feat(catalogue): extend Resources table to accomodate description of samples collected next to the data #4681
Conversation
mswertz
changed the title
There was a problem hiding this comment.
paar kleine vraagjes, maar ik denk dat ik antwoord al weet: dit is voor mogelijk maken de directory data op te nemen. Op basis daarvan de titel aangepast, klopt dat?
Wbt de samples en imaging heb ik dan niet snel zorgen, wel als het gaat om de data dat we er snel tegenaan lopen meerdere data beschrijvingen te hebben. Daar zou ik dan nog even kritisch naar willen kijken, of dingen niet gemapped/gemerged kunnen worden naar bestaande coderingen.
Ja, in de titel van het issue had ik het wel duidelijk staan. Mijn idee is om dit als een soort demo (met data) te hebben en dat we het dan in de groep kunnen bespreken om te zien wat voor bezwaren er zijn. |
| @@ -86,6 +91,11 @@ Resources,,diagnosis medical event vocabulary other,text,,,,,,,,,"If 'other', wh | |||
| Resources,,data dictionary available,bool,,,,,,,,,Are a data dictionary and a data model available?,"DataCatalogueFlat,RWEStaging" | |||
| Resources,,disease details,ontology_array,,,CatalogueOntologies,MedDRA,,,,,"If data on a specific disease is collected, which diseases does the data source collect information on","DataCatalogueFlat,EMA,RWEStaging" | |||
| Resources,,disease details other,text,,,,,,,,,Specify disease details if not present in MedDRA,EMA | |||
| Resources,,biospecimen types,ontology_array,,,CatalogueOntologies,BiospecimenType,,,,,"If the data bank contains biospecimens, what types of specimen","DataCatalogueFlat,CohortsStaging" | |||
There was a problem hiding this comment.
is biospecimen types niet hetzelfde als material types? Of hebben we die alleen op collection event? In any case graag gelijk houden.
There was a problem hiding this comment.
Dit is de huidige stand van zaken in de catalogus:
Collection event.sample categories -> CatalogueOntologies.Sample categories (310 entries)
Samplesets.sample types -> CatalogueOntologies.Sample types (5 entries)
Resources.biospecimen collected -> CatalogueOntologies.Biospecimens (0 entries)
in RD3/FAIR Genome/DCAT:
Biosamples.BioSpecimenType -> CatalogueOntologies.BiospecimenType (416 entries)
in Directory:
Collection.materials -> DirectoryOntologies.MaterialTypes (22 entries)
Dan lijkt het me een kwestie van kiezen tussen Sample categories en BiospecimenType . Die twee lijken niet heel compatibel; Sample categories is gebaseerd op MeSH, BiospecimenType op NCIT.
What are the main changes you did