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revdep checks
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@larmarange
larmarange committed Jan 2, 2025
1 parent af00bfe commit fabf658
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Showing 4 changed files with 201 additions and 101 deletions.
15 changes: 10 additions & 5 deletions cran-comments.md
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Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -13,24 +13,27 @@ cf. https://github.com/larmarange/broom.helpers/actions/workflows/R-CMD-check.ya

## revdepcheck results

We checked 13 reverse dependencies (12 from CRAN + 1 from Bioconductor), comparing R CMD check results across CRAN and dev versions of this package.
We checked 14 reverse dependencies (13 from CRAN + 1 from Bioconductor), comparing R CMD check results across CRAN and dev versions of this package.

* We saw 0 new problems
* We failed to check 1 packages
* We failed to check 4 packages

Issues with CRAN packages are summarised below.

### Failed to check

* cardx (NA)
* gtsummary (NA)
* mmrm (NA)
* smdi (NA)

## recheck GitHub action

------- Check results summary ------
Check status summary:
OK
Source packages 1
Reverse depends 13
NOTE OK
Source packages 0 1
Reverse depends 1 13

Check results summary:
broom.helpers ... OK
Expand All @@ -42,6 +45,8 @@ rdepends_gtreg ... OK
rdepends_gtsummary ... OK
rdepends_iNZightRegression ... OK
rdepends_logitr ... OK
rdepends_mmrm ... NOTE
* checking installed package size ... NOTE
rdepends_pubh ... OK
rdepends_regport ... OK
rdepends_simstudy ... OK
Expand Down
113 changes: 58 additions & 55 deletions revdep/README.md
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -1,68 +1,71 @@
# Platform

|field |value |
|:--------|:------------------------------------------------|
|version |R version 4.4.1 (2024-06-14 ucrt) |
|os |Windows 11 x64 (build 22631) |
|system |x86_64, mingw32 |
|ui |RStudio |
|language |(EN) |
|collate |French_France.utf8 |
|ctype |French_France.utf8 |
|tz |Europe/Paris |
|date |2024-08-28 |
|rstudio |2023.12.1+402 Ocean Storm (desktop) |
|pandoc |3.1.11 @ C:\PROGRA~1\Quarto\bin\tools\pandoc.exe |
|field |value |
|:--------|:-------------------------------------|
|version |R version 4.4.1 (2024-06-14 ucrt) |
|os |Windows 11 x64 (build 26100) |
|system |x86_64, mingw32 |
|ui |RStudio |
|language |(EN) |
|collate |French_France.utf8 |
|ctype |French_France.utf8 |
|tz |Europe/Paris |
|date |2025-01-02 |
|rstudio |2024.12.0+467 Kousa Dogwood (desktop) |
|pandoc |NA |

# Dependencies

|package |old |new |Δ |
|:-------------|:------|:-----------|:--|
|broom.helpers |1.16.0 |1.16.0.9000 |* |
|backports |1.5.0 |1.5.0 | |
|bit |4.0.5 |4.0.5 | |
|bit64 |4.0.5 |4.0.5 | |
|broom |1.0.6 |1.0.6 | |
|cards |NA |0.2.1 |* |
|cli |3.6.3 |3.6.3 | |
|clipr |0.8.0 |0.8.0 | |
|cpp11 |0.5.0 |0.5.0 | |
|crayon |1.5.3 |1.5.3 | |
|dplyr |1.1.4 |1.1.4 | |
|fansi |1.0.6 |1.0.6 | |
|forcats |1.0.0 |1.0.0 | |
|generics |0.1.3 |0.1.3 | |
|glue |1.7.0 |1.7.0 | |
|haven |2.5.4 |2.5.4 | |
|hms |1.1.3 |1.1.3 | |
|labelled |2.13.0 |2.13.0 | |
|lifecycle |1.0.4 |1.0.4 | |
|magrittr |2.0.3 |2.0.3 | |
|pillar |1.9.0 |1.9.0 | |
|pkgconfig |2.0.3 |2.0.3 | |
|prettyunits |1.2.0 |1.2.0 | |
|progress |1.2.3 |1.2.3 | |
|purrr |1.0.2 |1.0.2 | |
|R6 |2.5.1 |2.5.1 | |
|readr |2.1.5 |2.1.5 | |
|rlang |1.1.4 |1.1.4 | |
|stringi |1.8.4 |1.8.4 | |
|stringr |1.5.1 |1.5.1 | |
|tibble |3.2.1 |3.2.1 | |
|tidyr |1.3.1 |1.3.1 | |
|tidyselect |1.2.1 |1.2.1 | |
|tzdb |0.4.0 |0.4.0 | |
|utf8 |1.2.4 |1.2.4 | |
|vctrs |0.6.5 |0.6.5 | |
|vroom |1.6.5 |1.6.5 | |
|withr |3.0.1 |3.0.1 | |
|package |old |new |Δ |
|:-------------|:-------|:-----------|:--|
|broom.helpers |1.17.0 |1.17.0.9000 |* |
|backports |1.5.0 |1.5.0 | |
|bit |4.5.0.1 |4.5.0.1 | |
|bit64 |4.5.2 |4.5.2 | |
|broom |1.0.7 |1.0.7 | |
|cards |0.4.0 |0.4.0 | |
|cli |3.6.3 |3.6.3 | |
|clipr |0.8.0 |0.8.0 | |
|cpp11 |0.5.1 |0.5.1 | |
|crayon |1.5.3 |1.5.3 | |
|dplyr |1.1.4 |1.1.4 | |
|fansi |1.0.6 |1.0.6 | |
|forcats |1.0.0 |1.0.0 | |
|generics |0.1.3 |0.1.3 | |
|glue |1.8.0 |1.8.0 | |
|haven |2.5.4 |2.5.4 | |
|hms |1.1.3 |1.1.3 | |
|labelled |2.13.0 |2.13.0 | |
|lifecycle |1.0.4 |1.0.4 | |
|magrittr |2.0.3 |2.0.3 | |
|pillar |1.10.0 |1.10.0 | |
|pkgconfig |2.0.3 |2.0.3 | |
|prettyunits |1.2.0 |1.2.0 | |
|progress |1.2.3 |1.2.3 | |
|purrr |1.0.2 |1.0.2 | |
|R6 |2.5.1 |2.5.1 | |
|readr |2.1.5 |2.1.5 | |
|rlang |1.1.4 |1.1.4 | |
|stringi |1.8.4 |1.8.4 | |
|stringr |1.5.1 |1.5.1 | |
|tibble |3.2.1 |3.2.1 | |
|tidyr |1.3.1 |1.3.1 | |
|tidyselect |1.2.1 |1.2.1 | |
|tzdb |0.4.0 |0.4.0 | |
|utf8 |1.2.4 |1.2.4 | |
|vctrs |0.6.5 |0.6.5 | |
|vroom |1.6.5 |1.6.5 | |
|withr |3.0.2 |3.0.2 | |

# Revdeps

## Failed to check (2)
## Failed to check (5)

|package |version |error |warning |note |
|:---------|:-------|:-----|:-------|:----|
|gtsummary |2.0.1 |1 | | |
|cardx |0.2.2 |1 | | |
|gtsummary |2.0.4 |1 | | |
|mmrm |0.3.14 |1 | |1 |
|simstudy |? | | | |
|smdi |0.3.1 |2 | | |

7 changes: 5 additions & 2 deletions revdep/cran.md
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -1,12 +1,15 @@
## revdepcheck results

We checked 13 reverse dependencies (12 from CRAN + 1 from Bioconductor), comparing R CMD check results across CRAN and dev versions of this package.
We checked 14 reverse dependencies (13 from CRAN + 1 from Bioconductor), comparing R CMD check results across CRAN and dev versions of this package.

* We saw 0 new problems
* We failed to check 1 packages
* We failed to check 4 packages

Issues with CRAN packages are summarised below.

### Failed to check

* cardx (NA)
* gtsummary (NA)
* mmrm (NA)
* smdi (NA)
167 changes: 128 additions & 39 deletions revdep/failures.md
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -1,12 +1,31 @@
# cardx

<details>

* Version: 0.2.2
* GitHub: https://github.com/insightsengineering/cardx
* Source code: https://github.com/cran/cardx
* Date/Publication: 2024-11-27 17:20:02 UTC
* Number of recursive dependencies: 125

Run `revdepcheck::revdep_details(, "cardx")` for more info

</details>

## In both

* R CMD check timed out


# gtsummary

<details>

* Version: 2.0.1
* Version: 2.0.4
* GitHub: https://github.com/ddsjoberg/gtsummary
* Source code: https://github.com/cran/gtsummary
* Date/Publication: 2024-08-18 00:10:02 UTC
* Number of recursive dependencies: 195
* Date/Publication: 2024-11-30 18:40:02 UTC
* Number of recursive dependencies: 186

Run `revdepcheck::revdep_details(, "gtsummary")` for more info

Expand All @@ -17,6 +36,32 @@ Run `revdepcheck::revdep_details(, "gtsummary")` for more info
* R CMD check timed out


# mmrm

<details>

* Version: 0.3.14
* GitHub: https://github.com/openpharma/mmrm
* Source code: https://github.com/cran/mmrm
* Date/Publication: 2024-09-27 23:30:01 UTC
* Number of recursive dependencies: 176

Run `revdepcheck::revdep_details(, "mmrm")` for more info

</details>

## In both

* R CMD check timed out


* checking installed package size ... NOTE
```
installed size is 6.2Mb
sub-directories of 1Mb or more:
libs 4.5Mb
```
# simstudy
<details>
Expand All @@ -33,27 +78,27 @@ Run `revdepcheck::revdep_details(, "gtsummary")` for more info
### Devel
```

Des versions binaires sont disponibles mais les versions des sources
sont plus récentes:
binary source needs_compilation
MASS 7.3-61 7.3-63 TRUE
nnet 7.3-19 7.3-20 TRUE

Binaries will be installed
le package 'abind' a été décompressé et les sommes MD5 ont été vérifiées avec succés
le package 'askpass' a été décompressé et les sommes MD5 ont été vérifiées avec succés
le package 'backports' a été décompressé et les sommes MD5 ont été vérifiées avec succés
le package 'base64enc' a été décompressé et les sommes MD5 ont été vérifiées avec succés
le package 'BH' a été décompressé et les sommes MD5 ont été vérifiées avec succés
le package 'bigD' a été décompressé et les sommes MD5 ont été vérifiées avec succés
le package 'bigmemory' a été décompressé et les sommes MD5 ont été vérifiées avec succés
le package 'bigmemory.sri' a été décompressé et les sommes MD5 ont été vérifiées avec succés
le package 'bit' a été décompressé et les sommes MD5 ont été vérifiées avec succés
le package 'bit64' a été décompressé et les sommes MD5 ont été vérifiées avec succés
...
le package 'viridis' a été décompressé et les sommes MD5 ont été vérifiées avec succés
le package 'viridisLite' a été décompressé et les sommes MD5 ont été vérifiées avec succés
le package 'vroom' a été décompressé et les sommes MD5 ont été vérifiées avec succés
le package 'waldo' a été décompressé et les sommes MD5 ont été vérifiées avec succés
le package 'withr' a été décompressé et les sommes MD5 ont été vérifiées avec succés
le package 'xfun' a été décompressé et les sommes MD5 ont été vérifiées avec succés
le package 'xml2' a été décompressé et les sommes MD5 ont été vérifiées avec succés
le package 'xtable' a été décompressé et les sommes MD5 ont été vérifiées avec succés
le package 'yaml' a été décompressé et les sommes MD5 ont été vérifiées avec succés
le package 'zoo' a été décompressé et les sommes MD5 ont été vérifiées avec succés
le package 'prettyunits' a été décompressé et les sommes MD5 ont été vérifiées avec succés
le package 'processx' a été décompressé et les sommes MD5 ont été vérifiées avec succés
le package 'progress' a été décompressé et les sommes MD5 ont été vérifiées avec succés
le package 'ps' a été décompressé et les sommes MD5 ont été vérifiées avec succés
le package 'purrr' a été décompressé et les sommes MD5 ont été vérifiées avec succés
le package 'quantreg' a été décompressé et les sommes MD5 ont été vérifiées avec succés
le package 'R6' a été décompressé et les sommes MD5 ont été vérifiées avec succés
le package 'rappdirs' a été décompressé et les sommes MD5 ont été vérifiées avec succés
le package 'RColorBrewer' a été décompressé et les sommes MD5 ont été vérifiées avec succés
le package 'Rcpp' a été décompressé et les sommes MD5 ont été vérifiées avec succés



Expand All @@ -63,30 +108,74 @@ le package 'zoo' a été décompressé et les sommes MD5 ont été vérifiées a
### CRAN
```

Des versions binaires sont disponibles mais les versions des sources
sont plus récentes:
binary source needs_compilation
MASS 7.3-61 7.3-63 TRUE
nnet 7.3-19 7.3-20 TRUE

Binaries will be installed
le package 'abind' a été décompressé et les sommes MD5 ont été vérifiées avec succés
le package 'askpass' a été décompressé et les sommes MD5 ont été vérifiées avec succés
le package 'backports' a été décompressé et les sommes MD5 ont été vérifiées avec succés
le package 'base64enc' a été décompressé et les sommes MD5 ont été vérifiées avec succés
le package 'BH' a été décompressé et les sommes MD5 ont été vérifiées avec succés
le package 'bigD' a été décompressé et les sommes MD5 ont été vérifiées avec succés
le package 'bigmemory' a été décompressé et les sommes MD5 ont été vérifiées avec succés
le package 'bigmemory.sri' a été décompressé et les sommes MD5 ont été vérifiées avec succés
le package 'bit' a été décompressé et les sommes MD5 ont été vérifiées avec succés
le package 'bit64' a été décompressé et les sommes MD5 ont été vérifiées avec succés
...
le package 'viridis' a été décompressé et les sommes MD5 ont été vérifiées avec succés
le package 'viridisLite' a été décompressé et les sommes MD5 ont été vérifiées avec succés
le package 'vroom' a été décompressé et les sommes MD5 ont été vérifiées avec succés
le package 'waldo' a été décompressé et les sommes MD5 ont été vérifiées avec succés
le package 'withr' a été décompressé et les sommes MD5 ont été vérifiées avec succés
le package 'xfun' a été décompressé et les sommes MD5 ont été vérifiées avec succés
le package 'xml2' a été décompressé et les sommes MD5 ont été vérifiées avec succés
le package 'xtable' a été décompressé et les sommes MD5 ont été vérifiées avec succés
le package 'yaml' a été décompressé et les sommes MD5 ont été vérifiées avec succés
le package 'zoo' a été décompressé et les sommes MD5 ont été vérifiées avec succés
le package 'prettyunits' a été décompressé et les sommes MD5 ont été vérifiées avec succés
le package 'processx' a été décompressé et les sommes MD5 ont été vérifiées avec succés
le package 'progress' a été décompressé et les sommes MD5 ont été vérifiées avec succés
le package 'ps' a été décompressé et les sommes MD5 ont été vérifiées avec succés
le package 'purrr' a été décompressé et les sommes MD5 ont été vérifiées avec succés
le package 'quantreg' a été décompressé et les sommes MD5 ont été vérifiées avec succés
le package 'R6' a été décompressé et les sommes MD5 ont été vérifiées avec succés
le package 'rappdirs' a été décompressé et les sommes MD5 ont été vérifiées avec succés
le package 'RColorBrewer' a été décompressé et les sommes MD5 ont été vérifiées avec succés
le package 'Rcpp' a été décompressé et les sommes MD5 ont été vérifiées avec succés





```
# smdi
<details>
* Version: 0.3.1
* GitHub: NA
* Source code: https://github.com/cran/smdi
* Date/Publication: 2024-10-04 07:10:02 UTC
* Number of recursive dependencies: 217
Run `revdepcheck::revdep_details(, "smdi")` for more info
</details>
## In both
* checking running R code from vignettes ...
```
'a_data_generation.Rmd' using 'UTF-8'... failed
'b_routine_diagnostics.Rmd' using 'UTF-8'... failed
'c_multivariate_missingness.Rmd' using 'UTF-8'... OK
'd_narfcs_sensitivity_analysis.Rmd' using 'UTF-8'... OK
'smdi.Rmd' using 'UTF-8'... OK
ERROR
Errors in running code in vignettes:
when running code in 'a_data_generation.Rmd'
...
redémarrage de l'évaluation d'une promesse interrompue
...
here() starts at C:/Users/josep/AppData/Local/Temp/Rtmp65DrD4/file7f4421a344be/vignettes
> library(knitr)
Avis : le package 'knitr' a été compilé avec la version R 4.4.2
> include_graphics(here("vignettes", "smdi_diagnose_table.png"))
When sourcing 'b_routine_diagnostics.R':
Erreur : Cannot find the file(s): "C:/Users/josep/AppData/Local/Temp/Rtmp65DrD4/file7f4421a344be/vignettes/vignettes/smdi_diagnose_table.png"
Exécution arrêtée
```
* R CMD check timed out

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