changes

Provide feedback

Saved searches

Use saved searches to filter your results more quickly

HW4 Sivtsev #21

HW4 Sivtsev #21

OtterLawyer commented Oct 1, 2023

pavlovanadia Oct 4, 2023

pavlovanadia Oct 4, 2023

pavlovanadia Oct 4, 2023

pavlovanadia Oct 4, 2023

pavlovanadia Oct 4, 2023

pavlovanadia Oct 4, 2023

pavlovanadia Oct 4, 2023

pavlovanadia Oct 4, 2023

pavlovanadia Oct 4, 2023

pavlovanadia Oct 4, 2023

pavlovanadia Oct 4, 2023

pavlovanadia Oct 4, 2023

pavlovanadia Oct 4, 2023

pavlovanadia Oct 4, 2023

pavlovanadia commented Oct 4, 2023

	output -= 18.0153*(len(prot)-1)
	output -= 18.0153 * (len(prot) - 1)

		return e


		def protein_tools (function : str, *prots : str) -> (int, list, str):

HW4 Sivtsev #21

Are you sure you want to change the base?

HW4 Sivtsev #21

Conversation

OtterLawyer commented Oct 1, 2023

Choose a reason for hiding this comment

Choose a reason for hiding this comment

Choose a reason for hiding this comment

Choose a reason for hiding this comment

Choose a reason for hiding this comment

Choose a reason for hiding this comment

Choose a reason for hiding this comment

Choose a reason for hiding this comment

Choose a reason for hiding this comment

Choose a reason for hiding this comment

Choose a reason for hiding this comment

Choose a reason for hiding this comment

Choose a reason for hiding this comment

Choose a reason for hiding this comment

pavlovanadia commented Oct 4, 2023