Hw4 smertina #7
Hw4 smertina #7
Conversation
Hw4 smertina
Update README.md
Add run_protein_tool function
Update the main function
Add more details about find_motifs function
Fix the main function
There was a problem hiding this comment.
В целом неплохо!
Основные моменты:
- ридми тоже нужно было сделать в папке HW4
- импорты всегда должны быть сверху файла
- Между функцией и докстрокой не надо делать перенос строки. Также не надо его делать в конце докстроки. То есть вместо вот этого:
def func(...):
"""
text
"""просто вот так:
def func(...):
"""
text
"""| three_letter_aa += aa_code_dict[aa] | ||
| return three_letter_aa | ||
|
|
||
| from typing import Optional |
There was a problem hiding this comment.
Все импорты должны быть сверху файла ))
| elif function == 'find_motifs': | ||
| results.append(find_motifs(seq, motif)) | ||
| if len(results) == 1: | ||
| results = results[0] |
| if unique_chars <= single_letter: | ||
| seq = 'single_letter_prot_seq' | ||
|
|
||
| else: | ||
| raise ValueError("Invalid Input") | ||
| return seq |
There was a problem hiding this comment.
Если у вас тут идет проверка только на валидность (что передали однобуквенную последовательность), то лучше вернуть тут bool (True/False)
|
|
||
| 1. Посмотрите состав своей команды здесь ([**ССЫЛКА**](https://docs.google.com/spreadsheets/d/1KMBBBu8LqauRpDJb0v1ldPwpvzNn8-KakcHexAcqLsE/edit?usp=sharing)). | ||
| 2. Тимлид делает форк данного репозитория. **В форке создает ветку `HW4_<surname>`, в ветке создает папку `HW4_<surname>`, в этой папке вы всё делаете.** |
There was a problem hiding this comment.
По заданию, собственно, нужно было ридми делать в папке HW4_ ))
|
|
||
| """ | ||
|
|
||
| # Словарь для хранения частоты аминокислот |
| 'T':119, 't':119, 'W':204, 'w':204, 'Y':181, 'y':181, 'V':117, 'v':117} | ||
| water_mw = 18 | ||
| for aa in list_input_seq: | ||
| total_mw = sum(aa_weight_dict[a] for a in list_input_seq) |
There was a problem hiding this comment.
Зачем это тут?
То есть проходя по аминокислотам мы буквально каждый раз должны считать эту сумму (проходя по аминокислотам) )))
Почему бы не вынести было это до цикла for?
(Говоря на алгоритмическом, это вот уже вообще O(N**2) )
| 'M':149, 'm':149, 'F':165, 'f':165, 'P':115, 'p':115, 'S':105, 's':105, | ||
| 'T':119, 't':119, 'W':204, 'w':204, 'Y':181, 'y':181, 'V':117, 'v':117} | ||
| water_mw = 18 | ||
| for aa in list_input_seq: |
There was a problem hiding this comment.
Ну и еще один вопрос по циклу ... а зачем он тут вообще нужен, если ниже вот эта aa вообще никак не используется? 0_0
То есть буквально:
water_mw = 18
total_mw = sum(aa_weight_dict[a] for a in seq)
return total_mw - water_mw * (len(seq) - 1)| - str, a 3-letter coded protein sequence without spaces | ||
|
|
||
| """ | ||
| if check_protein_seq(seq) == 'single_letter_prot_seq': |
There was a problem hiding this comment.
Та же история. Тут эта проверка не нужна, раз функций только это и возвращает ))
| aa_code_dict = {'C':'Cys', 'c':'Cys', 'D':'Asp', 'd':'Asp', 'S':'Ser', 's':'Ser', 'Q':'Gln', 'q':'Gln', | ||
| 'K':'Lys', 'k':'Lys', 'I':'Ile', 'i':'Ile', 'P':'Pro', 'p':'Pro', 'T':'Thr', 't':'Thr', | ||
| 'F':'Phe', 'f':'Phe', 'N':'Asn', 'n':'Asn', 'G':'Gly', 'g':'Gly', 'H':'His', 'h':'His', | ||
| 'L':'Leu', 'l':'Leu', 'R':'Arg', 'r':'Arg', 'W':'Trp', 'w':'Trp', 'A':'Ala', 'a':'Ala', | ||
| 'V':'Val', 'v':'Val', 'E':'Glu', 'e':'Glu', 'Y':'Tyr', 'y':'Tyr', 'M':'Met', 'm':'Met'} |
There was a problem hiding this comment.
Это тоже бы вынести как константу в начало
| 'L':'Leu', 'l':'Leu', 'R':'Arg', 'r':'Arg', 'W':'Trp', 'w':'Trp', 'A':'Ala', 'a':'Ala', | ||
| 'V':'Val', 'v':'Val', 'E':'Glu', 'e':'Glu', 'Y':'Tyr', 'y':'Tyr', 'M':'Met', 'm':'Met'} | ||
|
|
||
| three_letter_aa = '' |
HW4 Elena Smertina and Natalia Erofeeva