Skip to content
New issue

Have a question about this project? Sign up for a free GitHub account to open an issue and contact its maintainers and the community.

Sign up for GitHub

By clicking “Sign up for GitHub”, you agree to our terms of service and privacy statement. We’ll occasionally send you account related emails.

Already on GitHub? Sign in to your account

Apply code style rules to soss_extract #9156

Merged
merged 10 commits into from
Feb 10, 2025
Merged

Apply code style rules to soss_extract #9156

Show file tree
Hide file tree
Changes from all commits
Commits
Show all changes
10 commits
Select commit Hold shift + click to select a range
af3da26
Add style to atoca, atoca_utils, and soss_extract
emolter Feb 7, 2025
6159a6e
Merge branch 'main' of https://github.com/spacetelescope/jwst into JP…
emolter Feb 7, 2025
ee05386
Add style to the rest of soss_extract
emolter Feb 7, 2025
decacb7
fix failing unit test
emolter Feb 7, 2025
429ef21
Merge branch 'main' of https://github.com/spacetelescope/jwst into JP…
emolter Feb 7, 2025
d4541e3
Merge branch 'main' of https://github.com/spacetelescope/jwst into JP…
emolter Feb 10, 2025
9198392
delete instead of comment ruff ignores lines
emolter Feb 10, 2025
e73217d
fixes from Melanie review
emolter Feb 10, 2025
da00fc2
Merge branch 'main' of https://github.com/spacetelescope/jwst into JP…
emolter Feb 10, 2025
c8517b9
revert extended description of JWST kernel
emolter Feb 10, 2025
File filter

Filter by extension

Filter by extension
Conversations
Failed to load comments.
Loading
Jump to
Jump to file
Failed to load files.
Loading
Diff view
Diff view
10 changes: 9 additions & 1 deletion .pre-commit-config.yaml
View file
Open in desktop
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -50,7 +50,15 @@ repos:
jwst/emicorr/.* |
jwst/engdblog/.* |
jwst/exp_to_source/.* |
jwst/extract_1d/.* |
jwst/extract_1d/apply_apcorr.py |
jwst/extract_1d/extract.py |
jwst/extract_1d/extract1d.py |
jwst/extract_1d/extract_1d_step.py |
jwst/extract_1d/ifu.py |
jwst/extract_1d/psf_profile.py |
jwst/extract_1d/source_location.py |
jwst/extract_1d/spec_wcs.py |
jwst/extract_1d/tests/conftest.py |
jwst/extract_2d/.* |
jwst/firstframe/.* |
jwst/flatfield/.* |
Expand Down
34 changes: 2 additions & 32 deletions .ruff.toml
View file
Open in desktop
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -22,26 +22,20 @@ exclude = [
"jwst/__init__.py",
"jwst/conftest.py",
"pytest_jwst/**.py",
# "jwst/ami/**.py",
# "jwst/assign_mtwcs/**.py",
"jwst/assign_wcs/**.py",
"jwst/associations/**.py",
"jwst/background/**.py",
# "jwst/badpix_selfcal/**.py",
# "jwst/barshadow/**.py",
"jwst/charge_migration/**.py",
# "jwst/clean_flicker_noise/**.py",
"jwst/combine_1d/**.py",
"jwst/coron/**.py",
"jwst/cube_build/**.py",
"jwst/cube_skymatch/**.py",
"jwst/dark_current/**.py",
# "jwst/datamodels/**.py",
"jwst/dq_init/**.py",
"jwst/emicorr/**.py",
"jwst/engdblog/**.py",
"jwst/exp_to_source/**.py",
"jwst/extract_1d/**.py",
"jwst/extract_1d/{apply_apcorr.py,extract1d.py,ifu.py,spec_wcs.py,extract.py,extract_1d_step.py,psf_profile.py,source_location.py,tests/conftest.py}",
"jwst/extract_2d/**.py",
"jwst/firstframe/**.py",
"jwst/flatfield/**.py",
Expand All @@ -52,20 +46,15 @@ exclude = [
"jwst/imprint/**.py",
"jwst/ipc/**.py",
"jwst/jump/**.py",
# "jwst/lastframe/**.py",
"jwst/lib/**.py",
"jwst/linearity/**.py",
"jwst/master_background/**.py",
"jwst/model_blender/**.py",
"jwst/mrs_imatch/**.py",
# "jwst/msaflagopen/**.py",
# "jwst/nsclean/**.py",
# "jwst/outlier_detection/**.py",
"jwst/pathloss/**.py",
"jwst/persistence/**.py",
"jwst/photom/**.py",
"jwst/pipeline/**.py",
# "jwst/pixel_replace/**.py",
"jwst/ramp_fitting/**.py",
"jwst/refpix/**.py",
"jwst/regtest/**.py",
Expand All @@ -76,18 +65,14 @@ exclude = [
"jwst/saturation/**.py",
"jwst/scripts/**.py",
"jwst/skymatch/**.py",
# "jwst/source_catalog/**.py",
"jwst/spectral_leak/**.py",
"jwst/srctype/**.py",
# "jwst/stpipe/**.py",
"jwst/straylight/**.py",
"jwst/superbias/**.py",
"jwst/tests/**.py",
"jwst/tso_photometry/**.py",
# "jwst/tweakreg/**.py",
"jwst/wavecorr/**.py",
"jwst/wfs_combine/**.py",
# "jwst/wfss_contam/**.py",
"jwst/white_light/**.py",
]

Expand Down Expand Up @@ -152,26 +137,20 @@ ignore-fully-untyped = true # Turn of annotation checking for fully untyped cod
"jwst/__init__.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
"jwst/conftest.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
"pytest_jwst/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
# "jwst/ami/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
# "jwst/assign_mtwcs/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
"jwst/assign_wcs/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
"jwst/associations/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
"jwst/background/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
# "jwst/badpix_selfcal/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
# "jwst/barshadow/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
"jwst/charge_migration/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
# "jwst/clean_flicker_noise/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
"jwst/combine_1d/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
"jwst/coron/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
"jwst/cube_build/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
"jwst/cube_skymatch/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
"jwst/dark_current/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
# "jwst/datamodels/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
"jwst/dq_init/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
"jwst/emicorr/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
"jwst/engdblog/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
"jwst/exp_to_source/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
"jwst/extract_1d/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
"jwst/extract_1d/{apply_apcorr.py,extract1d.py,ifu.py,spec_wcs.py,extract.py,extract_1d_step.py,psf_profile.py,source_location.py,tests/conftest.py}" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
"jwst/extract_2d/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
"jwst/firstframe/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
"jwst/flatfield/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
Expand All @@ -182,20 +161,15 @@ ignore-fully-untyped = true # Turn of annotation checking for fully untyped cod
"jwst/imprint/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
"jwst/ipc/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
"jwst/jump/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
#"jwst/lastframe/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH"#, "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
"jwst/lib/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
"jwst/linearity/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
"jwst/master_background/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
"jwst/model_blender/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
"jwst/mrs_imatch/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
# "jwst/msaflagopen/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
# "jwst/nsclean/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
# "jwst/outlier_detection/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
"jwst/pathloss/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
"jwst/persistence/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
"jwst/photom/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
"jwst/pipeline/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
# "jwst/pixel_replace/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
"jwst/ramp_fitting/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
"jwst/refpix/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
"jwst/regtest/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
Expand All @@ -206,16 +180,12 @@ ignore-fully-untyped = true # Turn of annotation checking for fully untyped cod
"jwst/saturation/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
"jwst/scripts/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
"jwst/skymatch/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
# "jwst/source_catalog/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
"jwst/spectral_leak/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
"jwst/srctype/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
# "jwst/stpipe/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
"jwst/straylight/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
"jwst/superbias/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
"jwst/tests/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
"jwst/tso_photometry/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
# "jwst/tweakreg/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
"jwst/wavecorr/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
"jwst/wfs_combine/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
# "jwst/wfss_contam/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
"jwst/white_light/**.py" = ["D", "N", "A", "ARG", "B", "C4", "ICN", "INP", "ISC", "LOG", "NPY", "PGH", "PTH", "S", "SLF", "SLOT", "T20", "TRY", "UP", "YTT", "E501"]
4 changes: 3 additions & 1 deletion jwst/extract_1d/__init__.py
View file
Open in desktop
Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -1,3 +1,5 @@
"""Extract 1-D spectra from JWST spectroscopic data."""

from .extract_1d_step import Extract1dStep

__all__ = ['Extract1dStep']
__all__ = ["Extract1dStep"]
1 change: 1 addition & 0 deletions jwst/extract_1d/soss_extract/__init__.py
View file
Open in desktop
Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -0,0 +1 @@
"""Extract spectra from NIRISS SOSS data using the ATOCA algorithm."""
Loading