4.输出格式及格式转换

loop文件

最关键的结果文件，格式如下：

列名	说明
loopId	loop的ID，例如chr1-chr1-1
ES	loop的富集值，是loop中观测的PETs与周边相同大小区域的平均PETs的比值
FDR	loop的FDR值
binomal_p-value	binomal test的p值
distance	loop的anchors中心点距离
hypergeometric_p-value	hypergemetric test中的p值
iva	anchor A的基因组区域，例如chr1:5000-10000
ivb	anchor B的基因组区域
poisson_p-value	poisson test中的p值
ra	在anchor A区域中的单端reads数量
rab	loop中的PET数量
rb	在anchor B区域中的单端reads数量
poisson_p-value_corrected	poisson test中修正的p值
binomal_p-value_corrected	binomal test中修正的p值
hypergeometric_p-value_corrected	hypergemetric test中修正的p值
significant	loop显著值，1.0是显著的，0.0是不显著的

文件转化

我们可能需要将.loop文件转化成BED，BEDPE格式，我们可以选择其中的iva,ivb直接分解转化相应的BED，BEDPE格式。或是选项中-j 1的时候，带有juicebox.txt后缀名文件的前六列即可当做一个bedpe文件，然后使用bedtools等进行和其他数据得比较。

其他输出文件

文件类型	意义
.jd	PETs二维坐标的二进制储存文件，可用于jd2washU或者jd2juicer，可以使用joblib.load直接读取
disCutoff.pdf	相应eps下，self-ligation和inter-ligation的PETs距离分布示意图，可以根据此图判断设定的eps是否合适
juicebox.txt	可用juiceBox中显示loops
washU.txt	可用于washU epigenome browser中显示loops