HW4 Shtompel #23

anshtompel · 2023-10-01T09:52:38Z

No description provided.

Add README.md file and a part of protein_tools.py file.

Delete a unnecessary string in the list of global variables.

nvaulin

Привет!

❗️ Напоминание напомнить всем членам команды посмотреть фидбек.

Очень хорошая работа)

Понравились ваши идеи по работе с белками. Что-то совсем простое конечно, но есть прям креативные
Хороший README, но не хватило каких-нибудь примеров запуска которые можно прям скопировать и вставить. Когда используешь какую-то левую библиотеку всегда удобно на таких примерах проверить что у тебя все работает как надо. Инфа такая у вас конечно есть, но люди ленивые. Вот прям чтобы отдельно кодом вызов который можно скопировать и вставить.
Сообщения коммитов ок, но струткура не везде отличная. Где-то есть что прям куча всего одним коммитом добавлено. Это не оч хорошо.
По формату вывода написал еще ниже, что возможно стоило бы сделать словарем. Как минимум, если 1 белок на входе, то лучше вернуть 1 число/... (а не список из 1 числа)
Были какие то минорные замечания по оформлению. В целом все хорошо.
По структуре были функции с несколько похожим функционалом. В таком случае удобно делать одну внутренню функцию которая достает статистику в каком то очень подробном но неудобном виде. А потом эти функции лишь забирают из этой статистики то что им нужно

Баллы:

README 2.4/2.5
Операции работают, 5*1.5 = 7.5/7.5 (оценивал 5 лучших, т к в задании требовалось только 5)
За формат ввода и вывода -0.1
За некоторые избыточности в логике кода: -0.3
Итого: 9.5

Спасибо!

nvaulin · 2023-10-04T15:46:14Z

README.md

Зачем-ж вы с ним так:)

nvaulin · 2023-10-04T15:47:53Z

HW4_Shtompel/README.md

@@ -0,0 +1,50 @@
+# Protein_tools


Приятный хороший README! Вы все что нужно в целом расписали. Единственное, хорошо когда есть прям пример использования. Строчка кода которую можно прям сразу скопировать, вставить, и посмотреть какой будет вывод (и сравнить с тем что написано в README). Этого немного не хватает:)

nvaulin · 2023-10-04T15:50:18Z

HW4_Shtompel/README.md

+### Limitations and troubleshooting
+**Protein_tools** has several limitations that can raise the errors in the work of the program. Here are some of them:
+1. **Protein_Tools** works only with protein sequences that contains letters of Latin alphabet (the case is not important); also every aminoacid should be coded by one letter. If there are other symbols in the sequence, the tool raise `ValueError` *"One of these sequences is not protein sequence or does not match the rools of input. Please select another sequence."*. In this case you should check if there are punctuation marks, spaces or some other symbols in your sequence.
+2. Be careful to work only with the sequences that contain aminoacids that coded with one letter. If your sequense is "SerMetAlaGly", **Protein_tools** reads it as "SERMETALAGLY".


Очень хорошее замечение! Было бы здорово в версии 2.0 ввести поодержку трехбуквенной кодировки (полушутка).
Но, ведь правда, мне кажется сходну почти все помнят 3буквенную и не всё помнят из 1буквенной

nvaulin · 2023-10-04T15:50:32Z

HW4_Shtompel/README.md

+1. **Protein_Tools** works only with protein sequences that contains letters of Latin alphabet (the case is not important); also every aminoacid should be coded by one letter. If there are other symbols in the sequence, the tool raise `ValueError` *"One of these sequences is not protein sequence or does not match the rools of input. Please select another sequence."*. In this case you should check if there are punctuation marks, spaces or some other symbols in your sequence.
+2. Be careful to work only with the sequences that contain aminoacids that coded with one letter. If your sequense is "SerMetAlaGly", **Protein_tools** reads it as "SERMETALAGLY".
+3. The list of available functions is available in section "Options". If you see `ValueError` *"This procedure is not available. Please choose another procedure."*, probably your spelling of the name of function is incorrect. Please check the name of chosen prosedure and make sure that it is available in the **Protein_Tools**.
+


nvaulin · 2023-10-04T15:50:53Z

HW4_Shtompel/pre-commit

Ну это тут наверное не нужно

nvaulin · 2023-10-04T16:44:36Z

HW4_Shtompel/protein_tools.py

+             'count_charge': count_charge}
+
+
+def protein_tools(*args: str) -> list:


Suggested change

def protein_tools(*args: str) -> list:

def run_protein_tools(*args: str) -> list:

nvaulin · 2023-10-04T16:44:51Z

HW4_Shtompel/protein_tools.py

+
+
+def protein_tools(*args: str) -> list:
+    """


йо-о, прям мощная докстринга!

nvaulin · 2023-10-04T16:45:56Z

HW4_Shtompel/protein_tools.py

+    operation = args[-1]
+    parsed_seq_list = []
+    for seq in args[0:-1]:


Лучше по другому сделайте аргументы. То как было в ДЗ 3 н самом деле не очень удобно. Пусть белки принимаются либо позиционно либо даже одним списком, а вот операция будет именованным. Чтобы это все было не в одной куче, а отдельно.

nvaulin · 2023-10-04T16:46:27Z

HW4_Shtompel/protein_tools.py

+        if not is_protein(seq):
+            raise ValueError("One of these sequences is not protein sequence or does not match the rools of input. Please select another sequence.")


Вот это красиво выглядит:)

nvaulin · 2023-10-04T16:47:11Z

HW4_Shtompel/protein_tools.py

+                parsed_seq_list.append(OPERATIONS[operation](seq))
+            else:
+                raise ValueError("This procedure is not available. Please choose another procedure.")
+    return parsed_seq_list


Можно кстати тут возвращать не список, а словарь. Ключ - это белок из ввода, а значение - это результат работы программы. Но это чисто как идея, и так тоже хорошо

Анастасия Штомпель and others added 12 commits October 1, 2023 00:25

create operation functions

7d942f7

Add README.md file and a part of protein_tools.py file.

2eb2ff2

Merge pull request #1 from e-chevokina/main

f3f7002

Add README.md file and a part of protein_tools.py file.

Update README.md

9125a08

modify HW4 directory

380cee3

Delete hw4_python.py

81b386f

Delete external README.md

4fc5771

add new functions, check for mistakes

0aae778

update docstring protein_tools

9d4123f

Update README.md

dc34a87

Update protein_tools.py

7c346f2

Update protein_tools.py

ec74fd9

Delete a unnecessary string in the list of global variables.

nvaulin reviewed Oct 4, 2023

View reviewed changes

Provide feedback

Saved searches

Use saved searches to filter your results more quickly

HW4 Shtompel #23

HW4 Shtompel #23

anshtompel commented Oct 1, 2023

nvaulin left a comment

nvaulin Oct 4, 2023

nvaulin Oct 4, 2023

nvaulin Oct 4, 2023

nvaulin Oct 4, 2023

nvaulin Oct 4, 2023

nvaulin Oct 4, 2023

nvaulin Oct 4, 2023

nvaulin Oct 4, 2023

nvaulin Oct 4, 2023

nvaulin Oct 4, 2023

		'count_charge': count_charge}


		def protein_tools(*args: str) -> list:

	def protein_tools(*args: str) -> list:
	def run_protein_tools(*args: str) -> list:

		if not is_protein(seq):
		raise ValueError("One of these sequences is not protein sequence or does not match the rools of input. Please select another sequence.")

HW4 Shtompel #23

Are you sure you want to change the base?

HW4 Shtompel #23

Conversation

anshtompel commented Oct 1, 2023

nvaulin left a comment

Choose a reason for hiding this comment

Баллы:

Choose a reason for hiding this comment

Choose a reason for hiding this comment

Choose a reason for hiding this comment

Choose a reason for hiding this comment

Choose a reason for hiding this comment

Choose a reason for hiding this comment

Choose a reason for hiding this comment

Choose a reason for hiding this comment

Choose a reason for hiding this comment

Choose a reason for hiding this comment